Association belge francophone des patients atteints de Covid Long

COVID LONG : CE QUE LA RECHERCHE EST EN TRAIN DE METTRE AU JOUR

• Pendant près de six heures, le symposium scientifique de PolyBio Research Foundation a réuni des équipes qui explorent plusieurs dimensions majeures du Covid long :

→ persistance du SARS-CoV-2 dans les tissus ;
→ dérèglements immunitaires ;
→ atteintes vasculaires et microcoagulation ;
→ neuro-inflammation ;
→ altération de la barrière intestinale ;
→ réactivation d’autres agents infectieux ;
→ développement de biomarqueurs ;
→ pistes thérapeutiques ciblées.

Un message traverse l’ensemble du symposium : le Covid long pourrait être, au moins en partie, une maladie tissulaire.

Les processus pathologiques les plus significatifs ne sont pas nécessairement détectables par les analyses sanguines courantes. Certains doivent être recherchés directement dans les tissus ou au moyen de techniques capables d’en retrouver la trace dans le sang, la salive ou l’urine.

Cela permet aussi de comprendre pourquoi des examens « normaux » ne suffisent pas à conclure à l’absence de maladie.

Ci-dessous, nous vous proposons un résumé de chaque intervention. Notre objectif est d’en transmettre :

• le résultat essentiel ;
• son apport à la compréhension du Covid long ;
• ses implications diagnostiques ou thérapeutiques ;
• mais aussi ses limites et les questions encore ouvertes.

Il ne s’agit pas de présenter chaque résultat préliminaire comme une certitude, mais de montrer comment les pièces du puzzle commencent à s’assembler.

Long Covid Belgium adresse ses plus vifs remerciements à PolyBio, à Amy Proal ainsi qu’à l’ensemble du consortium de recherche pour leurs contributions essentielles, qui contribuent à entretenir la flamme de l’espoir.

🎥 Symposium complet : https://www.youtube.com/watch?v=tD5gWVEjudQ

Amy Proal — DU LABORATOIRE AUX SOINS : COMMENT TRANSFORMER LA RECHERCHE SUR LE COVID LONG EN TRAITEMENTS ?

0:00: Amy Proal ouvre le symposium en présentant à la fois le cadre scientifique général et la stratégie de PolyBio pour transformer les découvertes en diagnostics et en traitements.

Message central

Son idée directrice est que le COVID long, l’EM/SFC et certaines autres maladies chroniques post-infectieuses doivent être envisagés en grande partie comme des maladies tissulaires. Les mécanismes pathologiques peuvent persister dans l’intestin, les ganglions lymphatiques, le système nerveux, les vaisseaux ou d’autres organes, tout en étant peu ou irrégulièrement détectables dans le sang.

Elle résume cette idée par une formule reprise au cours du symposium : « the issue is in the tissue » — le problème se situe dans les tissus.

Principaux mécanismes étudiés

Elle annonce que les présentations porteront notamment sur :

• la persistance du SARS-CoV-2 dans les tissus ;
• la réactivation de pathogènes latents, notamment les herpèsvirus ;
• la possible implication de pathogènes vectoriels comme Borrelia ;
• la neuro-inflammation et les dysfonctionnements du nerf vague ;
• la dérégulation immunitaire ;
• les anomalies endothéliales et de la coagulation ;
• la perméabilité de la barrière intestinale ;
• les perturbations métaboliques.

Ces mécanismes ne sont pas présentés comme mutuellement exclusifs : plusieurs peuvent coexister chez une même personne.

Limites des examens sanguins classiques

Selon Amy Proal, une partie de l’incompréhension et de la minimisation vécues par les patients vient du fait que les examens médicaux standards recherchent les anomalies dans le sang, alors que certains processus pathologiques sont surtout localisés dans les tissus.

Ainsi, un bilan sanguin normal ne signifie pas nécessairement qu’il n’existe pas de dysfonctionnement biologique. Cette discordance peut contribuer à l’errance diagnostique, au rejet des symptômes ou au gaslighting médical.

Priorité : développer des diagnostics accessibles

Les biopsies et les techniques d’imagerie avancées permettent d’identifier les anomalies tissulaires, mais elles sont difficiles à déployer à grande échelle. L’objectif est donc de développer des tests utilisant des prélèvements accessibles — sang, urine ou salive — capables de refléter indirectement les processus présents dans les tissus.

Elle cite notamment des technologies cherchant à détecter des antigènes, du matériel viral ou bactérien dans les vésicules extracellulaires, qui peuvent transporter vers les fluides corporels des éléments provenant des tissus.

Le programme VIPER

Amy Proal présente VIPER, un programme coordonné depuis l’Université de Californie à San Francisco.

Ses objectifs sont de :

1. identifier les tests diagnostiques les plus prometteurs ;
2. les comparer et les valider sur des cohortes bien caractérisées ;
3. mettre en relation les résultats obtenus dans les fluides accessibles avec les anomalies observées directement dans les tissus.

Le programme a reçu un financement initial d’environ 8 millions de dollars. Les échantillons sont distribués à de nombreuses équipes disposant de plateformes diagnostiques innovantes.

La Long COVID Cure Initiative

Elle décrit ensuite une stratégie en quatre étapes destinée à éviter que les résultats restent confinés aux publications scientifiques :

1. Validation diagnostique par VIPER.
2. Commercialisation et déploiement, avec un réseau de spécialistes de la production, de la réglementation, du remboursement et de l’accès au marché.
3. Réseau d’essais cliniques, utilisant les diagnostics pour sélectionner les patients et associer chaque mécanisme à un traitement adapté.
4. Formation médicale accréditée, afin de diffuser les résultats auprès de milliers de médecins.

L’objectif est donc de construire une chaîne complète allant de la découverte biologique jusqu’à l’utilisation clinique réelle.

Diagnostics compagnons et traitements ciblés

Amy Proal insiste sur l’intérêt des diagnostics compagnons : un test n’est pleinement utile que s’il permet au médecin de prendre une décision thérapeutique.

Par exemple, l’identification d’une persistance virale, d’une réactivation infectieuse, d’une anomalie de coagulation ou d’une inflammation spécifique pourrait orienter vers des traitements différents. Cette approche suppose une médecine stratifiée, plutôt qu’un traitement uniforme pour tous les patients atteints de COVID long.

Constitution d’un réseau d’essais cliniques

PolyBio prévoit également un registre de patients intéressés par les essais cliniques, répartis dans plusieurs zones géographiques. Ce registre doit faciliter le recrutement et encourager les entreprises pharmaceutiques à tester des traitements dans le COVID long.

Extension à d’autres maladies chroniques

Amy Proal précise que ce modèle n’est pas limité au COVID long. Il doit progressivement être appliqué à :

• l’EM/SFC ;
• la maladie de Lyme chronique ou les syndromes persistants associés à Borrelia ;
• certaines maladies associées au virus Epstein-Barr ;
• potentiellement la sclérose en plaques ;
• plus largement, des pathologies dans lesquelles des infections persistantes ou leurs conséquences pourraient contribuer au vieillissement ou à la maladie chronique.

Conclusion synthétique

L’intervention d’Amy Proal est moins une présentation de résultats expérimentaux qu’une feuille de route translationnelle. Elle défend trois principes :

chercher les mécanismes dans les tissus ; développer des tests capables de les détecter par des prélèvements simples ; relier rapidement ces tests à des essais thérapeutiques et à la pratique médicale.

Elle présente ainsi PolyBio comme une structure destinée à faire le lien entre recherche fondamentale, validation diagnostique, industrie, essais cliniques et formation des professionnels de santé.

Resia Pretorius — Marqueurs de la pathologie thrombo-inflammatoire dans le COVID long

10: 35: Resia Pretorius présente plusieurs travaux récents consacrés aux interactions entre inflammation, coagulation, activation plaquettaire, lésions endothéliales et microcaillots dans le COVID long. Son objectif est de faire émerger des biomarqueurs quantifiables pouvant servir à la fois au diagnostic, à la stratification des patients et à l’évaluation des traitements.

Cadre général

Elle décrit le COVID long comme une pathologie à mécanismes multiples, située à l’intersection de plusieurs domaines :

• dérégulation immunitaire ;
• persistance virale ;
• dysautonomie ;
• atteinte microvasculaire ;
• dysfonction mitochondriale ;
• neuro-inflammation ;
• dysbiose et atteinte de l’axe intestin–vasculaire ;
• absence persistante de tests diagnostiques adaptés.

Dans ce cadre, les microcaillots ne constitueraient pas nécessairement la cause initiale de la maladie, mais plutôt un point de convergence microvasculaire de plusieurs agressions en amont.

1. Des « complexes de microcaillots fibrinaloïdes »

Pretorius propose d’utiliser le terme fibrinaloid microclot complexes, ou FMC, afin de mieux rendre compte de leur nature hétérogène.

Elle distingue notamment plusieurs formes :

• des complexes contenant des débris de membranes cellulaires qui servent de surfaces prothrombotiques ;
• des microcaillots associés aux pièges extracellulaires des neutrophiles, ou NETs ;
• des agrégats issus d’interactions entre le fibrinogène et des molécules inflammatoires amyloïdogènes, comme la protéine Spike ;
• des dépôts protéiques pouvant se fixer directement à la surface de cellules intactes, notamment les globules rouges.

L’intérêt de cette classification est thérapeutique : chaque étape de formation d’un FMC pourrait constituer une cible distincte.

2. Mécanisme proposé de formation

Le modèle présenté commence par une agression en amont : persistance virale, protéine Spike, stress oxydatif, hyperglycémie ou autres médiateurs inflammatoires.

Ces facteurs peuvent endommager les membranes des plaquettes, des cellules endothéliales, des globules rouges ou des neutrophiles. Les membranes exposent alors à leur surface la phosphatidylsérine, normalement orientée vers l’intérieur de la cellule.

Cette inversion crée une surface favorisant :

• l’assemblage de la cascade de coagulation ;
• la fixation du fibrinogène ;
• la formation et l’accumulation de complexes prothrombotiques.

Dans une situation normale, ces débris devraient être éliminés par le système immunitaire. Pretorius suggère que, dans certaines maladies post-virales, cette élimination est insuffisante, permettant aux structures thrombo-inflammatoires de persister.

3. Effets du plasma des patients sur l’endothélium

Une étude expérimentale présentée a exposé des cellules endothéliales humaines au plasma pauvre en plaquettes de patients atteints de COVID long, contenant des microcaillots.

Les chercheurs observent notamment :

• une activation anormale de l’endothélium ;
• une diminution du signal de la syndécane, compatible avec une dégradation du glycocalyx ;
• des modifications importantes de la morphologie cellulaire ;
• des aspects évoquant une souffrance ou une mort cellulaire.

Ces données soutiennent l’idée que les composants circulants du plasma des patients peuvent exercer directement un effet délétère sur la paroi vasculaire.

4. Agrégats plaquettes–monocytes

Pretorius présente ensuite un biomarqueur mesuré par cytométrie en flux d’imagerie : la présence de plaquettes fixées aux monocytes.

Dans les données rapportées, ces agrégats sont retrouvés sur environ 29 % des monocytes chez les patients atteints de COVID long, contre 5 % chez les témoins. Les patients présentent également davantage de monocytes portant plusieurs plaquettes.

Cette différence semble indépendante de l’âge. Elle pourrait donc fournir une mesure :

• objective ;
• reproductible ;
• accessible dans le sang ;
• utilisable comme critère de jugement dans un essai clinique.

Pretorius l’interprète comme un indicateur de la charge thrombo-inflammatoire.

5. Différencier plusieurs syndromes par la protéomique

L’équipe a également étudié les protéines présentes dans les microcaillots afin de comparer :

• le COVID long ;
• certains syndromes persistants apparus après vaccination ;
• les témoins.

Les profils ne seraient pas identiques. Dans le syndrome post-vaccinal étudié, Pretorius signale notamment une implication plus marquée de la voie intrinsèque de la coagulation, avec une augmentation des facteurs X et XI, ainsi que des variations de certaines protéines plaquettaires différentes de celles observées dans le COVID long.

Elle estime que la protéomique pourrait ainsi contribuer à distinguer biologiquement une pathologie persistante liée à l’infection d’un syndrome apparu après vaccination. Cette conclusion reste toutefois fondée sur des travaux encore en cours ou en cours d’évaluation.

6. La chimie des protéines plus que leur simple composition

Un autre travail porte sur les modifications post-traductionnelles des protéines contenues dans les FMC.

Le résultat central est que les différents groupes peuvent contenir globalement des protéines similaires, alors que leur état chimique diffère fortement :

• dans le COVID long, des modifications liées à la glycation du fibrinogène sont observées, selon un profil qualifié de proche du diabète ;
• dans le POTS antérieur au COVID, le profil serait davantage dominé par l’oxydation et la désamination de certaines lipoprotéines ;
• dans le POTS associé au COVID long, le profil serait intermédiaire ou hybride.

Pour Pretorius, la différence entre ces maladies pourrait donc résider moins dans la liste des protéines présentes que dans la manière dont ces protéines ont été chimiquement modifiées.

Trois axes thérapeutiques proposés

En réunissant ces résultats, elle identifie trois grandes orientations de traitement.

Restaurer la fibrinolyse

Il s’agirait d’améliorer la dissolution et l’élimination des microcaillots, leur diminution pouvant constituer un indicateur mesurable de réponse thérapeutique.

Réduire l’activation cellulaire

Le deuxième axe viserait à limiter :

• l’hyperactivation plaquettaire ;
• les agrégats plaquettes–monocytes ;
• les interactions entre plaquettes et neutrophiles ;
• la formation des NETs.

Les agrégats plaquettes–monocytes pourraient servir de biomarqueur dans les essais combinant, par exemple, des stratégies antiplaquettaires et anti-NETs.

Agir sur les modifications chimiques en amont

Le troisième axe viserait la glycation et le stress oxydatif. Selon le profil biologique de chaque patient, des inhibiteurs de la glycation ou des stratégies antioxydantes pourraient être étudiés de manière ciblée, plutôt qu’administrés indistinctement.

Conclusion synthétique

Le message principal de Resia Pretorius est que le COVID long comporte chez certains patients une pathologie thrombo-inflammatoire objectivable, associant microcaillots anormaux, activation des plaquettes et des leucocytes, atteinte endothéliale et modifications chimiques des protéines.

Son intervention cherche surtout à faire passer ces observations du stade descriptif au stade translationnel :

mieux définir les différents microcaillots, mesurer leur impact, identifier des biomarqueurs sanguins reproductibles et utiliser ces marqueurs comme critères de sélection et d’efficacité dans les futurs essais thérapeutiques.

Marcus Buggert — Pathologie intestinale et lymphoïde du SARS-CoV-2, et suivi longitudinal du COVID long

20: 32: Marcus Buggert présente deux volets complémentaires : une étude longitudinale des signatures inflammatoires dans le sang et une analyse approfondie des tissus intestinaux de patients atteints de COVID long.

Son message central est que l’absence d’inflammation marquée dans le sang ne signifie pas nécessairement que la maladie est résolue : les anomalies peuvent persister de façon localisée dans les tissus.

1. Une cohorte longitudinale importante

Son équipe travaille sur deux cohortes suédoises regroupant près de 800 participants, avec des données cliniques longitudinales, des prélèvements de sérum et de plasma, ainsi que des cellules immunitaires pour certains sous-groupes.

Dans une analyse plus ciblée, 171 participants ont été suivis à quatre moments :

• pendant l’infection aiguë ;
• à six mois ;
• à un an ;
• à deux ans.

Cela représente 669 échantillons analysés, notamment à l’aide de panels protéomiques Olink.

2. Des profils cliniques hétérogènes

Les patients ont été répartis en plusieurs groupes selon l’évolution de leurs symptômes. Certains ne présentaient pratiquement plus de symptômes à six mois, tandis qu’un autre groupe conservait un COVID long plus sévère, avec des manifestations multisystémiques.

Cette classification permet de comparer la trajectoire biologique des patients qui récupèrent avec celle de ceux dont les symptômes persistent.

3. Une inflammation qui diminue, mais ne se normalise pas chez certains patients

Pendant la phase aiguë, les protéines inflammatoires sont fortement élevées chez de nombreux participants. Elles diminuent ensuite globalement.

Chez les patients présentant de multiples symptômes persistants, cette diminution semble toutefois incomplète : les signatures inflammatoires atteignent un plateau dès environ six mois et restent plus élevées jusqu’à deux ans.

Les modules concernés comprennent notamment des médiateurs classiques tels que :

• l’IL-6 ;
• le TNF ;
• l’IL-32 ;
• d’autres protéines associées à l’inflammation et à l’activation cellulaire.

Buggert en conclut que, chez certains patients, la trajectoire menant au COVID long semble se mettre en place relativement tôt après l’infection.

4. Limite majeure du sang périphérique

Tous les patients symptomatiques ne présentent pas une signature inflammatoire forte dans le plasma. Selon Buggert, cela ne doit pas être interprété automatiquement comme une absence de pathologie.

L’inflammation ou la dérégulation immunitaire peut être compartimentalisée, c’est-à-dire confinée à certains organes ou tissus et donc peu visible dans le sang. Cette hypothèse motive l’étude directe du tube digestif.

5. Biopsies intestinales chez des patients très symptomatiques

L’équipe a réalisé des coloscopies chez dix patients atteints de COVID long et sept témoins sains.

Les patients présentaient depuis plus de quatre ans des symptômes gastro-intestinaux importants :

• douleurs abdominales ;
• ballonnements ;
• crampes ;
• diarrhées ;
• tableau proche du syndrome de l’intestin irritable.

Pourtant, les examens macroscopiques ne révélaient pas de maladie intestinale évidente. Des biopsies ont donc été prélevées dans plusieurs zones, notamment le cæcum, l’iléon et le côlon sigmoïde.

6. Dérégulation immunitaire persistante dans l’intestin

L’analyse unicellulaire des biopsies met en évidence une augmentation étendue des gènes stimulés par les interférons, en particulier dans les cellules de l’immunité adaptative.

Les patients présentent également :

• une signalisation accrue du TNF dans plusieurs sous-populations de lymphocytes T ;
• des anomalies touchant aussi certaines cellules B ;
• une diminution de signaux régulateurs, notamment ceux associés au TGF-β ;
• une baisse d’autres facteurs participant normalement au contrôle de la réponse immunitaire.

Le profil observé combine donc une augmentation des programmes inflammatoires et une diminution des mécanismes de régulation.

7. Recherche non ciblée de matériel microbien

À partir des données de séquençage ARN unicellulaire, l’équipe utilise l’outil métagénomique Kraken 2 pour classer les séquences qui ne sont pas d’origine humaine.

Cette méthode peut repérer des signatures appartenant à :

• des virus ;
• des bactéries ;
• des champignons ;
• des parasites.

L’analyse préliminaire retrouve des séquences compatibles avec le SARS-CoV-2 dans les cellules des biopsies intestinales. Parmi les lectures pouvant être rattachées à un virus, la majorité correspondrait au SARS-CoV-2. Certains patients présentent des niveaux particulièrement élevés, tandis que les témoins ont globalement des niveaux plus faibles.

Buggert souligne toutefois le caractère encore préliminaire de ces résultats. Cette méthode ne permet pas, à ce stade, de déterminer si les séquences correspondent à un virus complet, actif et capable de se répliquer, ou à du matériel viral résiduel.

8. Mise en relation des deux études

Les deux volets de l’intervention aboutissent à un modèle commun :

• chez certains patients, l’inflammation sanguine persiste longtemps et accompagne les symptômes multisystémiques ;
• chez d’autres, les anomalies sanguines peuvent être faibles, alors qu’une dérégulation importante demeure dans les tissus ;
• l’intestin pourrait constituer chez une partie des patients un site de persistance antigénique ou virale et d’activation immunitaire chronique.

L’étude tissulaire montre notamment des programmes associés aux interférons et au TNF, une réduction de la régulation par le TGF-β et davantage de lectures compatibles avec le SARS-CoV-2 dans les échantillons intestinaux de patients.

Conclusion synthétique

Marcus Buggert défend l’idée que le COVID long ne peut pas être compris uniquement à partir du sang. Les biomarqueurs plasmatiques permettent d’identifier une inflammation persistante chez certains patients, mais peuvent manquer une pathologie localisée.

Son intervention soutient donc un modèle dans lequel une dérégulation immunitaire et du matériel viral peuvent persister dans l’intestin malgré des signaux limités dans la circulation sanguine.

Le principal enseignement est le suivant : l’absence de marqueur systémique fort ne constitue pas une preuve de guérison tissulaire.

Petter Brodin — Séquençage du génome entier et profilage immunitaire dans le COVID long

31: 20: Petter Brodin présente un travail encore en cours visant à déterminer si certaines personnes développent un COVID long sévère en raison d’une prédisposition génétique ou immunologique particulière.

Son approche combine :

• une caractérisation clinique détaillée ;
• le séquençage du génome entier ;
• l’étude des réponses immunitaires ;
• la recherche de cytokines, d’ARN viral ou de protéines virales circulantes.

1. Une cohorte de patients atteints de COVID long sévère

L’étude repose sur une collaboration commencée en 2020, avec une cohorte d’environ 200 patients présentant un COVID long sévère.

Ces patients ont fait l’objet d’une évaluation clinique et physiologique approfondie, portant notamment sur :

• le POTS ;
• la dysautonomie ;
• les symptômes neurologiques ;
• les anomalies respiratoires ;
• d’autres manifestations objectivables.

Brodin insiste sur l’importance de cette caractérisation clinique : sans phénotypage précis, il devient difficile d’interpréter les résultats génétiques ou immunologiques.

2. Une maladie très hétérogène

Les différentes manifestations ne se regroupent pas en sous-types simples. Par exemple, les patients atteints de POTS ne présentent pas systématiquement un même ensemble d’autres symptômes.

Le COVID long apparaît donc comme une population très hétérogène, ce qui complique la recherche d’une cause génétique unique. Il pourrait exister plusieurs voies biologiques différentes conduisant à des tableaux cliniques proches.

3. Le modèle des maladies infectieuses inhabituelles

Le projet s’inscrit dans le COVID Human Genetic Effort, un consortium international initialement consacré aux patients présentant des réponses inhabituelles aux infections, notamment :

• des infections anormalement sévères ;
• des immunodéficiences rares ;
• des dérégulations immunitaires monogéniques ;
• éventuellement une résistance inhabituelle à certaines infections.

L’idée est d’appliquer la même logique au COVID long : rechercher des variants génétiques rares qui augmenteraient le risque de développer une réponse prolongée et pathologique après l’infection.

4. Le rôle central des interférons de type I dans le COVID aigu sévère

Brodin rappelle que les travaux menés pendant la pandémie ont montré l’importance de la voie des interférons de type I dans le contrôle précoce du SARS-CoV-2.

Deux mécanismes ont été associés aux formes aiguës graves :

• des variants génétiques affectant la détection de l’ARN viral ou la signalisation des interférons ;
• des autoanticorps neutralisant les interférons produits par l’organisme.

Dans les deux cas, la réponse antivirale initiale devient insuffisante, ce qui peut favoriser une infection aiguë sévère.

5. Hypothèse testée dans le COVID long

L’équipe s’est demandé si un mécanisme similaire pouvait intervenir dans le COVID long, même chez des personnes n’ayant pas nécessairement souffert d’une forme aiguë grave.

Une hypothèse était que des autoanticorps dirigés contre les interférons, apparus pendant ou après l’infection, puissent empêcher une élimination complète du virus et favoriser une persistance virale.

6. Résultat négatif pour les autoanticorps anti-interférons

L’équipe a recherché des autoanticorps contre quatre types d’interférons de type I, en comparant des donneurs sains à deux groupes de patients atteints de COVID long.

Le résultat est clair : aucune augmentation de ces autoanticorps n’a été observée dans les groupes COVID long.

Cette hypothèse précise n’est donc pas soutenue par leurs données. Brodin présente ce résultat négatif comme important : un mécanisme bien établi dans le COVID aigu sévère ne peut pas être automatiquement transposé au COVID long.

7. Séquençage du génome entier

L’équipe a jusqu’ici séquencé le génome complet d’environ 260 patients atteints de COVID long sévère, provenant de cohortes suédoises et italiennes.

Ces génomes sont comparés à ceux de personnes ayant été infectées par le SARS-CoV-2, parfois avec une maladie aiguë de sévérité variable, mais sans symptômes persistants.

L’analyse porte notamment sur environ 88 000 variants génétiques.

8. Premiers signaux génétiques

Brodin indique que certains variants semblent fortement enrichis chez les patients atteints de COVID long. Plusieurs seraient des variants ayant une forte probabilité d’entraîner une perte de fonction du gène concerné.

Il ne révèle toutefois pas les gènes candidats, car :

• l’analyse est encore en cours ;
• les résultats doivent être répliqués ;
• il faut démontrer que ces variants ont réellement un effet fonctionnel ;
• une association statistique ne suffit pas à établir un lien causal.

Ces observations doivent donc être considérées comme préliminaires, et non comme des gènes de risque déjà validés.

9. Des gènes qui ne pointent pas principalement vers les cellules sanguines

Un résultat particulièrement intéressant est que peu de variants candidats correspondent à des fonctions déjà bien connues dans les globules blancs.

Cela suggère que la prédisposition au COVID long pourrait impliquer :

• des fonctions propres à certains organes ;
• des cellules structurelles ou stromales ;
• l’endothélium ;
• le système nerveux ;
• d’autres compartiments tissulaires insuffisamment étudiés dans le sang.

Ce constat rejoint le thème général du symposium : une part importante de la pathologie pourrait se situer dans les tissus plutôt que dans la circulation sanguine.

Portée et limites de l’étude

Les résultats ne démontrent pas qu’il existe un unique « gène du COVID long ». Le tableau présenté est plutôt celui d’une maladie :

• génétiquement hétérogène ;
• cliniquement hétérogène ;
• probablement influencée par plusieurs variants rares ;
• nécessitant une validation fonctionnelle dans les tissus concernés.

Le séquençage permet de générer des hypothèses, mais il faudra ensuite déterminer comment chaque variant modifie la réponse à l’infection ou le fonctionnement d’un organe.

Conclusion synthétique

Petter Brodin montre que les mécanismes génétiques connus du COVID aigu sévère ne se retrouvent pas nécessairement dans le COVID long : en particulier, son équipe ne détecte pas d’excès d’autoanticorps contre les interférons de type I.

En revanche, le séquençage du génome entier révèle des variants rares potentiellement délétères et enrichis chez les patients sévèrement atteints, dont beaucoup semblent liés à des fonctions tissulaires plutôt qu’aux cellules immunitaires circulantes.

Son principal message est donc que la génétique peut aider à identifier des sous-groupes et des mécanismes du COVID long, mais que les résultats sont encore exploratoires et devront être reliés à la biologie fonctionnelle des tissus.

Dominique Salmon — Analyse biologique des plaquettes et du plasma sous maraviroc + pravastatine

41: 26: Dominique Salmon présente une petite étude pilote observationnelle portant sur des patients atteints de COVID long sévère avec symptômes gastro-intestinaux importants. L’étude part de deux observations : la détection de matériel viral dans les plaquettes chez certains patients atteints de COVID long et l’amélioration spectaculaire d’un premier patient traité par maraviroc + pravastatine.

Hypothèse thérapeutique

Le maraviroc est présenté comme un antagoniste de CCR5, tandis que la pravastatine module notamment la voie CX3CL1. L’association avait été proposée pour ses effets anti-inflammatoires. L’objectif est ici plus intéressant : déterminer si une amélioration clinique s’accompagne également d’une modification de marqueurs biologiques liés à la thrombose/inflammation et à la persistance virale.

L’étude inclut 19 patients COVID long très symptomatiques, présentant au moins quatre symptômes gastro-intestinaux sévères. Le critère de succès clinique est une réduction d’au moins 30 % du nombre de symptômes GI sévères ou très sévères.

Résultats cliniques

13 patients sur 19, soit 68 %, atteignent le critère de succès. L’amélioration concerne notamment les crampes abdominales, diarrhées et ballonnements et paraît à la fois rapide et durable. Chez ceux poursuivant le traitement, elle continue à progresser à six mois.

Deux interruptions volontaires du traitement sont particulièrement intéressantes : elles sont suivies d’une rechute, puis d’une nouvelle amélioration après reprise du traitement. Des améliorations sont également rapportées pour la fatigue, les symptômes neurocognitifs et cardiothoraciques, mais pas pour les troubles ORL ni les douleurs musculosquelettiques.

Il faut cependant garder à l’esprit qu’il ne s’agit pas d’un essai randomisé avec placebo.

Que se passe-t-il dans les plaquettes ?

Chez un sous-groupe disposant d’échantillons avant et pendant traitement, l’équipe analyse :

• les agrégats/microcaillots plaquettaires ;
• l’ARN du SARS-CoV-2 dans les plaquettes ;
• Spike dans les plaquettes ;
• Spike plasmatique ;
• la sérotonine sanguine.

Avant traitement, des agrégats plaquettaires sont observés chez les 12 patients étudiés. Sous traitement, leur taille diminue chez 7/12.

Un résultat particulièrement intéressant : l’ARN viral plaquettaire

Spike et ARN viral sont détectés dans les plaquettes de 8/12 patients.

Sous traitement, l’ARN SARS-CoV-2 plaquettaire diminue chez 7 des 8 patients positifs, avec également une diminution de Spike plaquettaire, particulièrement chez les patients présentant initialement de gros agrégats.

C’est probablement le résultat mécanistique le plus important de l’intervention : une intervention pharmacologique non directement antivirale est associée à une diminution du signal viral présent dans les plaquettes.

Salmon reste cependant prudente : cela suggère un effet sur la persistance virale mais ne démontre ni le mécanisme ni la causalité.

Spike plasmatique et sérotonine

De faibles concentrations de Spike plasmatique sont détectées chez 7/12 patients ; elles tendent à diminuer chez 5/7 sous traitement. La sérotonine sanguine, initialement basse chez certains patients, augmente également pendant le traitement chez six patients.

Est-ce du virus réellement réplicatif ?

Lors des questions, Salmon apporte une nuance essentielle. La présence d’ARN dans les plaquettes ne prouve pas, chez ces patients précis, qu’un virus réplicatif soit présent.

Elle indique cependant que, dans une autre étude de son collaborateur Morgan, du matériel viral provenant de certains patients a pu répliquer après mise en culture sur cellules Vero. Cela rend plausible la présence de virus compétent chez au moins certains patients, mais ce n’est pas démontré dans cette cohorte thérapeutique.

Maraviroc ou pravastatine ?

Salmon ne peut pas déterminer lequel des deux médicaments explique l’effet. Son impression clinique est néanmoins que la pravastatine seule exerce probablement un effet anti-inflammatoire relativement modeste et que l’ajout du maraviroc semble apporter l’effet le plus important.

C’est précisément pourquoi le futur essai devrait comparer notamment :

maraviroc + pravastatine vs maraviroc seul vs contrôle/placebo.

Conclusion

Cette petite étude suggère donc une convergence entre amélioration clinique et modifications biologiques : réduction des symptômes GI, diminution des agrégats plaquettaires, diminution de l’ARN viral et de Spike dans les plaquettes et tendance à la baisse de Spike plasmatique.

Salmon insiste néanmoins sur le fait que l’approche n’est pas curative : certains patients traités depuis plus de deux ans ne parviennent pas à arrêter sans rechuter. Elle appelle donc à un essai multicentrique randomisé.

Questions–réponses

Dominique Salmon — ARN du SARS-CoV-2 dans les plaquettes

51 :13: Question : La détection d’ARN du SARS-CoV-2 dans les plaquettes indique-t-elle la présence d’un virus vivant et réplicatif, plutôt que de simples fragments viraux ? Les niveaux de Spike plasmatique sont-ils corrélés à l’ARN viral détecté dans les plaquettes ?

Réponse :

Dominique Salmon précise que leur étude ne permet pas encore de déterminer si l’ARN détecté dans les plaquettes correspond à un virus réplicatif chez ces patients précis.

Elle mentionne toutefois une autre étude dans laquelle du matériel viral provenant de certains patients a pu être mis en culture sur des cellules Vero et s’y répliquer. Cela suggère qu’un virus capable de réplication pourrait être présent chez au moins une partie des patients, mais ce résultat ne peut pas être extrapolé directement à la petite cohorte présentée ici.

Concernant la corrélation entre la protéine Spike plasmatique et l’ARN viral plaquettaire, l’effectif de l’étude — seulement 19 patients — est jugé trop faible pour effectuer une analyse statistique fiable. Cette relation devra être étudiée dans une cohorte plus importante.

À retenir : la présence d’ARN dans les plaquettes ne constitue pas, à elle seule, une preuve de virus vivant. Une réplication a été montrée dans certains échantillons d’une autre étude, mais pas encore dans cette cohorte. La corrélation avec la Spike plasmatique reste à déterminer.

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53 :37 : Resia Pretorius — Transport international des échantillons de microcaillots

Question : Le transport international des échantillons peut-il altérer la qualité ou la précision des analyses de microcaillots par cytométrie en flux ?

Réponse :

Resia Pretorius estime que le transport est possible à condition de respecter un protocole préanalytique très strict :

• le sang doit être centrifugé dans l’heure ou les deux heures suivant le prélèvement ;
• le plasma pauvre en plaquettes doit être séparé ;
• il doit être immédiatement stocké à –80 °C ;
• le transport doit se faire sous chaîne du froid continue ;
• les cycles de congélation–décongélation doivent être évités.

Dans ces conditions, l’expédition du plasma vers un laboratoire international devrait être acceptable, comme cela se pratique couramment entre laboratoires de recherche. En revanche, elle indique que le sang total ne doit pas être expédié de cette manière.

Dominique Salmon ajoute que, dans sa petite étude, les microcaillots avaient été observés sur du sang frais, immédiatement acheminé du lieu de prélèvement au laboratoire. La transposition de cette méthode à des échantillons transportés reste donc techniquement difficile et nécessitera probablement une standardisation spécifique.

Resia Pretorius — Insulinorésistance et formation des microcaillots

Question : Une insulinorésistance d’apparition récente après le COVID pourrait-elle favoriser la NETose, les microcaillots et les atteintes microvasculaires ?

Réponse :

Pretorius considère cette hypothèse comme plausible et potentiellement importante.

Dans leur travail sur les modifications post-traductionnelles des protéines, son équipe a retrouvé sur le fibrinogène des produits avancés de glycation, ou AGE. Ces modifications ressemblent à celles observées dans le prédiabète et le diabète. Le fibrinogène chimiquement modifié pourrait contribuer à la formation ou aux propriétés anormales des microcaillots.

Elle propose donc qu’un sous-groupe de patients puisse présenter une composante métabolique ou prédiabétique participant à la pathologie thrombo-inflammatoire. Elle évoque également les améliorations rapportées chez certains patients traités par metformine, mais souligne qu’il s’agit encore d’une hypothèse en cours d’étude, et non d’une démonstration thérapeutique.

Des modifications similaires auraient également été retrouvées dans les échantillons de l’étude LIINC.

À retenir : l’insulinorésistance pourrait constituer, chez certains patients, un facteur en amont favorisant la glycation du fibrinogène, la NETose et la formation de microcaillots. Cette piste pourrait aider à identifier un sous-phénotype métabolique du COVID long, mais elle demande encore à être confirmée.

Nicolas Huot — Persistance du SARS-CoV-2 dans l’intestin et contrôle immunitaire inné des réservoirs viraux

59 :16 : Nicolas Huot présente des résultats préliminaires obtenus dans un modèle de primates non humains. Son objectif est de déterminer si l’intestin peut constituer un réservoir durable du SARS-CoV-2 et d’identifier les réponses immunitaires locales associées à la persistance ou au contrôle du virus.

1. Pourquoi étudier l’intestin ?

Le COVID-19 ne se limite pas à une atteinte respiratoire. De nombreux patients présentent des symptômes gastro-intestinaux, notamment des douleurs abdominales, et plusieurs études ont déjà détecté des antigènes ou du matériel viral dans les tissus intestinaux de personnes atteintes de COVID long.

L’équipe cherche donc à savoir :

• dans quelle partie du tube digestif le virus persiste ;
• si le virus détecté est encore capable de se répliquer ;
• quelles structures immunitaires apparaissent autour de ces réservoirs ;
• quelles cellules immunitaires pourraient contrôler — ou échouer à contrôler — cette persistance.

2. Un modèle permettant l’analyse approfondie des tissus

Les animaux ont été suivis longitudinalement, puis différents segments du tube digestif ont été prélevés, notamment :

• l’estomac ;
• le duodénum ;
• le jéjunum ;
• l’iléon ;
• le côlon.

La présentation se concentre sur des animaux initialement infectés, ensuite vaccinés, puis réinfectés. Ils ont été étudiés jusqu’à environ 21 semaines après la dernière infection.

Ils ont été répartis en deux groupes selon leur capacité à contrôler le virus :

• des animaux dits « resolved », chez lesquels le signal viral diminuait ;
• des animaux dits « persistent », chez lesquels le virus restait détectable.

3. Analyse très extensive de l’intestin

Pour chaque animal, l’équipe a découpé des segments intestinaux d’un centimètre en coupes très fines. Environ 250 coupes par segment et par animal ont été analysées.

Cette méthode permet de ne pas se limiter à une biopsie ponctuelle, qui pourrait manquer un foyer viral très localisé.

4. Augmentation des plaques de Peyer et des structures lymphoïdes

Dans l’iléon, les chercheurs observent une augmentation importante des plaques de Peyer, des structures lymphoïdes impliquées dans la surveillance immunitaire de l’intestin.

Cette augmentation est particulièrement nette chez les animaux présentant une infection persistante. Elle est également observée, dans une moindre mesure, chez certains animaux ayant apparemment contrôlé le virus, ce qui suggère que l’inflammation intestinale peut persister après la diminution du signal viral.

Des structures lymphoïdes organisées ou ectopiques sont également retrouvées dans le jéjunum et le côlon des animaux persistants, alors qu’elles sont absentes ou beaucoup moins visibles chez les témoins.

Ces observations indiquent une réorganisation durable de l’architecture immunitaire intestinale.

5. Protéines virales à proximité des structures immunitaires

L’équipe utilise un marquage de la protéine virale NSP3, une protéine non structurale associée au processus de réplication du SARS-CoV-2.

Des cellules NSP3 positives sont retrouvées :

• à proximité des structures lymphoïdes ;
• parfois à l’intérieur de ces structures ;
• surtout dans leurs zones périphériques plutôt que dans les centres germinatifs.

Le signal viral ne se superpose pas au marquage des lymphocytes B. Les cellules B ne semblent donc pas être directement infectées dans ces observations ; un autre type cellulaire hébergerait le virus. Son identité reste à déterminer.

6. L’iléon comme principal site de persistance

Lorsque l’ARN viral est recherché dans plusieurs parties du tube digestif, il est détecté dans l’iléon, mais pas dans le duodénum ni dans le côlon dans cette série.

Ces données désignent l’iléon — riche en plaques de Peyer — comme un site privilégié de persistance du SARS-CoV-2 dans ce modèle.

7. Mise en évidence d’un virus capable de réplication

Pour savoir si le signal correspond seulement à des fragments viraux ou à un virus encore fonctionnel, les chercheurs ont réalisé un test de culture.

Des cellules intestinales ont été mises en présence de cellules Vero, très permissives à l’infection par le SARS-CoV-2. Avec les cellules provenant de l’iléon des animaux persistants, l’équipe a pu amplifier le virus.

Cela indique que le virus isolé dans l’iléon était compétent pour la réplication, et pas seulement constitué de fragments résiduels.

Dans les autres portions du tube digestif, cette amplification n’a pas été observée.

8. Premiers résultats sur l’immunité locale

L’équipe commence également à caractériser les cellules immunitaires CD45 positives présentes dans les tissus.

Par cytométrie spectrale à 43 marqueurs, elle identifie une trentaine de groupes cellulaires, dont :

• plusieurs sous-populations de lymphocytes T CD8 activés ;
• des monocytes ;
• des cellules NK ;
• des lymphocytes T CD4 ;
• une population encore mal définie, exprimant peu de CD3 et ni CD4 ni CD8.

Ces résultats sont encore exploratoires. Ils ne permettent pas encore de dire quelles cellules contrôlent efficacement le virus, lesquelles contribuent à l’inflammation, ou lesquelles pourraient favoriser sa persistance.

9. Analyses prévues

Trois approches complémentaires sont en cours :

• séquençage ARN unicellulaire, pour identifier les signatures transcriptionnelles associées à la persistance ;
• cytométrie spectrale, pour préciser les sous-populations immunitaires ;
• protéomique spatiale multiplexée, permettant de visualiser plus de 100 protéines sur une même coupe.

L’objectif est de cartographier précisément les interactions entre le virus, les cellules immunitaires et l’architecture des plaques de Peyer.

Conclusion synthétique

Nicolas Huot apporte, dans un modèle animal, plusieurs éléments en faveur d’un réservoir intestinal actif du SARS-CoV-2 :

• la persistance est particulièrement localisée dans l’iléon ;
• elle s’accompagne d’une augmentation des plaques de Peyer et de structures lymphoïdes ectopiques ;
• des protéines virales sont retrouvées près de ces structures ;
• le virus isolé dans l’iléon peut être amplifié en culture, ce qui montre sa capacité de réplication.

Le message principal est que la persistance intestinale ne correspond pas seulement à la présence passive de débris viraux : chez certains animaux, elle semble associée à un virus viable et à une réorganisation profonde de l’immunité locale. Les analyses en cours doivent maintenant déterminer pourquoi l’immunité innée contrôle le réservoir chez certains sujets, mais pas chez d’autres.

Sean Miller — Biomarqueurs rétiniens et organoïdes pour étudier la neurodégénérescence post-infectieuse

1 :22: 53: Sean Miller propose d’utiliser la rétine comme fenêtre accessible sur le système nerveux central. Son travail combine l’examen ophtalmologique de patients atteints de COVID long avec des modèles de rétine et de cerveau cultivés en laboratoire afin d’étudier comment une infection ou des protéines virales pourraient déclencher des mécanismes neurodégénératifs.

1. Pourquoi étudier la rétine ?

La rétine est un tissu nerveux directement observable par des techniques non invasives. Elle permet donc de rechercher chez des patients vivants des signes susceptibles de refléter :

• une atteinte neuronale ;
• une inflammation ;
• des anomalies microvasculaires ;
• des dépôts protéiques associés à la neurodégénérescence ;
• une perturbation du fonctionnement des circuits nerveux.

L’objectif est de développer des biomarqueurs plus accessibles que les prélèvements cérébraux ou certaines techniques d’imagerie lourdes.

2. Des signatures compatibles avec des voies neurodégénératives

Les analyses moléculaires réalisées par son équipe orientent vers l’activation de voies liées à la neurodégénérescence.

Dans les examens rétiniens de patients atteints de COVID long, l’équipe observe notamment des dépôts ressemblant à des drusen, c’est-à-dire de petites accumulations sous-rétiniennes similaires à celles que l’on peut voir au début de la dégénérescence maculaire liée à l’âge.

Ces structures peuvent contenir des lipides, mais aussi des protéines agrégées comme l’amyloïde. Pour Miller, leur présence est cohérente avec les voies neurodégénératives suggérées par les analyses de séquençage.

3. Dépôts détectés par autofluorescence

L’imagerie en autofluorescence du fond d’œil met en évidence des zones de dépôt ou d’accumulation de matériel fluorescent chez certains patients.

Ces observations ne prouvent pas à elles seules une maladie neurodégénérative classique. Elles indiquent plutôt qu’un processus anormal d’accumulation protéique ou lipidique pourrait être actif dans la rétine de certains patients atteints de COVID long.

4. Altérations fonctionnelles à l’électrorétinogramme

Miller ne s’intéresse pas seulement à la structure de la rétine, mais aussi à son fonctionnement.

L’électrorétinogramme, ou ERG, mesure la réponse électrique des cellules rétiniennes à une stimulation lumineuse. Chez les patients présentés, l’équipe observe fréquemment des différences par rapport aux témoins, notamment des modifications de l’onde B.

Cela suggère que les anomalies rétiniennes ne sont pas seulement morphologiques : la communication entre les cellules nerveuses de la rétine peut également être perturbée.

Miller établit un parallèle exploratoire avec les symptômes neurologiques du COVID long, comme le brouillard cérébral, sans affirmer qu’une anomalie précise de l’ERG explique directement ces symptômes.

5. Des organoïdes dérivés des patients

Pour passer de l’observation à l’étude des mécanismes, l’équipe développe des organoïdes rétiniens et cérébraux.

Le processus consiste à :

1. prélever des cellules sanguines chez des patients ou des témoins ;
2. les reprogrammer en cellules souches pluripotentes induites ;
3. les différencier en structures tridimensionnelles ressemblant à de petites rétines ou à de petits tissus cérébraux.

Ces organoïdes sont cultivés dans des bioréacteurs et peuvent être produits en grand nombre. Chaque organoïde peut ensuite être exposé à une condition ou à un traitement différent, ce qui permet des expérimentations mécanistiques et du criblage médicamenteux.

6. Exposition à la protéine Spike

Dans leur modèle, les chercheurs exposent des organoïdes rétiniens à la protéine Spike du SARS-CoV-2 afin de reproduire certains aspects possibles d’une exposition virale persistante.

Ils observent alors la formation d’agrégats de bêta-amyloïde dans les organoïdes rétiniens.

Le bêta-amyloïde est surtout connu pour son association avec la maladie d’Alzheimer, mais Miller évoque également son rôle possible comme peptide antimicrobien. Une infection ou une exposition persistante à des protéines virales pourrait donc déclencher une réponse initialement protectrice, qui deviendrait pathologique si l’agrégation se prolonge.

7. Dépôts d’alpha-synucléine

Des données plus récentes montrent qu’une exposition à de fortes concentrations de Spike peut également entraîner des dépôts d’alpha-synucléine dans les organoïdes.

L’alpha-synucléine est classiquement associée à la maladie de Parkinson. Le modèle présenté montre donc une coapparition de protéines liées à plusieurs maladies neurodégénératives :

• bêta-amyloïde ;
• alpha-synucléine.

Miller souligne que ces agrégats peuvent coexister dans les pathologies humaines et qu’ils pourraient relever d’une réponse commune à l’infection, plutôt que de représenter deux maladies distinctes reproduites à l’identique.

8. Hypothèse d’une neurodégénérescence déclenchée par l’infection

Le modèle général proposé est le suivant :

1. une infection ou une persistance antigénique stimule durablement les tissus nerveux ;
2. des protéines à fonction potentiellement antimicrobienne sont produites ou modifiées ;
3. ces protéines commencent à s’agréger ;
4. l’accumulation devient toxique et perturbe les cellules et les circuits neuronaux ;
5. un processus neurodégénératif pourrait alors s’entretenir même après la phase infectieuse initiale.

Ce modèle reste expérimental. Les dépôts induits dans un organoïde ne prouvent pas qu’un processus identique se produit dans le cerveau de tous les patients atteints de COVID long.

9. Une plateforme de découverte thérapeutique

L’ambition est de relier trois niveaux :

• les anomalies observées dans les yeux des patients ;
• les mécanismes reproduits dans des organoïdes dérivés de cellules humaines ;
• le test de médicaments susceptibles de prévenir ou de réduire les agrégats.

Les molécules efficaces dans les organoïdes pourraient ensuite être rapprochées des profils biologiques des patients et éventuellement orienter de futurs essais cliniques.

Cette plateforme pourrait également être appliquée à d’autres maladies post-infectieuses, notamment certains syndromes associés à la maladie de Lyme ou des troubles neuro-immunitaires pédiatriques comme le PANS/PANDAS.

Limites importantes

Miller souligne implicitement plusieurs limites :

• les observations humaines semblent encore porter sur un nombre limité de patients ;
• les dépôts rétiniens ne sont pas encore validés comme biomarqueurs spécifiques du COVID long ;
• les organoïdes ne reproduisent pas l’ensemble de l’organisme ;
• les organoïdes rétiniens utilisés ne sont pas vascularisés et ne permettent donc pas de modéliser complètement les atteintes microvasculaires ;
• les concentrations expérimentales de Spike doivent être interprétées avec prudence.

Conclusion synthétique

Sean Miller montre que la rétine pourrait offrir une méthode non invasive pour détecter certains signes de dysfonction neurologique dans le COVID long.

Son équipe observe chez des patients :

• des dépôts rétiniens ressemblant à des drusen ;
• des signaux d’accumulation protéique ;
• des anomalies fonctionnelles à l’électrorétinogramme.

Dans les organoïdes, l’exposition à la protéine Spike peut induire des agrégats de bêta-amyloïde et d’alpha-synucléine. Ces résultats soutiennent l’hypothèse selon laquelle une infection persistante ou une exposition antigénique prolongée pourrait activer des voies d’agrégation protéique et de neurodégénérescence.

Le but final est double : développer des biomarqueurs rétiniens accessibles et utiliser les organoïdes comme plateforme de découverte de traitements.

Question à Sean Miller — Les « corps flottants » reflètent-ils la même pathologie rétinienne ?

Question : De nombreuses personnes atteintes de COVID long signalent une augmentation des corps flottants visuels. Peuvent-ils refléter les mêmes mécanismes inflammatoires, neuro-inflammatoires ou microvasculaires que ceux observés dans les études d’imagerie rétinienne ?

Réponse de Sean Miller :

Sean Miller indique qu’il ne dispose pas encore de données permettant d’établir ce lien. Il connaît peu de travaux consacrés spécifiquement aux corps flottants dans le COVID long.

Il rappelle que les corps flottants sont généralement associés à une atteinte ou à des modifications du vitré, le gel transparent situé devant la rétine, plutôt qu’à une anomalie rétinienne proprement dite. Son équipe n’a pas étudié spécifiquement le vitré ni mesuré les corps flottants dans sa cohorte.

Il considère néanmoins la question comme pertinente et estime que cette piste pourrait être explorée à l’avenir.

À retenir

À ce stade, on ne peut pas conclure que les corps flottants résultent des mêmes processus microvasculaires ou neuro-inflammatoires que les anomalies rétiniennes décrites dans son étude. Il s’agit d’une hypothèse plausible à examiner, mais aucune donnée directe n’est encore disponible dans leurs travaux.

Alessandra Luchini — Identifier un sous-groupe associé à Borrelia dans le COVID long grâce aux vésicules extracellulaires urinaires

1 : 33 :32 :Alessandra Luchini présente un projet visant à déterminer si certains patients classés comme atteints de COVID long présentent également des marqueurs biologiques associés à Borrelia, la bactérie responsable de la maladie de Lyme.

L’objectif n’est pas d’affirmer que Borrelia explique le COVID long dans son ensemble, mais de rechercher un sous-groupe potentiellement distinct, dans lequel une infection antérieure, persistante ou réactivée pourrait contribuer à l’hétérogénéité et à la sévérité des symptômes.

1. Des symptômes qui se chevauchent

Luchini rappelle que le COVID long et le syndrome post-traitement de la maladie de Lyme peuvent présenter des manifestations similaires :

• brouillard cérébral ;
• douleurs diffuses ;
• dysfonction du système nerveux autonome ;
• intolérance à l’effort.

Les agents déclencheurs sont pourtant très différents : le COVID long suit une infection par le SARS-CoV-2, tandis que la maladie de Lyme est provoquée par des bactéries du genre Borrelia.

Les deux affections pourraient néanmoins partager certains mécanismes :

• dérégulation immunitaire ;
• persistance de réservoirs infectieux ou de débris antigéniques ;
• neuro-inflammation ;
• anomalies vasculaires ;
• dysfonction mitochondriale ;
• perturbations métaboliques.

La fréquence réelle du chevauchement entre ces deux populations reste inconnue.

2. Pourquoi étudier les vésicules extracellulaires ?

L’équipe analyse des vésicules extracellulaires, ou EV : de petites structures entourées d’une membrane lipidique et libérées par pratiquement toutes les cellules.

Elles transportent notamment :

• des protéines ;
• de l’ADN ou d’autres acides nucléiques ;
• des lipides ;
• des informations reflétant l’état de leur tissu d’origine.

Les molécules enfermées dans ces vésicules sont relativement protégées contre les dégradations enzymatiques, chimiques et physiques.

Les EV peuvent circuler entre les organes, franchir certaines barrières biologiques — dont potentiellement la barrière hématoencéphalique — puis être retrouvées dans l’urine. L’urine pourrait donc contenir des informations provenant non seulement des reins et des voies urinaires, mais aussi de tissus distants, du système immunitaire et éventuellement du système nerveux.

3. L’urine comme « intégrateur » de l’information corporelle

Le sang étant continuellement filtré par les reins, Luchini décrit l’urine comme une forme d’intégration des informations moléculaires circulantes.

Son intérêt pratique est important :

• prélèvement non invasif ;
• possibilité de collectes répétées ;
• transport plus simple que des biopsies ;
• potentiel de détection de signaux provenant de pathogènes très localisés dans les tissus.

Cette dernière caractéristique est particulièrement pertinente pour Borrelia, qui peut être difficile à retrouver directement dans le sang.

4. Trois protéines de Borrelia sélectionnées

L’équipe a d’abord réalisé une découverte de biomarqueurs par spectrométrie de masse, en comparant :

• des échantillons de patients ;
• des modèles animaux ;
• des cultures de Borrelia in vitro.

Les peptides retenus devaient être à la fois :

• spécifiques de Borrelia ;
• présents dans différents modèles ;
• conservés entre plusieurs groupes pathogènes de Borrelia.

Parmi plusieurs centaines de protéines candidates, trois cibles principales ont été sélectionnées :

• P66 ;
• la flagelline ;
• la methyl-accepting chemotaxis protein 5, une protéine participant à la détection des signaux chimiques et au contrôle du déplacement bactérien.

Ces protéines sont ensuite mesurées à l’aide de spectrométrie de masse quantitative et d’immunoessais.

5. Premiers résultats dans la maladie de Lyme

Une étude longitudinale portant sur environ 60 personnes a montré que la concentration de certains peptides de Borrelia était corrélée à l’intensité des symptômes chez des personnes présentant des manifestations persistantes après l’infection.

Dans les cas de maladie de Lyme active, Luchini rapporte une sensibilité et une spécificité supérieures à 95 % pour le test étudié.

Des peptides ont également été détectés dans des cohortes de maladie de Lyme aiguë et chronique, par spectrométrie de masse ciblée ainsi que par immunoessais.

Ces résultats concernent d’abord le développement du test pour la maladie de Lyme ; ils ne constituent pas encore une validation chez les patients atteints de COVID long.

6. Application prévue au COVID long

Le projet soutenu par PolyBio doit appliquer cette plateforme à une cohorte non sélectionnée de patients atteints de COVID long.

L’objectif est de rechercher :

• des protéines de Borrelia dans les EV urinaires ;
• l’existence d’un sous-groupe positif ;
• une éventuelle association entre ces marqueurs et certains symptômes ou une plus grande sévérité.

Le protocole prévoit également de comparer la méthode aux tests sérologiques classiques :

• tests IgM et IgG recommandés par les CDC ;
• test ELISA utilisant le peptide C6 ;
• détection directe des antigènes de Borrelia dans les EV urinaires.

Cette comparaison est importante, car les tests sérologiques mesurent la réponse immunitaire du patient, tandis que la plateforme de Luchini cherche directement des éléments dérivés du pathogène.

7. Au-delà de Borrelia : caractériser les organes atteints

L’analyse des EV urinaires ne se limitera pas aux antigènes bactériens. L’équipe prévoit aussi de mesurer des marqueurs associés à :

• l’activation des astrocytes ;
• la dysfonction de la barrière hématoencéphalique ;
• les lésions neuronales ;
• les interactions entre système nerveux et immunité ;
• l’activation des mastocytes ;
• l’inflammation vasculaire ;
• la dysfonction endothéliale ;
• la signalisation des interférons de type I.

L’objectif final est d’élaborer un panel moléculaire non invasif permettant de définir plusieurs sous-groupes biologiques de COVID long.

8. Possibilité d’identifier le tissu d’origine

Une étude antérieure menée chez des patients atteints de tuberculose sert de preuve de concept. Dans les EV urinaires, l’équipe avait détecté non seulement des antigènes et de l’ADN du pathogène, mais aussi des protéines attribuables à différents organes, notamment les poumons et le système immunitaire.

Cela suggère que l’analyse urinaire pourrait apporter des informations sur la localisation ou la nature des tissus affectés, même lorsque ceux-ci sont éloignés des reins.

9. Une technologie de collecte à domicile

Luchini présente enfin un dispositif breveté permettant de recueillir l’urine au cabinet médical ou au domicile.

Le système repose sur un support pliable de type origami qui :

• élimine la partie liquide ;
• concentre les protéines et les vésicules extracellulaires sur une matrice ;
• permet l’expédition de l’échantillon sans transporter un récipient rempli d’urine.

Cette technologie pourrait faciliter les études multicentriques, les prélèvements répétés et, à terme, un éventuel déploiement diagnostique à grande échelle.

Limites importantes

L’étude dans le COVID long est encore au stade de projet ou de démarrage. Elle ne démontre donc pas actuellement :

• que Borrelia est fréquemment présente chez les patients atteints de COVID long ;
• qu’une infection à Borrelia a été réactivée par le SARS-CoV-2 ;
• que les antigènes éventuellement détectés correspondent à des bactéries vivantes ;
• qu’un traitement antibiotique serait indiqué sur la seule base de ces biomarqueurs.

La détection d’un antigène pourrait refléter une infection active, une persistance tissulaire ou des débris antigéniques ; ces possibilités devront être distinguées.

Conclusion synthétique

Alessandra Luchini développe une approche non invasive destinée à rechercher directement des protéines de Borrelia dans les vésicules extracellulaires présentes dans l’urine.

Son hypothèse est qu’un sous-groupe de patients atteints de COVID long pourrait présenter une signature associée à la maladie de Lyme, susceptible de contribuer à certains symptômes. En parallèle, les mêmes EV pourraient fournir des informations sur les atteintes neurologiques, immunitaires et vasculaires.

Le message principal est donc : utiliser l’urine comme fenêtre sur les pathogènes et les tissus afin de mieux décomposer l’hétérogénéité biologique du COVID long.

Amy Proal, pour Michela Locci — Étude directe de l’immunité adaptative dans les ganglions lymphatiques

1 :58 :31 :Amy Proal présente les travaux de Michela Locci, absente du symposium. Le projet vise à étudier directement les réponses immunitaires adaptatives dans les ganglions lymphatiques de patients atteints de COVID long, plutôt que de se limiter aux analyses sanguines.

Le message central est que des anomalies immunitaires importantes peuvent être visibles dans les ganglions tout en étant indétectables dans le sang du même patient.

1. Pourquoi examiner les ganglions lymphatiques ?

Les ganglions sont des lieux essentiels de maturation de la réponse immunitaire. Ils contiennent notamment les centres germinatifs, où les lymphocytes B :

• prolifèrent ;
• sélectionnent les anticorps les plus efficaces ;
• améliorent leur affinité pour l’antigène ;
• se différencient en plasmocytes ou en cellules B mémoire.

Une analyse sanguine peut donc ne montrer que le résultat final ou une fraction de ce processus, sans révéler les anomalies présentes au lieu même où la réponse se construit.

2. Prélèvements par ponction à l’aiguille fine

L’équipe prélève des cellules ganglionnaires au moyen d’une ponction-aspiration à l’aiguille fine. Cette technique est moins invasive qu’une biopsie chirurgicale et peut être réalisée chez des patients atteints de COVID long ainsi que chez des témoins ayant récupéré normalement de l’infection.

Les chercheurs étudient ensuite directement les réponses des lymphocytes B déclenchées par le SARS-CoV-2.

3. Une perturbation profonde des réponses B au SARS-CoV-2

Les premiers résultats montrent une dérégulation importante des réponses des cellules B spécifiques du SARS-CoV-2 chez les patients atteints de COVID long.

Amy Proal insiste sur un point majeur : ces anomalies ont été observées dans les prélèvements ganglionnaires, mais pas dans le sang des mêmes participants.

Cela renforce l’idée que le compartiment sanguin peut manquer une partie centrale de la pathologie immunitaire.

4. Conséquence possible : une élimination virale insuffisante

Une réponse B désorganisée ou de moindre qualité pourrait entraîner :

• une production insuffisante d’anticorps neutralisants ;
• une maturation imparfaite des anticorps ;
• une mémoire immunitaire moins efficace ;
• une difficulté à éliminer complètement le SARS-CoV-2 ou ses réservoirs.

Cette hypothèse pourrait contribuer à expliquer pourquoi certains patients conservent du matériel viral ou une stimulation antigénique prolongée.

Amy Proal précise cependant que cette relation avec la persistance virale n’est pas encore démontrée et nécessite des analyses supplémentaires.

5. Extension de l’étude au virus Epstein-Barr

Grâce à un financement complémentaire, l’équipe étudie désormais également l’activité du virus Epstein-Barr, ou EBV, dans les mêmes prélèvements ganglionnaires.

Cette piste est importante car une réactivation de l’EBV semble survenir chez un sous-groupe de patients atteints de COVID long.

Le mécanisme envisagé est le suivant :

1. le SARS-CoV-2 perturbe certaines défenses antivirales, notamment la signalisation par les interférons ;
2. le contrôle immunitaire d’un virus latent comme l’EBV devient moins efficace ;
3. l’EBV peut se réactiver ;
4. cette réactivation peut à son tour altérer le fonctionnement des cellules B.

6. Pourquoi l’EBV pourrait directement perturber la réponse B

L’EBV infecte précisément les lymphocytes B. Il peut modifier :

• leur activation ;
• leur différenciation ;
• leur survie ;
• leur trajectoire de maturation ;
• leur capacité à produire des réponses adaptées contre d’autres agents infectieux.

L’équipe cherche donc à déterminer si une activité anormale de l’EBV dans les ganglions pourrait contribuer aux réponses B aberrantes dirigées contre le SARS-CoV-2.

Dans ce modèle, la réponse immunitaire défectueuse pourrait ne pas résulter uniquement du SARS-CoV-2 : elle pourrait aussi être amplifiée par un autre virus qui « détourne » les cellules B.

7. Parallèle avec la péritonite infectieuse féline

Amy Proal complète la présentation par un exemple tiré d’un autre coronavirus : le virus responsable de la péritonite infectieuse féline, ou FIP.

Dans cette étude animale, des chercheurs ont analysé les ganglions lymphatiques mésentériques de chats au moyen de plusieurs techniques :

• séquençage ARN unicellulaire ;
• immunohistochimie ;
• hybridation ARN in situ.

Ils ont montré que le coronavirus félin pouvait pénétrer dans des lymphocytes T et B des ganglions.

De l’ARN viral subgénomique a notamment été détecté dans des lymphocytes T CD3 positifs. Comme cet ARN est produit lors de la réplication virale, sa présence est compatible avec une activité virale dans ces cellules.

Les lymphocytes contenant l’ARN viral présentaient également une activation de voies antivirales et immunitaires innées. De faibles niveaux d’ARN persistaient même après un traitement antiviral.

8. Intérêt de ce parallèle pour le COVID long

Ce résultat chez le chat ne prouve pas que le SARS-CoV-2 infecte de la même manière les lymphocytes humains.

Il montre toutefois que :

• certains coronavirus peuvent persister dans les ganglions ;
• ils peuvent interagir directement avec les lymphocytes ;
• une activité virale peut subsister malgré un traitement ;
• l’étude directe des tissus lymphoïdes peut bouleverser la compréhension d’une infection chronique.

Amy Proal utilise donc ce modèle pour souligner l’importance de ne pas présumer à l’avance quelles cellules peuvent ou non héberger un coronavirus.

Conclusion synthétique

Les travaux de Michela Locci montrent que les ganglions lymphatiques peuvent révéler une dérégulation profonde des réponses des lymphocytes B au SARS-CoV-2, invisible dans le sang des mêmes patients.

Deux mécanismes potentiellement liés sont étudiés :

• une réponse B de qualité insuffisante, susceptible de favoriser la persistance du SARS-CoV-2 ;
• une réactivation de l’EBV, capable d’altérer directement la maturation et le fonctionnement des cellules B.

Le principal enseignement est que, pour comprendre l’immunité adaptative du COVID long, il faut examiner directement les organes où elle se développe : un bilan sanguin apparemment normal peut masquer une anomalie immunitaire active dans les ganglions.

Peter Moschovis — Cibler la dysfonction de la barrière intestinale dans le COVID long pédiatrique

2 :08 :16 :Peter Moschovis présente les résultats intermédiaires d’un essai clinique mené avec Lael Yonker chez des enfants et adolescents atteints de COVID long. L’étude teste une stratégie visant à réduire l’hyperperméabilité intestinale afin de limiter le passage dans le sang de produits microbiens ou viraux susceptibles d’entretenir l’inflammation systémique.

1. Hypothèse de départ : un intestin anormalement perméable

L’équipe part d’un modèle dans lequel une partie du COVID long serait liée à plusieurs phénomènes en chaîne :

1. persistance du SARS-CoV-2 dans le tube digestif ;
2. dysbiose et altération du microbiote ;
3. ouverture anormale des jonctions serrées de l’épithélium intestinal ;
4. passage dans la circulation de protéines virales, notamment Spike, et d’autres molécules inflammatoires ;
5. activation de l’immunité innée puis adaptative ;
6. formation possible de microcaillots et d’autoanticorps.

Cette hypothèse pourrait concerner différents syndromes post-aigus pédiatriques, sur un continuum allant du MIS-C au COVID long plus classique observé chez les adolescents.

2. La zonuline comme marqueur de perméabilité intestinale

Moschovis insiste sur le rôle de la zonuline, une protéine impliquée dans la régulation des jonctions serrées entre les cellules intestinales.

Lorsque la zonuline est élevée dans le sang, cela peut refléter une barrière intestinale moins étanche. Il rapporte qu’une augmentation de ce marqueur a été associée à un risque accru de séquelles post-aiguës du COVID.

Dans ce modèle, la perte d’intégrité intestinale permettrait à des antigènes présents dans le tube digestif de gagner la circulation et d’entretenir les symptômes.

3. Traitement étudié : le larazotide

L’essai porte sur le larazotide, un peptide synthétique initialement développé pour la maladie cœliaque.

Son mécanisme envisagé est de limiter l’ouverture des jonctions serrées intestinales provoquée par :

• le gluten ;
• certaines cytokines inflammatoires ;
• potentiellement le SARS-CoV-2 ou ses protéines.

Le médicament est administré dans des gélules contenant des microbilles à enrobage entérique. Il agit principalement dans l’intestin et est très peu absorbé dans la circulation générale.

Cette action locale constitue un avantage potentiel en pédiatrie, car elle pourrait réduire le risque d’effets indésirables systémiques.

4. Objectifs de l’essai

L’étude cherche à déterminer si le renforcement de la barrière intestinale peut améliorer :

• les symptômes gastro-intestinaux ;
• la fatigue ;
• les troubles du sommeil ;
• les manifestations cardiovasculaires ou dysautonomiques ;
• le fonctionnement quotidien ;
• certains biomarqueurs de perméabilité intestinale et d’activation immunitaire.

Le recrutement est presque terminé au moment de la présentation, mais les données n’ont pas encore été levées en aveugle. Moschovis ne sait donc pas quels participants ont reçu le larazotide et lesquels ont reçu le placebo.

5. Profil des participants

Les enfants et adolescents inclus présentent une maladie multisystémique, avec notamment :

• une fatigue importante ;
• des troubles du sommeil ;
• un phénotype compatible avec le POTS chez certains ;
• des douleurs musculaires ou articulaires ;
• des symptômes digestifs ;
• un retentissement élevé sur la vie quotidienne.

Cette diversité montre que l’essai ne vise pas uniquement les patients souffrant de troubles digestifs, mais cherche à savoir si une intervention intestinale peut améliorer des manifestations plus générales.

6. Analyse intermédiaire en aveugle

Une analyse intermédiaire a été réalisée après l’inclusion du quarantième participant et présentée au comité indépendant de surveillance de la sécurité.

Les résultats regroupent cependant les patients sous traitement et ceux sous placebo. Ils ne permettent donc pas d’attribuer les changements observés au larazotide.

Dans l’ensemble de la cohorte, l’équipe observe une amélioration au cours du suivi concernant :

• la fatigue ;
• le sommeil ;
• l’impact de la maladie sur la vie quotidienne ;
• les symptômes gastro-intestinaux ;
• certains symptômes cardiovasculaires.

Moschovis précise que les trajectoires individuelles semblent montrer des améliorations significatives dans plusieurs de ces domaines. Mais en l’absence de levée de l’aveugle, il est impossible de savoir si cette évolution est supérieure sous traitement actif.

7. Pourquoi ces résultats ne constituent pas encore une preuve d’efficacité

Plusieurs explications peuvent produire une amélioration dans une analyse regroupée :

• effet réel du médicament ;
• effet placebo ;
• fluctuation naturelle des symptômes ;
• régression vers la moyenne ;
• amélioration spontanée au fil du temps ;
• différences initiales entre les groupes.

La comparaison finale entre larazotide et placebo est donc indispensable.

8. Analyses biologiques prévues

Après la fin de l’étude et la levée de l’aveugle, l’équipe prévoit de mettre en relation l’évolution clinique avec les biomarqueurs.

Elle cherchera notamment à déterminer :

• si le traitement réduit les marqueurs de perméabilité intestinale ;
• si les niveaux d’antigènes viraux circulants diminuent ;
• si les marqueurs inflammatoires ou immunitaires se normalisent ;
• si les patients présentant initialement une forte altération de la barrière intestinale répondent mieux.

Cette analyse pourrait permettre d’identifier un sous-groupe de COVID long pédiatrique particulièrement susceptible de bénéficier d’un traitement ciblant l’intestin.

Conclusion synthétique

Peter Moschovis présente un essai pédiatrique fondé sur une hypothèse mécanistique précise : un réservoir intestinal du SARS-CoV-2 et une barrière intestinale trop perméable pourraient entretenir l’exposition systémique aux antigènes viraux et l’inflammation du COVID long.

Le larazotide vise à refermer les jonctions serrées intestinales sans agir largement dans le reste de l’organisme.

Les données intermédiaires montrent une amélioration globale de plusieurs symptômes, mais elles restent en aveugle et ne permettent pas encore de conclure à l’efficacité du traitement. La réponse définitive dépendra de la comparaison avec le placebo et de l’analyse des biomarqueurs.

Michael VanElzakker — Neuro-inflammation et fonction des neutrophiles dans le COVID long et l’EM/SFC

2 :17 :45 : Michael VanElzakker présente deux axes de recherche complémentaires :

1. la visualisation directe de la neuro-inflammation dans le COVID long et l’EM/SFC ;
2. l’étude des neutrophiles, dont les anomalies pourraient entretenir l’inflammation, les lésions vasculaires et certains symptômes neurologiques.

Son idée générale est que les symptômes ne résultent pas nécessairement d’une atteinte neuronale primaire : ils peuvent être produits par une réponse immunitaire persistante dans le cerveau et dans le reste de l’organisme.

1. Les microglies, cellules immunitaires du cerveau

Les microglies surveillent normalement le système nerveux central et réagissent aux infections, aux lésions et aux signaux inflammatoires.

Lorsqu’elles sont stimulées de manière prolongée, elles changent de morphologie et libèrent différents médiateurs :

• cytokines ;
• glutamate ;
• ATP ;
• prostaglandines ;
• autres molécules modifiant l’excitabilité neuronale.

Cette activation peut perturber le rapport signal-bruit des réseaux cérébraux et réduire certains mécanismes inhibiteurs. Elle pourrait ainsi contribuer au brouillard cérébral, aux troubles sensoriels, aux céphalées, aux migraines et à d’autres manifestations neurologiques.

2. Mesurer la neuro-inflammation par TEP

Les microglies activées augmentent l’expression de la protéine translocatrice TSPO. Cette protéine peut être ciblée par un radiotraceur en tomographie par émission de positons, ou TEP.

La méthode permet donc de cartographier indirectement les zones où les cellules gliales sont davantage activées.

L’équipe avait déjà publié une première étude comparant des patients à des témoins recrutés avant la pandémie. Elle a depuis élargi le protocole afin d’inclure :

• des patients atteints de COVID long ;
• des personnes ayant eu le COVID mais ayant récupéré ;
• des patients atteints d’EM/SFC avant 2018 ;
• des témoins antérieurs à la pandémie.

3. Comparaison entre COVID long et EM/SFC

Les patients atteints de COVID long inclus dans cette analyse répondent également aux critères de l’EM/SFC, notamment avec une maladie multisystémique et une difficulté importante à récupérer après l’effort.

Dans les résultats présentés, l’équipe observe une activation gliale dans le tronc cérébral chez les patients atteints de COVID long par rapport aux témoins ayant récupéré du COVID. L’analyse évoquée comprend 23 patients atteints de COVID long et 14 témoins rétablis.

Une activation du tronc cérébral est aussi observée dans le groupe EM/SFC prépandémique. Cela correspond à l’existence de symptômes communs entre les deux maladies.

Les répartitions ne sont toutefois pas identiques :

• dans le COVID long, le signal semble davantage associé aux vaisseaux et aux régions où la barrière hématoencéphalique est plus perméable ;
• dans l’EM/SFC prépandémique, certains motifs diffèrent, malgré une atteinte commune du tronc cérébral.

Ces données suggèrent des mécanismes qui se chevauchent sans être nécessairement identiques.

4. Rôle du noyau du tractus solitaire et du nerf vague

VanElzakker attire particulièrement l’attention sur le noyau du tractus solitaire, situé dans le tronc cérébral.

Cette région reçoit une grande partie des signaux transmis par le nerf vague depuis les organes internes. Le cerveau y reçoit des informations relatives notamment :

• à l’inflammation ;
• à l’état de l’intestin ;
• aux poumons ;
• au cœur et à la circulation ;
• aux signaux immunitaires périphériques.

Une inflammation persistante dans les tissus pourrait donc être continuellement signalée au cerveau par les voies vagales. Le tronc cérébral réagirait à cette information comme lors d’une infection active et contribuerait au maintien d’un état général de maladie.

Ce modèle permettrait de relier des anomalies périphériques — par exemple intestinales, immunitaires ou vasculaires — à des symptômes centraux comme la fatigue, le malaise, les troubles cognitifs et la dysautonomie.

5. Une réponse de maladie potentiellement protectrice devenue chronique

VanElzakker distingue la neuro-inflammation d’une dégénérescence neuronale irréversible.

La fatigue, la baisse de motivation, le besoin de repos, les troubles cognitifs et l’intolérance à l’effort peuvent faire partie d’une réponse de maladie normalement protectrice : le cerveau modifie le comportement afin d’économiser l’énergie pendant une infection.

Le problème apparaîtrait lorsque le signal immunitaire persiste. Une réponse utile pendant quelques jours pourrait alors devenir chronique, invalidante et inadaptée.

6. Neutrophiles et inflammation persistante

Le second volet porte sur les neutrophiles, cellules de l’immunité innée mobilisées rapidement contre les infections.

Ils peuvent :

• phagocyter les agents pathogènes ;
• libérer des enzymes et des espèces réactives de l’oxygène ;
• former des pièges extracellulaires, ou NETs ;
• interagir avec les plaquettes et l’endothélium.

Une activation excessive ou mal régulée peut donc favoriser :

• l’inflammation vasculaire ;
• les lésions endothéliales ;
• la coagulation et les microcaillots ;
• la libération de médiateurs capables d’influencer le cerveau.

Le projet vise à déterminer si les neutrophiles du COVID long et de l’EM/SFC ont un état fonctionnel différent de ceux des témoins, plutôt que de se limiter à leur simple nombre dans le sang.

7. Pourquoi étudier leur fonction plutôt que leur abondance ?

Un hémogramme peut être normal alors que les neutrophiles présentent des anomalies de comportement.

Les chercheurs cherchent notamment à examiner leur capacité à :

• migrer vers un signal inflammatoire ;
• reconnaître et éliminer des cibles ;
• produire une réponse oxydative ;
• se dégranuler ;
• former des NETs ;
• revenir à un état de repos.

Cette approche pourrait révéler soit une hyperactivation persistante, soit au contraire une forme d’épuisement ou de dysfonction après une stimulation chronique.

8. Relier les anomalies du sang à celles du cerveau

Un objectif important est de comparer, chez les mêmes participants :

• les résultats de l’imagerie cérébrale ;
• les caractéristiques des neutrophiles ;
• les biomarqueurs sanguins ;
• les symptômes et l’intolérance à l’effort.

Une corrélation entre activation gliale et dysfonction des neutrophiles renforcerait l’hypothèse d’un dialogue pathologique continu entre immunité périphérique et système nerveux central.

Cela ne démontrerait toutefois pas que les neutrophiles sont l’unique cause de la neuro-inflammation. Ils pourraient être un acteur parmi d’autres, aux côtés de la persistance virale, de l’atteinte intestinale, de l’activation endothéliale et d’autres réponses immunitaires.

Conclusion synthétique

Michael VanElzakker montre que le COVID long et l’EM/SFC sont associés à une activation gliale mesurable, particulièrement dans le tronc cérébral. Le chevauchement entre les deux maladies est important, mais les profils cérébraux présentés ne sont pas parfaitement identiques.

Son modèle relie trois niveaux :

1. une stimulation immunitaire persistante dans les tissus ;
2. sa transmission au cerveau, notamment par le nerf vague et les régions vasculaires vulnérables ;
3. une activation gliale chronique produisant fatigue, troubles cognitifs, dysautonomie et malaise post-effort.

L’étude des neutrophiles doit préciser comment l’immunité innée périphérique participe à cette boucle. Le principal message est que les symptômes neurologiques pourraient correspondre à une réponse neuro-immunitaire biologiquement active, et non à une manifestation purement psychologique.

David Putrino — Neuromodulation non invasive des troubles cognitifs du COVID long

2 :28 :49 : David Putrino présente un premier essai clinique portant sur la thérapie magnétique en microteslas, ou MMT, destinée aux personnes souffrant de troubles cognitifs après un COVID long.

L’objectif n’est pas de stimuler directement les neurones, mais d’utiliser des champs magnétiques de très faible intensité pour déclencher des réponses cellulaires susceptibles de réduire le stress oxydatif et la neuro-inflammation.

1. Pourquoi cibler les troubles cognitifs ?

Le brouillard cérébral du COVID long peut se manifester par des difficultés de :

• concentration ;
• attention visuelle ;
• vitesse de traitement de l’information ;
• inhibition et fonctions exécutives ;
• mémoire de travail ;
• maintien d’un effort intellectuel.

Putrino souligne que les interventions classiques de rééducation cognitive peuvent elles-mêmes demander beaucoup d’énergie. Chez des patients présentant une intolérance à l’effort, une stimulation trop intense pourrait être mal tolérée.

L’intérêt recherché est donc une intervention :

• non invasive ;
• peu exigeante pour le patient ;
• ne provoquant pas directement une activation neuronale importante ;
• pouvant être administrée à intervalles espacés.

2. Principe de la thérapie magnétique en microteslas

La MMT utilise des champs magnétiques extrêmement faibles, très inférieurs à ceux de la stimulation magnétique transcrânienne répétitive, ou rTMS.

Selon le mécanisme présenté, ces champs de faible énergie exerceraient une contrainte légère sur les mitochondries. Ce phénomène, décrit comme une forme de mitohormèse, déclencherait des réponses adaptatives :

• augmentation des défenses antioxydantes ;
• diminution de certains signaux inflammatoires ;
• amélioration potentielle du fonctionnement mitochondrial ;
• effet neuroprotecteur indirect.

La MMT ne cherche donc pas à provoquer la dépolarisation des neurones. Elle vise plutôt à modifier l’environnement métabolique et inflammatoire des tissus cérébraux.

3. Données précliniques

Avant l’essai humain, la technologie a été étudiée dans des modèles animaux.

Putrino rapporte que les animaux traités présentaient :

• une amélioration de la qualité du tissu neural ;
• une réduction assez large des marqueurs de neuro-inflammation.

Ces résultats ont servi de justification au premier essai chez des patients.

4. Conception du premier essai clinique

L’étude était :

• randomisée ;
• contrôlée par placebo simulé ;
• en triple aveugle.

Cela signifie que les patients, les cliniciens supervisant l’intervention et les évaluateurs ne savaient pas qui recevait le traitement actif.

Trente participants ont été inclus, avec une répartition de deux patients sous MMT pour un patient sous traitement simulé.

Pour participer, les personnes devaient présenter au minimum un trouble cognitif léger confirmé par un neuropsychologue. Les causes concurrentes importantes de déficit cognitif, comme un accident vasculaire cérébral ou un traumatisme crânien, constituaient des critères d’exclusion.

5. Modalités du traitement

Le protocole comprenait :

• une intervention de quatre semaines ;
• des séances de 15 minutes ;
• une séance toutes les 72 heures ;
• une nouvelle évaluation quatre semaines après la fin du traitement.

Les chercheurs ont recueilli :

• des tests cognitifs objectifs ;
• des questionnaires rapportés par les patients ;
• des biomarqueurs sanguins ;
• des mesures au départ, à la fin du traitement et au suivi.

Les critères principaux portaient d’abord sur la sécurité et la faisabilité, et non sur une démonstration définitive d’efficacité.

6. Sécurité et faisabilité

Aucun événement indésirable attribué au dispositif n’a été rapporté.

Tous les participants ont complété l’ensemble des séances prévues, soit une adhésion de 100 %. L’aveugle est également resté crédible : les participants ne pouvaient pas déterminer correctement s’ils avaient reçu le traitement actif ou simulé.

Ces résultats répondent favorablement aux deux objectifs principaux de l’essai :

• la technologie semble réalisable ;
• elle semble bien tolérée dans ce petit échantillon.

7. Premiers signaux sur les fonctions cognitives

Bien que l’étude n’ait pas été dimensionnée principalement pour démontrer l’efficacité, plusieurs améliorations ont été observées dans le groupe MMT.

Elles concernent notamment :

• l’attention visuelle ;
• la vitesse de traitement cognitif ;
• l’attention et l’inhibition ;
• certaines fonctions exécutives ;
• le bien-être émotionnel.

Un résultat jugé particulièrement encourageant est que certaines performances s’amélioraient modestement à la fin des quatre semaines, puis davantage encore lors du suivi effectué quatre semaines plus tard.

Cela suggère que les effets ne se limitaient pas à la durée immédiate de l’intervention et pouvaient continuer à se développer après son arrêt.

8. Bien-être émotionnel

Le groupe ayant reçu la MMT a également montré une amélioration du bien-être émotionnel, alors qu’une dégradation était observée dans le groupe simulé.

Ce résultat peut être intéressant, mais il ne permet pas de savoir si l’amélioration émotionnelle est :

• un effet direct de la neuromodulation ;
• une conséquence de l’amélioration cognitive ;
• liée à d’autres changements symptomatiques.

Il devra être confirmé dans une étude plus importante.

9. Différence avec la rTMS

La rTMS emploie généralement des champs de l’ordre d’un à deux teslas afin d’induire un courant électrique et de stimuler directement les neurones.

La MMT utilise, selon Putrino, une intensité environ 100 000 fois plus faible. Elle ne cherche pas à déclencher une activité neuronale, mais à provoquer une réponse mitochondriale adaptative.

Cette différence pourrait être importante chez des patients très sensibles à l’effort cognitif :

• la rTMS agit principalement par stimulation électrique des circuits ;
• la MMT agirait principalement par modulation métabolique, antioxydante et anti-inflammatoire.

Putrino estime ainsi que la MMT pourrait être mieux tolérée, précisément parce qu’elle ne provoque pas directement l’effort neuronal associé à une stimulation plus intense.

10. Limites des résultats

L’étude reste un essai initial de petite taille.

Ses principales limites sont :

• seulement 30 participants ;
• une répartition inégale entre traitement actif et placebo ;
• des critères principaux centrés sur la sécurité et la faisabilité ;
• plusieurs critères cognitifs exploratoires ;
• la nécessité de reproduire les résultats sur une population plus large ;
• l’absence, à ce stade, de preuve que les améliorations correspondent à une réduction mesurable de la neuro-inflammation chez l’humain.

Ces résultats doivent donc être considérés comme prometteurs, mais non définitifs.

11. Prochaine étape

L’équipe prépare un essai pivot multicentrique de plus grande ampleur.

L’objectif est de :

• confirmer l’efficacité cognitive ;
• mieux évaluer la durée des effets ;
• identifier les patients qui répondent le mieux ;
• documenter les biomarqueurs associés ;
• fournir les données nécessaires à une éventuelle autorisation réglementaire du dispositif.

Conclusion synthétique

David Putrino présente la MMT comme une approche de neuromodulation atypique : elle ne stimule pas directement les neurones, mais cherche à activer les mécanismes mitochondriaux de défense contre le stress oxydatif et l’inflammation.

Dans un premier essai randomisé de 30 patients, le dispositif s’est montré bien toléré et facile à utiliser. Des signaux d’amélioration ont été observés pour l’attention, la vitesse de traitement, les fonctions exécutives et le bien-être émotionnel, avec parfois une progression après la fin du traitement.

Le principal enseignement est donc que des champs magnétiques de très faible intensité pourraient offrir une voie non invasive pour atténuer certains troubles cognitifs du COVID long, mais cette efficacité doit encore être confirmée par un essai multicentrique plus large.

Mark Painter — Les lymphocytes T CD8 spécifiques des virus comme biosenseurs de persistance antigénique

2 :38 :30: Mark Painter cherche à savoir si des antigènes viraux persistent dans l’organisme de certaines personnes atteintes de COVID long et continuent à stimuler leur système immunitaire.

Plutôt que de rechercher directement le SARS-CoV-2 dans chaque tissu, son équipe propose d’utiliser les lymphocytes T CD8 spécifiques du virus comme des « biosenseurs » circulants.

1. Pourquoi les lymphocytes T peuvent révéler ce qui se passe dans les tissus

Les lymphocytes T circulent constamment entre le sang et les tissus. Chacun possède un récepteur capable de reconnaître un peptide particulier présenté à la surface d’une cellule.

Lorsqu’un lymphocyte T CD8 rencontre dans un tissu une cellule présentant un antigène viral correspondant :

• il s’active ;
• il modifie les protéines qu’il exprime ;
• son programme génétique change ;
• il peut ensuite revenir dans le sang en conservant les traces de cette activation récente.

L’idée est donc d’isoler dans le sang les rares cellules spécifiques du SARS-CoV-2 et d’examiner leur état. Une activation récente peut suggérer qu’elles ont rencontré quelque part dans l’organisme l’antigène qu’elles reconnaissent.

2. Une mesure indirecte, et non une détection directe du virus

Cette approche ne localise pas le réservoir et ne démontre pas à elle seule la présence d’un virus vivant.

Elle peut en revanche indiquer qu’une réponse immunitaire spécifique continue d’être stimulée. Les lymphocytes T fonctionnent alors comme des sentinelles ayant parcouru les tissus et rapportant indirectement ce qu’elles y ont rencontré.

Painter défend ainsi l’idée que le sang peut encore fournir des informations sur une pathologie tissulaire, à condition d’analyser les bonnes cellules avec des méthodes suffisamment précises.

3. Identification des cellules grâce aux tétramères HLA-peptide

L’équipe utilise des tétramères de classe I du HLA. Ces réactifs reproduisent la structure reconnue par le lymphocyte T à la surface d’une cellule infectée :

• une molécule HLA ;
• chargée avec un peptide viral donné, par exemple issu de Spike ;
• associée à des marqueurs fluorescents.

Seuls les lymphocytes dont le récepteur reconnaît précisément ce peptide se fixent au tétramère. Une double coloration fluorescente améliore la spécificité de leur identification par cytométrie en flux.

Cette technique ne nécessite pas de stimuler les cellules en laboratoire. Elle préserve donc mieux leur état biologique au moment du prélèvement et permet de déterminer si elles étaient déjà activées dans l’organisme.

4. Analyse simultanée de plusieurs virus

Grâce à une méthode multiplexée, les chercheurs peuvent identifier dans un même échantillon des lymphocytes T spécifiques de nombreux antigènes, notamment ceux de :

• SARS-CoV-2 ;
• virus Epstein-Barr ;
• cytomégalovirus ;
• grippe.

Cette comparaison est essentielle. Une activation généralisée de toutes les cellules antivirales suggérerait une dérégulation immunitaire globale, tandis qu’une activation sélective des cellules dirigées contre le SARS-CoV-2 orienterait davantage vers une stimulation antigénique spécifique.

L’équipe analyse ainsi plusieurs centaines d’échantillons provenant de cohortes de Penn, Yale et de l’UCSF.

5. Marqueurs d’activation PD-1 et CD39

Painter montre deux profils différents chez des participants atteints de COVID long.

Chez certains, les lymphocytes T CD8 spécifiques de Spike sont détectables, mais n’expriment pas fortement les marqueurs PD-1 et CD39. Leur profil est compatible avec des cellules mémoire qui n’ont pas rencontré récemment leur antigène.

Chez d’autres patients, les cellules spécifiques de Spike expriment fortement ces marqueurs et apparaissent activées. Painter interprète ce profil comme compatible avec une rencontre récente avec un antigène du SARS-CoV-2 quelque part dans l’organisme.

La variabilité entre les patients suggère que la persistance antigénique pourrait ne concerner qu’un sous-groupe du COVID long.

6. Comparaison avec l’infection aiguë et la guérison

Pendant une infection aiguë, les lymphocytes T spécifiques de Spike sont logiquement activés.

Après une guérison complète, ils adoptent généralement un profil de cellules mémoire, proche de celui des lymphocytes T spécifiques de la grippe : ils persistent, mais ne montrent plus les signes d’une stimulation récente.

Dans le COVID long, les chercheurs observent au contraire chez certains participants un déplacement vers des états :

• activés ;
• différenciés en effecteurs terminaux ;
• distincts du profil mémoire observé après une récupération normale.

Ce résultat est cohérent avec une exposition antigénique prolongée ou répétée.

7. Les cellules spécifiques de la grippe comme contrôle interne

Les lymphocytes T dirigés contre la grippe restent relativement stables :

• pendant l’infection aiguë par le SARS-CoV-2 ;
• chez les personnes guéries ;
• chez les patients atteints de COVID long.

Cela renforce l’idée que les changements observés ne touchent pas indistinctement toutes les cellules T mémoire. Ils semblent davantage concerner les populations spécifiques du SARS-CoV-2.

8. Séquençage unicellulaire

L’équipe associe les tétramères à du séquençage ARN unicellulaire. Chaque cellule peut ainsi être caractérisée selon :

• l’antigène qu’elle reconnaît ;
• les gènes qu’elle exprime ;
• son état de différenciation ;
• ses programmes d’activation, de mémoire ou de fonction effectrice.

Les cellules spécifiques du CMV présentent, comme attendu, un profil effecteur terminal. Celles dirigées contre la grippe occupent plutôt un état de mémoire centrale. Après une guérison normale du COVID, les cellules spécifiques de Spike ressemblent aux cellules mémoire antigrippales.

Chez certains patients atteints de COVID long, elles se déplacent vers des états plus activés ou plus terminaux, ce qui suggère une histoire de stimulation différente.

9. Intérêt diagnostique potentiel

Cette approche pourrait contribuer à :

• identifier un sous-groupe présentant une persistance antigénique ;
• sélectionner des participants pour des essais d’antiviraux ou d’immunothérapies ;
• suivre la diminution de la stimulation antigénique pendant un traitement ;
• distinguer une persistance du SARS-CoV-2 d’une réactivation d’autres virus.

Un marqueur fondé sur les cellules T pourrait être particulièrement utile lorsque l’antigène est rare, intermittent ou enfermé dans un tissu difficile à biopsier.

Limites

Plusieurs précautions sont nécessaires :

• une cellule T activée ne prouve pas qu’un virus complet et réplicatif persiste ;
• la stimulation pourrait provenir d’antigènes ou de protéines résiduelles ;
• les cellules peuvent conserver une signature après la disparition de la source antigénique ;
• la méthode dépend du type HLA du patient et des peptides disponibles ;
• tous les patients ne possèdent pas suffisamment de cellules spécifiques mesurables ;
• l’approche ne révèle pas directement le tissu où se trouve l’antigène.

Conclusion synthétique

Mark Painter propose d’utiliser les lymphocytes T CD8 spécifiques du SARS-CoV-2 comme des capteurs biologiques de ce qui se produit dans les tissus.

Chez les personnes ayant complètement récupéré, ces cellules adoptent généralement un état de mémoire au repos. Chez un sous-groupe de patients atteints de COVID long, elles présentent au contraire des signatures d’activation ou de différenciation terminale, compatibles avec une stimulation antigénique persistante.

Le principal message est que le sang peut révéler indirectement une persistance tissulaire, non pas en détectant directement le virus, mais en lisant l’empreinte laissée sur les cellules immunitaires qui l’ont rencontré.

Questions–réponses

David Putrino — Différence entre MMT et rTMS

2 :52 : 54: Question : En quoi la thérapie magnétique en microteslas, ou MMT, diffère-t-elle de la stimulation magnétique transcrânienne répétitive, ou rTMS ?

Réponse :

David Putrino explique que la principale différence concerne l’intensité du champ magnétique et le mécanisme recherché.

La rTMS utilise des champs relativement puissants, généralement de l’ordre de 1 à 2 teslas, afin d’induire un courant électrique et de stimuler directement l’activité des neurones.

La MMT emploie au contraire un champ environ 100 000 fois moins intense. Elle ne vise pas à déclencher directement l’activité neuronale. Selon Putrino, cette faible contrainte magnétique agit plutôt sur les mitochondries et déclenche une réponse adaptative — décrite comme une forme de mitohormèse — favorisant des mécanismes antioxydants et anti-inflammatoires.

Comme elle ne stimule pas directement les neurones, la MMT ne devrait pas produire le même niveau d’effort cognitif. Putrino estime donc qu’elle pourrait être mieux tolérée que la rTMS par les patients atteints de COVID long.

À retenir :

• rTMS : champ puissant, stimulation électrique directe des neurones ;
• MMT : champ extrêmement faible, modulation mitochondriale indirecte ;
• l’avantage supposé de la MMT est une meilleure tolérance, mais son efficacité doit encore être confirmée dans des essais plus larges.

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Michael VanElzakker — « Neuroépuisement » et taux de pTau217 dans l’EM/SFC

2 : 54 :33 : Question : Le faible niveau de pTau dérivée du cerveau observé chez les patients atteints d’EM/SFC pourrait-il s’expliquer par un état de « neuroépuisement », réduisant la libération du marqueur ?

Réponse :

VanElzakker ne considère pas cette explication comme probable.

Il rappelle qu’un cerveau atteint d’une maladie d’Alzheimer avancée peut lui aussi être décrit comme extrêmement altéré ou « épuisé ». Pourtant, ces patients présentent bien une libération élevée de pTau217.

Si l’épuisement neuronal empêchait la production ou la libération du marqueur, on devrait également observer une diminution de la pTau217 dans la maladie d’Alzheimer avancée, ce qui n’est pas le cas.

Il en conclut que le taux plus faible observé dans le groupe EM/SFC reflète probablement une différence biologique réelle plutôt qu’une incapacité du cerveau « épuisé » à libérer la protéine.

Prudence d’interprétation

Les résultats évoqués sont encore en cours de finalisation. Ils ne permettent pas d’affirmer que la pTau217 basse est caractéristique de toute l’EM/SFC, ni d’en déterminer le mécanisme exact.

À retenir : l’hypothèse du neuroépuisement ne correspond pas au comportement connu de la pTau217 dans la maladie d’Alzheimer ; elle n’explique donc probablement pas les niveaux plus faibles observés dans l’EM/SFC.

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Mark Painter — Comparer les lymphocytes CD8 spécifiques de la nucléocapside et de Spike

2 : 55 : 27: Question : Que pourrait apporter la comparaison des lymphocytes T CD8 reconnaissant la nucléocapside avec ceux reconnaissant Spike dans la compréhension du COVID long ?

Réponse :

Mark Painter juge cette comparaison très importante, mais indique que les données actuelles sont encore limitées.

Lors de leurs premières analyses, son équipe a essayé d’étudier les cellules spécifiques de la nucléocapside, mais les réactifs disponibles n’étaient pas suffisamment performants pour permettre des conclusions solides. Elle travaille donc à développer de meilleurs outils pour analyser :

• les cellules spécifiques de la nucléocapside ;
• les cellules spécifiques de Spike ;
• les cellules reconnaissant d’autres protéines du SARS-CoV-2.

Jusqu’ici, les signaux d’activation observés concernent surtout les cellules spécifiques de Spike.

Ce que la comparaison pourrait permettre de distinguer

Si les lymphocytes CD8 dirigés contre plusieurs protéines virales, dont la nucléocapside, sont activés, cela serait davantage compatible avec la présence d’un virus complet, potentiellement capable de réplication, produisant l’ensemble de ses antigènes.

À l’inverse, si seules les cellules spécifiques de Spike sont activées, cela pourrait suggérer :

• la persistance sélective de Spike ;
• la présence de fragments ou d’antigènes viraux incomplets ;
• une exposition à Spike qui ne correspond pas nécessairement à un virus complet.

La comparaison avec la nucléocapside présente également l’intérêt de réduire la confusion liée à la vaccination, puisque les vaccins couramment utilisés exposent principalement le système immunitaire à Spike et non à la nucléocapside.

Limite essentielle

Même l’activation de cellules dirigées contre plusieurs antigènes ne constituerait pas, à elle seule, une preuve définitive de virus vivant. Elle fournirait toutefois un argument immunologique plus fort en faveur d’une production virale étendue.

À retenir : la comparaison Spike–nucléocapside pourrait aider à distinguer la persistance isolée de certains antigènes d’un réservoir contenant un virus plus complet. Les réactifs actuels ne permettent toutefois pas encore à l’équipe de répondre de manière définitive.

Shannon Stott — Détection microfluidique ultrasensible de particules virales dans le sang du COVID long

2 :57: 42: Shannon Stott présente une plateforme microfluidique conçue pour capturer et concentrer des particules virales extrêmement rares dans le sang, avant de rechercher leur ARN par PCR.

L’objectif est de dépasser les limites des méthodes classiques, qui peuvent manquer un signal viral lorsqu’il est très faible, intermittent ou dilué dans un grand volume de plasma.

1. Pourquoi une nouvelle méthode est nécessaire

Dans le COVID long, une éventuelle persistance du SARS-CoV-2 pourrait être principalement tissulaire. Les particules ou composants viraux libérés dans le sang seraient alors présents à des concentrations très faibles.

Une PCR réalisée directement sur le plasma peut donc donner un résultat négatif, non parce que le matériel viral est totalement absent, mais parce qu’il se situe en dessous du seuil de détection.

La stratégie de Stott consiste à effectuer d’abord une étape d’enrichissement physique : les particules sont capturées sur une puce, puis leur matériel génétique est analysé.

2. La puce microfluidique en « arêtes de poisson »

Dans un canal microfluidique classique, les particules suivent des lignes d’écoulement laminaires relativement parallèles. Elles risquent ainsi de traverser le dispositif sans toucher sa surface.

L’équipe utilise des reliefs décalés en forme d’arêtes de poisson, ou staggered herringbone mixers. Ces structures créent un écoulement chaotique et multiplient les contacts entre les particules et les parois de la puce.

Une particule virale peut ainsi rencontrer la surface des dizaines de milliers de fois, ce qui augmente fortement la probabilité de capture.

3. Une surface optimisée pour capturer de très petites particules

Les parois de la puce sont recouvertes de molécules de capture. Plusieurs améliorations sont employées :

• éloigner la molécule de capture de la surface, afin de réduire les effets électrostatiques susceptibles de repousser la particule ;
• orienter les protéines de capture de manière uniforme ;
• utiliser des nanotechnologies de surface pour rendre leurs sites de liaison plus accessibles.

Ces optimisations peuvent servir à capturer aussi bien des particules virales que des vésicules extracellulaires.

4. Des leurres ACE2 pour fixer le SARS-CoV-2

Pour le SARS-CoV-2, l’équipe emploie des versions modifiées et à forte affinité du récepteur ACE2, développées par l’équipe de Jim Wells à l’UCSF.

Ces « pièges » ACE2 sont immobilisés sur la puce. Lorsque le sang ou le plasma traverse le dispositif, les particules portant une protéine Spike capable de se lier à ACE2 sont retenues.

Après capture, l’équipe extrait le matériel associé et recherche l’ARN viral par PCR numérique en gouttelettes, ou ddPCR. Le traitement simultané de dix échantillons est possible et le test prend actuellement environ une heure.

5. Une sensibilité supérieure à la ddPCR directe

L’équipe a d’abord comparé :

• la ddPCR appliquée directement au plasma ;
• la capture préalable sur la puce, suivie de la même ddPCR.

Dans des échantillons de COVID aigu, la puce a permis de détecter de l’ARN viral qui n’était pas retrouvé par la méthode conventionnelle directe.

L’amélioration ne vient donc pas d’une PCR différente, mais de la capacité de la puce à rassembler dans un petit volume des particules auparavant trop dispersées pour être détectées.

6. Premiers tests dans la cohorte LIINC

La plateforme est maintenant appliquée à des échantillons sanguins de la cohorte LIINC, dans le cadre d’une analyse initialement réalisée en aveugle.

L’équipe avait fixé à l’avance un seuil correspondant à environ cinq particules virales détectées, sur la base de ses travaux antérieurs.

Les premières analyses montrent que de l’ARN du SARS-CoV-2 peut être mesuré dans certains échantillons prélevés à distance de l’infection aiguë. Une seconde série d’échantillons doit permettre de confirmer ces observations, d’affiner le seuil analytique et d’évaluer la reproductibilité du test.

7. Que représente exactement l’ARN capturé ?

Cette question reste centrale.

La puce utilise ACE2 pour capturer des objets présentant des structures compatibles avec Spike, puis détecte de l’ARN. Mais ces résultats ne prouvent pas encore que l’objet capturé est nécessairement :

• un virion complet ;
• intact ;
• infectieux ;
• capable de réplication.

L’ARN pourrait se trouver :

• à l’intérieur d’une véritable particule virale ;
• dans une particule virale défectueuse ;
• dans une vésicule extracellulaire ;
• dans un autre complexe portant Spike ou se liant au piège ACE2.

L’équipe prévoit donc de caractériser physiquement les objets capturés et de déterminer où se situe exactement l’ARN.

8. Utilité diagnostique et thérapeutique potentielle

Si elle est validée, cette plateforme pourrait servir à :

• identifier un sous-groupe de patients présentant une persistance antigénique ou virale ;
• sélectionner des participants pour des essais d’antiviraux ;
• suivre l’évolution du signal au cours d’un traitement ;
• comparer les résultats sanguins aux réservoirs identifiés dans les tissus ;
• distinguer différentes formes de particules circulantes.

Elle répond ainsi à un enjeu récurrent du symposium : transformer une pathologie largement tissulaire en un signal mesurable à partir d’un prélèvement accessible.

Limites importantes

Les résultats présentés sont préliminaires. Il reste notamment à :

• analyser une cohorte plus importante ;
• confirmer la spécificité du signal ;
• établir la fréquence de détection chez les patients et les témoins ;
• déterminer la variabilité entre différents prélèvements d’une même personne ;
• identifier la nature exacte des particules capturées ;
• vérifier si le signal est associé aux symptômes ou à une réponse aux antiviraux.

La détection d’ARN ne doit donc pas être interprétée à ce stade comme une preuve directe de virémie infectieuse persistante.

Conclusion synthétique

Shannon Stott présente une méthode qui combine capture microfluidique, pièges ACE2 et ddPCR afin de rechercher des quantités infimes de matériel associé au SARS-CoV-2 dans le sang.

La puce concentre les particules rares avant l’analyse, ce qui permet de détecter certains signaux d’ARN invisibles par ddPCR directe. Les premières données obtenues dans le COVID long sont encourageantes, mais l’équipe doit encore déterminer si l’ARN provient de virions intacts, de particules incomplètes ou de vésicules extracellulaires.

Le principal apport est donc technologique : rendre potentiellement détectable dans le sang un signal viral trop rare pour les méthodes conventionnelles.

Francis Eun Lee — Utiliser MENSA pour détecter une persistance du SARS-CoV-2 ou une réactivation virale dans le COVID long

3: 08: 44: Francis Eun Lee présente MENSA, une méthode qui cherche à détecter une activité immunitaire récente contre un virus, plutôt que de mesurer uniquement les anticorps accumulés au cours de la vie.

L’objectif est de déterminer si, chez certains patients atteints de COVID long, le système immunitaire continue à rencontrer des antigènes du SARS-CoV-2 ou de virus latents réactivés, notamment les herpèsvirus.

1. Limite des anticorps sériques classiques

Les anticorps présents dans le sérum constituent une sorte d’historique immunologique. Ils peuvent persister longtemps après une infection ou une vaccination.

Un taux élevé d’anticorps dans le sang ne permet donc pas toujours de savoir si :

• l’antigène est encore présent ;
• le virus vient de se réactiver ;
• la réponse correspond simplement à une infection ancienne ou à une vaccination.

Dans les données présentées, les profils sériques des personnes rétablies et des patients atteints de COVID long sont souvent difficiles à distinguer.

2. Que mesure MENSA ?

MENSA signifie Medium Enriched for Newly Synthesized Antibodies, c’est-à-dire un milieu enrichi en anticorps nouvellement synthétisés.

Après un prélèvement sanguin, l’équipe :

1. élimine le sérum et les anticorps historiques ;
2. conserve les cellules mononucléées du sang, parmi lesquelles se trouvent les plasmablastes ou cellules sécrétrices d’anticorps ;
3. cultive brièvement ces cellules ;
4. récupère uniquement les anticorps qu’elles viennent de produire ;
5. teste ces anticorps contre différents antigènes viraux.

Ces cellules apparaissent temporairement dans le sang lorsqu’une réponse immunitaire est activée. MENSA est donc présenté comme une photographie récente de l’activité des cellules B, alors que le sérum représente une mémoire beaucoup plus ancienne.

3. Validation pendant l’infection et la vaccination

Lors d’une infection aiguë par le SARS-CoV-2, le signal MENSA peut apparaître dès les premiers jours. Il est particulièrement précoce et élevé dans les formes sévères, et apparaît un peu plus tard dans les infections légères.

Après vaccination :

• la première dose provoque généralement un pic autour de 12 à 14 jours ;
• les doses suivantes entraînent une réponse plus rapide, autour de 6 à 7 jours.

Après une réinfection, MENSA augmente également, parfois sans modification majeure des anticorps sériques.

Le signal diminue ensuite nettement, généralement après environ 60 jours. Cette cinétique transitoire est essentielle : un résultat MENSA positif longtemps après l’infection pourrait signaler une stimulation antigénique récente ou persistante.

4. Premiers résultats dans le COVID long

Dans une première cohorte d’environ 60 patients étudiée à partir de 2021, les chercheurs ne voyaient pas de différence évidente dans le sérum entre les personnes rétablies et les patients atteints de COVID long.

MENSA révélait en revanche des différences :

• environ 42 % des patients atteints de COVID long présentaient une réponse récente contre le SARS-CoV-2 ;
• des réponses contre les herpèsvirus étaient également détectées chez une partie des participants ;
• en combinant SARS-CoV-2 et herpèsvirus, environ 70 % avaient au moins un signal MENSA positif dans cette première analyse.

Francis Lee précise que certains témoins rétablis présentaient aussi des signes de réactivation d’herpèsvirus et qu’un témoin avait un signal contre le domaine RBD de Spike. MENSA n’est donc pas présenté comme un diagnostic spécifique du COVID long à ce stade.

5. Recherche des réactivations d’herpèsvirus

L’équipe a élargi son test afin de mesurer simultanément les anticorps nouvellement produits contre :

• le SARS-CoV-2 ;
• le virus Epstein-Barr, ou EBV ;
• le cytomégalovirus, ou CMV ;
• le virus Herpes simplex, ou HSV.

L’EBV représentait une part importante des signaux observés dans la première cohorte. Cela soutient l’hypothèse que le COVID long pourrait comprendre plusieurs sous-groupes :

• persistance ou stimulation antigénique liée au SARS-CoV-2 ;
• réactivation d’un herpèsvirus ;
• coexistence des deux ;
• absence de signal détectable par cette méthode.

6. Suivi dans un essai thérapeutique

MENSA est utilisé comme biomarqueur dans un essai comprenant trois groupes :

• ténofovir disoproxil fumarate, ou TDF ;
• maraviroc ;
• placebo.

L’équipe reçoit les cellules vivantes après un transport nocturne dans des conteneurs à température contrôlée. Elle analyse le sérum et MENSA au départ, puis notamment à 90 et 180 jours.

Au moment de la présentation :

• 109 échantillons avaient été reçus ;
• 81 avaient été analysés ;
• les données montrées concernaient 33 prélèvements initiaux, 25 à 90 jours et 22 à 180 jours ;
• environ 33 % des participants évalués au départ avaient un MENSA positif pour le SARS-CoV-2.

Les réponses contre EBV, CMV et HSV étaient moins fréquentes dans cette cohorte que dans la première étude.

7. Trois trajectoires longitudinales

Parmi les participants disposant de plusieurs prélèvements, l’équipe distingue provisoirement plusieurs profils :

• des patients positifs au départ qui deviennent négatifs ;
• des patients négatifs qui restent négatifs ;
• des patients positifs qui restent positifs ;
• quelques patients initialement négatifs qui deviennent ensuite positifs.

L’essai étant toujours en aveugle, Francis Lee ne sait pas quels patients ont reçu le traitement actif ou le placebo. Il est donc impossible de conclure que la disparition du signal est un effet thérapeutique.

Après la levée de l’aveugle, l’équipe cherchera à savoir si la trajectoire MENSA est associée :

• au traitement reçu ;
• à l’amélioration clinique ;
• à une diminution d’autres biomarqueurs ;
• à un sous-groupe particulier de patients.

8. Confirmation dans une autre cohorte

Dans une cohorte RECOVER distincte, 77 participants avaient déjà été analysés. Environ 35 % présentaient un signal MENSA associé au SARS-CoV-2.

Cette proportion est proche des 33 % observés au départ dans l’essai thérapeutique, mais inférieure aux 42 % de la première cohorte. Francis Lee évoque la possibilité que les populations de COVID long aient changé selon les périodes, les variants, les vaccinations ou les réinfections.

9. Antigènes testés

Le panel SARS-CoV-2 comprend notamment :

• le RBD ;
• la nucléocapside ;
• S1 ;
• S2 ;
• des antigènes correspondant à la souche initiale ;
• Delta ;
• Omicron.

L’étude de plusieurs protéines est importante : une réponse récente contre la nucléocapside ne peut pas être expliquée par les vaccins ne contenant que Spike et peut donc être plus informative sur une exposition liée à l’infection.

10. Enjeu de la conservation des cellules

MENSA nécessite des cellules capables de sécréter des anticorps. La qualité du prélèvement, du transport et de la congélation est donc déterminante.

L’équipe travaille avec la cohorte LIINC pour comparer :

• les cellules fraîches ;
• les cellules congelées ;
• des versions adaptées du protocole permettant d’obtenir des résultats équivalents.

Francis Lee souligne que la méthode peut fonctionner avec des échantillons congelés, mais uniquement si leur conservation est de bonne qualité et si le protocole est ajusté.

Ce que MENSA permet — et ne permet pas

Un MENSA positif indique qu’une population récente de cellules sécrétrices d’anticorps reconnaît un antigène viral. Il est compatible avec une stimulation antigénique active.

Il ne prouve cependant pas directement :

• la présence d’un virus vivant ;
• sa capacité de réplication ;
• la localisation d’un éventuel réservoir ;
• que l’antigène détecté est la cause des symptômes.

Une vaccination récente ou une nouvelle infection peuvent également rendre MENSA positif et doivent être prises en compte.

Conclusion synthétique

Francis Eun Lee propose MENSA comme un outil permettant de distinguer les anticorps anciens d’une réponse B récemment activée.

Les résultats préliminaires suggèrent qu’environ un tiers à deux cinquièmes des patients étudiés présentent une réponse récente contre le SARS-CoV-2, et qu’un autre sous-groupe montre des signes compatibles avec une réactivation d’herpèsvirus.

L’intérêt potentiel de MENSA est donc de :

• identifier différents sous-groupes biologiques du COVID long ;
• suivre l’évolution de la stimulation antigénique ;
• évaluer si celle-ci disparaît sous traitement ;
• compléter les méthodes qui recherchent directement le virus ou ses antigènes.

La levée de l’aveugle de l’essai sera nécessaire pour savoir si les changements de MENSA prédisent une réponse clinique ou reflètent réellement l’effet d’un antiviral.

Michael Peluso — Deux programmes structurants : VIPER et CHIIME

Michael Peluso présente deux cohortes complémentaires développées à l’UCSF :

• VIPER, centrée sur la validation des biomarqueurs et diagnostics du COVID long ;
• CHIIME, qui transpose les méthodes développées pour le COVID long à l’étude de l’EM/SFC antérieure à la pandémie.

Le point commun est de constituer des cohortes très soigneusement caractérisées, de recueillir des échantillons biologiques multiples et de mettre ces ressources à la disposition de plusieurs laboratoires travaillant de manière coordonnée.

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1. VIPER — Valider les diagnostics de la persistance du SARS-CoV-2 et des autres mécanismes du COVID long

3: 23: 30: Le problème auquel VIPER veut répondre

Peluso décrit une recherche encore très fragmentée :

• un laboratoire étudie sa propre cohorte avec son test ;
• un autre laboratoire utilise une population et une technologie différentes ;
• les patients ne sont pas toujours caractérisés avec le même niveau de précision ;
• les méthodes de prélèvement, de traitement et de conservation des échantillons varient ;
• les résultats des tests sont donc difficiles à comparer ou à regrouper.

Un biomarqueur peut paraître prometteur dans une étude, sans que l’on sache s’il est plus performant qu’un autre test développé ailleurs.

Une cohorte commune pour comparer les tests

VIPER vise à remplacer ce fonctionnement en silos par une infrastructure commune :

1. une cohorte unique de participants caractérisés de manière très approfondie ;
2. des prélèvements réalisés selon des procédures standardisées ;
3. des échantillons distribués en aveugle aux différents laboratoires ;
4. une analyse centralisée des résultats ;
5. une comparaison directe des performances de chaque test et des combinaisons de tests.

Les laboratoires connaissent les objectifs du consortium, mais ne savent pas à quel groupe clinique appartient chaque échantillon au moment de l’analyse. Les résultats sont ensuite transmis à un dépôt central afin d’être comparés avec les données cliniques et les autres biomarqueurs.

Objectif principal

Le premier objectif de VIPER est de valider des biomarqueurs non invasifs et déployables à grande échelle de la persistance du SARS-CoV-2.

Ces tests pourraient être utilisés pour :

• contribuer au diagnostic biologique du COVID long ;
• identifier les patients susceptibles de présenter une persistance virale ou antigénique ;
• sélectionner les participants pour des essais antiviraux ;
• suivre la réponse au traitement ;
• accélérer le développement de traitements ciblés.

Le programme commence par la persistance virale, mais doit ensuite être étendu à d’autres mécanismes : dérégulation immunitaire, anomalies vasculaires, métaboliques ou auto-immunes.

Trois questions centrales

Peluso distingue trois grands objectifs scientifiques.

Comparer et valider les technologies

Les tests doivent être évalués sur les mêmes échantillons afin de déterminer :

• leur sensibilité ;
• leur spécificité ;
• leur reproductibilité ;
• leur complémentarité ;
• la meilleure combinaison éventuelle de marqueurs.

Il ne s’agit donc pas nécessairement de désigner un test unique : un panel associant plusieurs méthodes pourrait être plus performant.

Mesurer la variabilité dans le temps

Les marqueurs de persistance virale peuvent fluctuer chez un même patient. Une personne peut être positive lors d’un prélèvement, négative au suivant, puis redevenir positive.

Cette variabilité pourrait refléter :

• une limite technique du test ;
• une distribution irrégulière du matériel viral ;
• une libération intermittente de protéines comme Spike depuis un réservoir tissulaire ;
• une évolution biologique réelle.

VIPER prévoit donc des prélèvements rapprochés et répétés afin de distinguer la variabilité analytique de la variabilité biologique.

Étudier l’effet des traitements

Le troisième objectif est de déterminer comment les marqueurs changent après une intervention thérapeutique.

Un bon biomarqueur devrait idéalement :

• identifier le mécanisme ciblé avant le traitement ;
• évoluer lorsque ce mécanisme est réduit ;
• être associé à l’amélioration ou non des symptômes.

Trois composantes du programme

Peluso décrit trois éléments complémentaires.

Les standards analytiques servent à vérifier que les laboratoires et leurs appareils détectent correctement des quantités connues de matériel viral.

Les échantillons déjà disponibles dans les cohortes et essais antérieurs permettent de commencer rapidement les comparaisons.

La cohorte prospective VIPER constitue le cœur du projet à long terme. Les participants y seront phénotypés en détail et fourniront de nombreux prélèvements selon un calendrier intensif.

Relier les marqueurs sanguins à la pathologie tissulaire

Un aspect essentiel est la collecte parallèle :

• de fluides accessibles, comme le sang, la salive ou l’urine ;
• et, chez certains participants, de tissus obtenus par des procédures spécialisées.

L’objectif est de vérifier qu’un signal détecté dans le sang correspond effectivement à une anomalie observée dans les tissus. Cette comparaison doit éviter de valider un test uniquement parce qu’il distingue statistiquement deux groupes, sans savoir ce qu’il mesure biologiquement.

Déploiement et élargissement

VIPER est initialement financé par PolyBio, avec l’ambition d’évoluer vers des partenariats publics–privés et des collaborations avec des agences gouvernementales.

Peluso rapporte un intérêt pour :

• l’extension de la cohorte ;
• l’utilisation de son infrastructure par d’autres équipes ;
• l’étude de mécanismes du COVID long allant au-delà de la seule persistance virale.

Conclusion sur VIPER

VIPER n’est pas un test diagnostique déjà disponible. Il s’agit d’un programme de validation comparative destiné à déterminer quels tests sont réellement fiables, reproductibles et utiles pour guider les soins et les essais cliniques.

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2. CHIIME — Définir les facteurs infectieux et immunitaires de l’EM/SFC

Transposer les acquis du COVID long

3: 35: 47: CHIIME est un programme observationnel consacré à l’EM/SFC apparue avant le COVID.

Peluso explique que six années de recherche intensive sur le COVID long ont permis de développer :

• des cohortes cliniques ;
• des méthodes de phénotypage ;
• des infrastructures de prélèvement ;
• des analyses immunologiques et métagénomiques ;
• des procédures d’étude des tissus.

CHIIME cherche à appliquer ces outils à des personnes dont l’EM/SFC n’a pas été déclenchée par le SARS-CoV-2.

Cette stratégie doit permettre d’identifier ce qui est commun aux maladies chroniques post-infectieuses et ce qui est propre au COVID long.

Pourquoi exclure initialement le COVID long ?

L’étude de l’EM/SFC prépandémique permet de réduire certains facteurs de confusion :

• vaccination contre le SARS-CoV-2 ;
• infections et réinfections par différents variants ;
• persistance spécifique du SARS-CoV-2 ;
• modifications immunitaires liées à la pandémie.

Cela offre une possibilité de rechercher d’autres déclencheurs infectieux, réactivations virales ou dérégulations immunitaires.

Une sélection clinique rigoureuse

L’EM/SFC ne dispose pas d’un biomarqueur diagnostique simple et ses symptômes peuvent recouvrir ceux d’autres maladies.

CHIIME utilise donc un processus approfondi de sélection :

1. questionnaires de dépistage ;
2. examen des antécédents et des dossiers médicaux ;
3. vérification des critères diagnostiques ;
4. exclusion ou exploration d’autres causes possibles ;
5. examen de chaque dossier par un comité d’experts.

Les profils sont présentés de façon anonymisée à un conseil consultatif réunissant différentes expertises sur l’EM/SFC. Ce comité recommande l’inclusion et peut demander des examens supplémentaires.

Une participation des patients à la conception

Le conseil consultatif et la communauté des patients ont contribué à ajuster :

• les questionnaires ;
• l’organisation des visites ;
• le niveau de charge imposé aux participants ;
• les pauses nécessaires ;
• les procédures jugées acceptables.

Cette précaution est importante, car une visite médicale intensive peut provoquer une aggravation des symptômes ou un malaise post-effort chez les personnes atteintes d’EM/SFC.

La visite initiale

Après validation par le comité, le participant est reçu pour une visite en personne comprenant :

• des mesures cliniques standards ;
• plusieurs questionnaires répartis dans la journée ;
• des prélèvements de sang et de salive ;
• une mesure de la force de préhension ;
• un test neurocognitif informatisé ;
• un test de lever actif pour évaluer notamment l’intolérance orthostatique.

Des pauses sont prévues et les participants sont préparés à l’intensité de la visite.

Aller au-delà du sang

Comme dans le COVID long, le but final n’est pas seulement d’étudier les marqueurs circulants. Les participants sélectionnés doivent pouvoir accéder à des procédures plus avancées destinées à examiner la biologie tissulaire.

Cette orientation repose sur l’hypothèse que certaines anomalies infectieuses ou immunitaires peuvent être compartimentalisées et invisibles dans un bilan sanguin standard.

Les échantillons doivent être partagés dans l’ensemble du réseau PolyBio, afin que plusieurs équipes puissent rechercher différents mécanismes à partir des mêmes participants soigneusement caractérisés.

Recherche non ciblée des agents infectieux

Peluso mentionne notamment une collaboration avec Charles Chiu à l’UCSF, utilisant une plateforme de métagénomique.

Contrairement à un test recherchant un agent précis, la métagénomique peut analyser les séquences non humaines présentes dans un échantillon et rechercher de manière large :

• des virus ;
• des bactéries ;
• des champignons ;
• d’autres agents microbiens.

Cette stratégie pourrait détecter un déclencheur inattendu, une persistance infectieuse ou une réactivation qui n’aurait pas été envisagée au départ.

État d’avancement

Au moment de la présentation :

• 30 personnes avaient donné leur consentement ;
• 29 avaient terminé les questionnaires de dépistage ;
• les réunions du conseil avaient commencé en janvier ;
• les visites en personne avaient débuté en mars ;
• les procédures tissulaires devaient commencer en juin.

Peluso précise que le principal frein initial est la capacité opérationnelle de l’équipe, qui augmente donc ses effectifs. Aucun résultat biologique n’est encore présenté : CHIIME se trouve alors principalement dans sa phase de recrutement et de mise en place.

Ce que la comparaison VIPER–CHIIME pourrait apporter

Les deux programmes doivent permettre d’étudier des questions complémentaires :

• les biomarqueurs du COVID long se retrouvent-ils dans l’EM/SFC prépandémique ?
• la persistance du SARS-CoV-2 explique-t-elle uniquement certains sous-groupes ?
• existe-t-il des signatures communes de neuro-inflammation, de dérégulation immunitaire, de dysfonction vasculaire ou métabolique ?
• d’autres infections peuvent-elles produire une maladie biologiquement semblable ?
• les mêmes diagnostics et traitements pourraient-ils fonctionner dans plusieurs maladies post-infectieuses ?

Conclusion synthétique

VIPER cherche à établir quels biomarqueurs du COVID long sont suffisamment fiables pour devenir des outils diagnostiques et des guides thérapeutiques.

CHIIME construit une cohorte profondément caractérisée d’EM/SFC prépandémique afin de rechercher directement ses déclencheurs infectieux, ses anomalies immunitaires et sa pathologie tissulaire.

L’approche de Michael Peluso est avant tout infrastructurelle et translationnelle : étudier les mêmes patients avec de nombreuses technologies, comparer les résultats de façon standardisée et créer des ressources capables de relier les mécanismes biologiques aux symptômes et aux traitements.

Timothy Henrich — Caractériser les réservoirs tissulaires du SARS-CoV-2 dans le COVID long

3: 43: 36: Timothy Henrich présente les travaux de l’UCSF consacrés à la recherche directe du SARS-CoV-2 dans les tissus, en particulier dans l’intestin et la moelle osseuse.

Son message central est que le COVID long paraît largement être une maladie tissulaire : le virus ou ses composants peuvent persister localement, alors que les analyses sanguines restent négatives ou peu informatives.

1. Plusieurs formes possibles de persistance virale

Henrich distingue plusieurs situations biologiques :

• une réplication virale active ;
• une activité virale partielle, avec production d’ARN double brin ou de protéines, sans production complète de nouveaux virions ;
• la persistance d’ARN viral protégé à l’intérieur des cellules ;
• la persistance plus durable de protéines virales.

Ainsi, la détection d’ARN ou de protéines ne signifie pas automatiquement qu’un virus infectieux complet continue à se multiplier. L’étude cherche précisément à différencier ces formes de persistance.

2. Un vaste programme de biopsies intestinales

Au moment de la présentation, l’équipe avait traité les échantillons de plus de 120 participants.

Une première analyse approfondie porte sur :

• 43 personnes atteintes de COVID long ;
• 13 témoins appariés ayant complètement récupéré ;
• 56 prélèvements colorectaux.

Les participants ont été étudiés entre environ six mois et quatre ans et demi après leur première infection, dans des contextes variés de variants, vaccination et réinfection.

3. Du matériel viral dans l’épithélium et la lamina propria

Les premiers travaux avaient déjà montré la présence de matériel viral non seulement dans l’épithélium intestinal, mais aussi dans la lamina propria, le tissu immunitaire et conjonctif situé sous l’épithélium.

Ce résultat est important, car les cellules épithéliales intestinales se renouvellent rapidement. Une persistance pendant plusieurs mois ou années est donc difficile à expliquer par la simple survie des cellules infectées pendant la phase aiguë.

L’équipe observe notamment :

• de l’ARN viral simple brin ;
• de l’ARN double brin, compatible avec une activité liée à la réplication ;
• du matériel viral dans certains macrophages de la lamina propria.

4. Une détection difficile et hétérogène

Henrich souligne que la recherche du virus dans les tissus est techniquement complexe.

La qPCR classique détecte rarement le signal, probablement parce que :

• le matériel viral est peu abondant ;
• les foyers sont répartis de façon irrégulière ;
• une petite biopsie peut manquer un réservoir localisé ;
• certaines méthodes peuvent être affectées par des problèmes de saturation ou d’échantillonnage.

L’absence de détection dans une biopsie ne permet donc pas d’exclure formellement une persistance ailleurs dans un organe aussi étendu que l’intestin.

Le virus ou ses composants sont plus souvent retrouvés chez les personnes atteintes de COVID long, mais certains signaux existent aussi chez des personnes complètement rétablies. La simple présence virale ne suffit donc probablement pas : la nature du réservoir et la réponse immunitaire locale semblent également déterminantes.

5. Identifier les cellules concernées

L’équipe combine plusieurs techniques :

• détection d’ARN et de protéines virales ;
• séquençage ARN unicellulaire ;
• analyses spatiales permettant de replacer chaque type cellulaire dans le tissu ;
• caractérisation immunologique approfondie.

Ces approches montrent que des cellules exprimant ACE2, notamment certaines cellules épithéliales, peuvent présenter un profil compatible avec l’infection.

Des cellules myéloïdes, en particulier des macrophages, contiennent également du matériel viral ou montrent qu’elles détectent fortement sa présence.

6. Des macrophages qui « appellent à l’aide »

Henrich décrit les macrophages et autres cellules myéloïdes intestinales comme des cellules qui perçoivent clairement le virus et déclenchent une réponse antivirale, mais de façon très dérégulée.

Les données préliminaires montrent notamment des perturbations de programmes associés à :

• la migration et au trafic des cellules immunitaires ;
• la production de cytokines ;
• la présentation des antigènes ;
• la réponse antivirale.

Les cellules semblent donc reconnaître l’infection sans réussir à organiser une élimination efficace.

7. Une réponse cytotoxique insuffisante

L’un des résultats les plus importants est l’absence de réponse cytotoxique efficace autour des cellules potentiellement infectées.

Normalement, les lymphocytes cytotoxiques devraient reconnaître et détruire les cellules présentant des antigènes viraux. Dans les tissus étudiés, l’équipe observe une réponse antivirale, mais pas la destruction cellulaire attendue.

Henrich propose que le SARS-CoV-2 puisse ainsi persister parce qu’il échappe ou résiste à la réponse cytotoxique locale. Le tissu reste dans un état d’alerte immunitaire chronique, sans parvenir à éliminer complètement la source du signal.

8. Rôle possible dans l’axe intestin–cerveau

Certaines cellules myéloïdes de l’intestin remplissent des fonctions comparables à celles des microglies et participent à la régulation de l’axe intestin–cerveau.

Une persistance limitée à l’intestin pourrait donc, selon Henrich, contribuer à des symptômes éloignés du système digestif par :

• la production de médiateurs inflammatoires ;
• la signalisation immunitaire vers le cerveau ;
• la perturbation des voies neuro-immunes ;
• des effets sur le nerf vague ou l’endothélium.

Cette hypothèse pourrait expliquer pourquoi un réservoir intestinal localisé produit des manifestations systémiques ou neurologiques.

9. Exploration de la moelle osseuse

L’équipe étudie également la moelle osseuse au moyen de biopsies et d’aspirations.

Cette orientation vient notamment de signaux observés dans la moelle lors d’examens TEP antérieurs. La moelle est un lieu central de production, de maturation et de régulation des cellules immunitaires ; certaines anomalies pourraient donc ne pas être visibles dans le sang périphérique.

Du matériel associé au SARS-CoV-2 est retrouvé plus fréquemment chez les personnes atteintes de COVID long, mais aussi plus rarement chez certains témoins rétablis. Les analyses détaillées sont encore en cours.

10. Modèle mécanistique proposé

Henrich propose le scénario suivant :

1. le SARS-CoV-2 infecte certaines cellules épithéliales et myéloïdes dans les tissus ;
2. les cellules immunitaires locales détectent le virus ;
3. une réponse antivirale est déclenchée, mais elle est désorganisée ;
4. la réponse cytotoxique ne parvient pas à éliminer correctement les cellules infectées ;
5. le matériel viral persiste ;
6. cette persistance entretient une inflammation locale chronique ;
7. des mécanismes secondaires apparaissent : auto-immunité, atteinte endothéliale, persistance de Spike, activation de la coagulation et microcaillots.

Henrich présente ce modèle comme une hypothèse de travail : il n’est pas observé chez tous les patients et plusieurs mécanismes peuvent coexister.

11. Conséquences pour les essais thérapeutiques

Les résultats tissulaires ont déjà influencé la conception d’essais cliniques.

L’équipe réalise notamment des biopsies avant et après traitement dans des études évaluant :

• des anticorps ;
• des antiviraux ;
• un placebo.

Cette stratégie doit permettre de déterminer si un traitement :

• réduit réellement le matériel viral dans les tissus ;
• restaure une réponse immunitaire plus efficace ;
• diminue l’inflammation locale ;
• améliore les symptômes.

L’intérêt est de ne pas juger un antiviral uniquement sur les symptômes ou sur des marqueurs sanguins, mais aussi sur son effet direct dans le réservoir supposé.

Limites importantes

Henrich insiste sur plusieurs limites :

• les biopsies ne représentent qu’une infime partie de l’intestin ;
• un résultat négatif peut correspondre à une erreur d’échantillonnage ;
• de faibles signaux sont aussi observés chez certains témoins rétablis ;
• la détection d’ARN ou de protéines ne prouve pas toujours la présence d’un virus complet et réplicatif ;
• la persistance virale n’est probablement pas le seul mécanisme du COVID long.

Conclusion synthétique

Timothy Henrich apporte des arguments en faveur d’une persistance du SARS-CoV-2 dans les tissus intestinaux et, possiblement, dans la moelle osseuse.

Les données suggèrent que :

• le matériel viral peut persister dans l’épithélium, la lamina propria et certaines cellules myéloïdes ;
• les cellules locales déclenchent une réponse antivirale très dérégulée ;
• la réponse cytotoxique paraît insuffisante pour éliminer le réservoir ;
• cette situation pourrait entretenir l’inflammation et provoquer secondairement des anomalies vasculaires, immunitaires et neurologiques.

Son principal message est que comprendre et traiter le COVID long exige d’étudier directement les tissus, puis de vérifier si les traitements éliminent le réservoir et normalisent l’environnement immunitaire local.

Beverly Peng — Séquençage ARN mononucléaire et mécanismes tissulaires de l’endométriose

4: 04: 50: Beverly Peng présente une étude pilote consacrée à l’endométriose, en continuité avec le fil conducteur du symposium : comprendre les maladies chroniques directement dans les tissus plutôt qu’à partir du seul sang.

Son objectif est de cartographier les types et états cellulaires de l’endomètre, puis de comparer leur représentation chez des patientes atteintes d’endométriose et chez des témoins.

1. Pourquoi étudier directement l’endomètre ?

L’endomètre est la muqueuse qui tapisse l’utérus. Il se renouvelle et se transforme fortement à chaque cycle menstruel.

L’endométriose apparaît lorsque du tissu ressemblant à l’endomètre se développe hors de l’utérus, notamment au niveau :

• des ovaires ;
• des trompes ;
• de la vessie ;
• de l’intestin ;
• d’autres sites pelviens ou plus éloignés.

La maladie est très hétérogène : la localisation des lésions, l’intensité de la douleur et la nature des symptômes varient considérablement. Son diagnostic et le prélèvement des tissus restent invasifs, ce qui explique en partie le manque de données transcriptomiques détaillées.

Peng souligne donc la nécessité de construire un atlas cellulaire de l’endomètre suffisamment riche pour étudier les changements associés à la maladie.

2. Pourquoi utiliser le séquençage ARN mononucléaire ?

Le séquençage ARN mononucléaire mesure les ARN présents dans les noyaux isolés à partir d’un tissu.

Cette méthode permet de :

• analyser de nombreux types cellulaires en parallèle ;
• regrouper les noyaux selon leurs profils d’expression génique ;
• identifier des sous-populations cellulaires ;
• comparer leur abondance entre groupes ;
• étudier des tissus conservés ou difficiles à dissocier en cellules intactes.

L’approche ne cherche donc pas seulement quels gènes sont globalement plus exprimés dans l’endométriose. Elle cherche à déterminer dans quelles cellules apparaissent les différences.

3. Composition de l’étude

L’ensemble de données comprend :

• 28 participantes ;
• 20 atteintes d’endométriose ;
• 8 témoins ;
• environ 94 000 noyaux ;
• près de 36 000 gènes mesurés par noyau.

Chaque noyau est représenté dans une projection UMAP, une visualisation bidimensionnelle qui rapproche les noyaux présentant des profils transcriptionnels similaires.

L’un des objectifs est ensuite de mesurer les différences de proportions cellulaires entre les tissus des patientes atteintes d’endométriose et ceux des témoins.

4. Première étape : former les groupes cellulaires

Après les contrôles de qualité et la normalisation, l’équipe effectue :

• une réduction de dimension ;
• une analyse en composantes principales ;
• un regroupement des noyaux ;
• une première séparation en cinq grandes lignées cellulaires.

Ces grands groupes sont ensuite subdivisés afin d’identifier des populations plus précises.

La difficulté principale est de donner une identité biologique fiable à chaque groupe obtenu informatiquement.

5. Utilisation d’un atlas humain de référence

Pour annoter les groupes, l’équipe les compare à un atlas cellulaire humain de l’endomètre déjà publié.

Cet atlas décrit :

• quatre grandes lignées ;
• 36 types cellulaires plus détaillés.

Il sert de référence pour déterminer si un groupe de l’étude correspond, par exemple, à des cellules :

• épithéliales ;
• glandulaires ou luminales ;
• stromales ;
• immunitaires ;
• vasculaires.

Cette comparaison permet de ne pas dépendre uniquement de quelques marqueurs choisis manuellement.

6. Deux méthodes complémentaires d’annotation

Peng présente deux outils bioinformatiques utilisés conjointement.

NS-Forest

NS-Forest utilise une méthode de forêt aléatoire pour identifier un petit ensemble de gènes marqueurs nécessaires et suffisants pour reconnaître un groupe cellulaire.

Le résultat est généralement une combinaison de un à six marqueurs par groupe.

FR-Match

FR-Match mesure ensuite la ressemblance entre les groupes observés dans le nouvel ensemble de données et ceux de l’atlas de référence.

Lorsque la correspondance est nette et presque individuelle, l’annotation est considérée comme très fiable. Lorsque plusieurs groupes de référence correspondent à un même groupe expérimental, cela peut signifier que celui-ci est encore trop large ou insuffisamment subdivisé.

L’association des deux méthodes permet donc :

• de proposer une identité cellulaire ;
• d’attribuer un niveau de confiance ;
• de repérer les groupes qui nécessitent encore une analyse approfondie.

7. Des annotations fiables, mais pas pour tous les groupes

Plusieurs groupes présentent une correspondance claire avec les populations de référence.

Pour certains groupes épithéliaux, la correspondance est moins spécifique : ils se rapprochent bien de la lignée épithéliale, mais sans pouvoir toujours être attribués à un seul sous-type.

Peng indique que seuls les résultats à haute confiance ont été présentés. Certains groupes peuvent être classés dans une catégorie générale — par exemple glandulaire, luminale ou préluminale — sans annotation plus fine à ce stade.

8. Comparaison des proportions cellulaires

L’équipe compare ensuite la proportion de chaque population entre les deux groupes cliniques.

Comme l’étude comprend davantage de patientes atteintes d’endométriose que de témoins, les données doivent être normalisées afin d’éviter qu’un groupe paraisse artificiellement enrichi simplement en raison de la taille différente des cohortes.

Un rapport est ensuite calculé :

• une valeur inférieure à 1 correspond à un enrichissement chez les témoins ;
• une valeur supérieure à 1 correspond à un enrichissement dans l’endométriose.

9. Premiers signaux observés

Les résultats préliminaires montrent que certaines populations ne sont pas représentées dans les mêmes proportions.

Une population immunitaire apparaît enrichie dans les tissus associés à l’endométriose, ce qui est cohérent avec l’existence d’une composante inflammatoire de la maladie.

À l’inverse, certaines populations vasculaires — notamment des groupes annotés comme veineux ou artériels — semblent davantage représentées chez les témoins.

L’interprétation de ces différences reste ouverte :

• l’enrichissement immunitaire pourrait traduire une inflammation locale ;
• la moindre représentation de certains types vasculaires pourrait refléter une modification de la vascularisation, une différence de prélèvement ou un autre changement tissulaire ;
• la taille et le déséquilibre de la cohorte imposent une grande prudence.

Peng ne présente donc pas encore ces résultats comme des mécanismes causaux établis.

10. Une étude surtout méthodologique

L’intervention porte principalement sur la mise en place d’une stratégie robuste pour :

1. produire une cartographie cellulaire du tissu ;
2. identifier les cellules avec un niveau de confiance explicite ;
3. comparer leur abondance entre groupes ;
4. sélectionner les populations à étudier ensuite sur le plan fonctionnel.

À ce stade, il n’est pas encore démontré qu’un type cellulaire précis déclenche l’endométriose. L’étude génère surtout des hypothèses sur les cellules et les états tissulaires qui pourraient participer à la maladie.

11. Prochaines étapes

Peng prévoit :

• d’augmenter le nombre d’échantillons ;
• de mieux équilibrer les groupes ;
• d’affiner les annotations encore ambiguës ;
• d’étudier les gènes et voies biologiques propres aux populations enrichies ;
• d’expliquer pourquoi certains groupes immunitaires, épithéliaux ou vasculaires diffèrent entre patientes et témoins ;
• de publier un atlas plus détaillé de l’endomètre dans l’endométriose.

Conclusion synthétique

Beverly Peng montre comment le séquençage ARN mononucléaire peut décomposer l’endomètre en populations cellulaires distinctes et révéler des différences invisibles dans une analyse globale du tissu.

L’étude identifie notamment :

• un enrichissement de certaines cellules immunitaires dans l’endométriose ;
• une représentation plus importante de certains groupes artériels ou veineux chez les témoins ;
• plusieurs populations épithéliales et glandulaires qui devront être caractérisées plus finement.

Le principal apport est méthodologique : construire une carte cellulaire fiable du tissu endométrial afin d’identifier les mécanismes propres à chaque population cellulaire dans l’endométriose. Les résultats restent préliminaires et nécessitent une cohorte plus large avant toute conclusion clinique.

Nadia Roan — Réponses cytolytiques des lymphocytes T CD8 spécifiques des virus dans le COVID long

4: 14: 48: Nadia Roan étudie l’état des lymphocytes T CD8 antiviraux chez les personnes atteintes de COVID long. Ces cellules ont pour fonction de reconnaître et de détruire les cellules infectées.

Son principal résultat est qu’une réponse cytolytique normalement forte pendant l’infection aiguë semble ne pas s’éteindre correctement chez certains patients atteints de COVID long.

1. Deux volets de recherche

Son projet comprend initialement :

• une étude tissulaire, encore en phase de recrutement ;
• une analyse sanguine des lymphocytes T CD8, qui constitue l’essentiel de la présentation.

Au moment du symposium, l’étude tissulaire ne comprend encore qu’un participant atteint de COVID long et trois témoins. Roan préfère donc attendre la collecte complète avant d’en présenter les résultats.

Elle se concentre ici sur les cellules CD8 présentes dans le sang.

2. Pourquoi étudier les lymphocytes T CD8 ?

Les lymphocytes T CD8 constituent des effecteurs essentiels de l’immunité antivirale. Après reconnaissance d’un antigène viral présenté par une cellule, ils peuvent libérer des molécules cytotoxiques et provoquer sa destruction.

Des études antérieures de l’équipe avaient déjà montré que les cellules CD8 spécifiques du SARS-CoV-2 présentaient des caractéristiques différentes chez les personnes atteintes de COVID long.

Ces travaux utilisaient toutefois une stimulation des cellules en laboratoire pour les identifier. Cette stimulation pouvait modifier leur état et ne permettait pas d’observer fidèlement leur phénotype au moment du prélèvement.

3. Observer les cellules sans les stimuler

Pour éviter cette limite, l’équipe utilise des tétramères combinatoires.

Ces réactifs se lient directement aux lymphocytes T reconnaissant un peptide viral déterminé. Ils permettent d’identifier simultanément plusieurs populations de cellules CD8 spécifiques, sans activation préalable en laboratoire.

L’équipe étudie ainsi les cellules dirigées contre :

• le SARS-CoV-2 ;
• le virus Epstein-Barr, ou EBV ;
• le cytomégalovirus, ou CMV.

L’inclusion d’EBV et de CMV vise à déterminer si l’anomalie concerne uniquement la réponse au SARS-CoV-2 ou reflète une perturbation plus large de l’immunité antivirale.

4. Pas de différence majeure dans les catégories classiques de cellules CD8

Lorsque les chercheurs classent les lymphocytes T CD8 dans les grandes catégories habituelles — cellules naïves, mémoires ou effectrices — la distribution générale ne diffère pas fortement entre les personnes atteintes de COVID long et celles ayant récupéré.

Une analyse superficielle du compartiment CD8 pourrait donc sembler normale.

Les différences apparaissent lorsqu’on examine plus finement l’état fonctionnel des cellules spécifiques de chaque virus.

5. Des profils différents selon les groupes

L’analyse non supervisée identifie plusieurs groupes de cellules, ou clusters.

Certains groupes sont davantage représentés chez les personnes complètement rétablies. Ils présentent de faibles niveaux de marqueurs associés à l’épuisement cellulaire, notamment :

• PD-1 ;
• TIGIT ;
• CD39.

À l’inverse, plusieurs groupes enrichis chez les patients atteints de COVID long apparaissent parmi les cellules spécifiques du SARS-CoV-2, du CMV et de l’EBV. Malgré leur diversité, ces groupes partagent une caractéristique : une expression plus forte de marqueurs cytolytiques.

6. Granzyme B et CD29

Deux marqueurs ressortent particulièrement :

• la granzyme B, enzyme utilisée par les lymphocytes CD8 pour tuer une cellule cible ;
• CD29, associé à des cellules CD8 dotées d’un fort potentiel cytolytique.

Les patients atteints de COVID long présentent davantage de cellules CD8 exprimant :

• CD29 seul ;
• la granzyme B seule ;
• les deux marqueurs simultanément.

Cette augmentation concerne les cellules antivirales dirigées non seulement contre le SARS-CoV-2, mais également contre EBV et CMV.

Le profil suggère donc une activation cytolytique persistante touchant plusieurs réponses antivirales.

7. Un signal particulièrement visible chez les femmes

Lorsque les données sont séparées selon le sexe, l’augmentation des cellules CD8 cytolytiques est nettement plus marquée chez les participantes atteintes de COVID long.

Le phénomène est beaucoup moins évident chez les hommes de l’étude.

Roan présente cette observation comme un résultat exploratoire. Elle pourrait contribuer à comprendre certaines différences biologiques selon le sexe dans le COVID long, mais devra être confirmée sur des effectifs plus importants.

8. Une réponse aiguë qui ne s’éteint pas

Pendant une infection aiguë, une forte activité cytolytique des cellules CD8 est normale et utile : elle permet d’éliminer les cellules infectées.

Après élimination du virus, cette activité devrait diminuer et les cellules devraient évoluer vers un état de mémoire moins agressif.

L’équipe compare longitudinalement :

• une personne ayant complètement récupéré ;
• une personne ayant développé un COVID long.

Chez la personne rétablie, la granzyme B exprimée par les cellules CD8 spécifiques du SARS-CoV-2 est élevée pendant la phase aiguë, puis diminue progressivement.

Chez la personne atteinte de COVID long, cette activité ne baisse pas ; elle tend même à augmenter au fil du temps.

9. Comparaison entre COVID aigu, guérison et COVID long

Dans l’ensemble de la cohorte :

• les patients en phase aiguë présentent, comme attendu, beaucoup de cellules CD8 cytolytiques ;
• chez les personnes rétablies, leur fréquence diminue ;
• chez les personnes atteintes de COVID long, elle reste élevée.

Cela concerne à la fois l’ensemble des lymphocytes T CD8 et les cellules spécifiquement dirigées contre le SARS-CoV-2.

Interprétations possibles

Roan propose principalement une incapacité à désactiver la réponse cytolytique déclenchée pendant l’infection aiguë.

Plusieurs mécanismes pourraient produire ce tableau :

• une persistance d’antigènes du SARS-CoV-2 ;
• une réactivation d’EBV ou de CMV ;
• une dérégulation générale du contrôle des réponses T ;
• une stimulation inflammatoire durable, même sans virus pleinement réplicatif.

L’étude ne permet pas encore de distinguer ces possibilités.

Une réponse forte n’est pas forcément efficace

La persistance de cellules fortement cytolytiques ne signifie pas nécessairement que le système immunitaire élimine correctement un éventuel réservoir viral.

La réponse peut être :

• mal localisée ;
• insuffisante dans les tissus concernés ;
• entretenue par de faibles quantités d’antigène ;
• excessivement inflammatoire ;
• incapable de revenir à l’équilibre.

Elle pourrait ainsi contribuer simultanément à la surveillance antivirale et aux dommages tissulaires.

Limites

Les résultats doivent rester interprétés avec prudence :

• les données tissulaires ne sont pas encore disponibles ;
• certains résultats longitudinaux illustrés reposent sur un nombre très limité de personnes ;
• l’expression de granzyme B et de CD29 indique un potentiel cytolytique, mais ne prouve pas directement que les cellules tuent effectivement des cibles dans l’organisme ;
• le lien entre cette signature et les symptômes n’est pas encore établi ;
• le signal plus marqué chez les femmes nécessite une réplication.

Conclusion synthétique

Nadia Roan montre que les grandes catégories de lymphocytes T CD8 peuvent sembler normales dans le COVID long, tandis qu’une analyse plus précise révèle une persistance anormale de cellules antivirales fortement cytolytiques.

Cette signature touche les cellules dirigées contre le SARS-CoV-2, mais aussi celles spécifiques d’EBV et du CMV. Elle paraît particulièrement marquée chez les femmes.

Le principal message est que le COVID long pourrait être associé à une réponse immunitaire qui reste bloquée dans un état proche de la phase aiguë, au lieu de se transfNadia Roan — Réponses cytolytiques des lymphocytes T CD8 spécifiques des virus dans le COVID long

Nadia Roan étudie l’état des lymphocytes T CD8 antiviraux chez les personnes atteintes de COVID long. Ces cellules ont pour fonction de reconnaître et de détruire les cellules infectées.

Son principal résultat est qu’une réponse cytolytique normalement forte pendant l’infection aiguë semble ne pas s’éteindre correctement chez certains patients atteints de COVID long.

1. Deux volets de recherche

Son projet comprend initialement :

• une étude tissulaire, encore en phase de recrutement ;
• une analyse sanguine des lymphocytes T CD8, qui constitue l’essentiel de la présentation.

Au moment du symposium, l’étude tissulaire ne comprend encore qu’un participant atteint de COVID long et trois témoins. Roan préfère donc attendre la collecte complète avant d’en présenter les résultats.

Elle se concentre ici sur les cellules CD8 présentes dans le sang.

2. Pourquoi étudier les lymphocytes T CD8 ?

Les lymphocytes T CD8 constituent des effecteurs essentiels de l’immunité antivirale. Après reconnaissance d’un antigène viral présenté par une cellule, ils peuvent libérer des molécules cytotoxiques et provoquer sa destruction.

Des études antérieures de l’équipe avaient déjà montré que les cellules CD8 spécifiques du SARS-CoV-2 présentaient des caractéristiques différentes chez les personnes atteintes de COVID long.

Ces travaux utilisaient toutefois une stimulation des cellules en laboratoire pour les identifier. Cette stimulation pouvait modifier leur état et ne permettait pas d’observer fidèlement leur phénotype au moment du prélèvement.

3. Observer les cellules sans les stimuler

Pour éviter cette limite, l’équipe utilise des tétramères combinatoires.

Ces réactifs se lient directement aux lymphocytes T reconnaissant un peptide viral déterminé. Ils permettent d’identifier simultanément plusieurs populations de cellules CD8 spécifiques, sans activation préalable en laboratoire.

L’équipe étudie ainsi les cellules dirigées contre :

• le SARS-CoV-2 ;
• le virus Epstein-Barr, ou EBV ;
• le cytomégalovirus, ou CMV.

L’inclusion d’EBV et de CMV vise à déterminer si l’anomalie concerne uniquement la réponse au SARS-CoV-2 ou reflète une perturbation plus large de l’immunité antivirale.

4. Pas de différence majeure dans les catégories classiques de cellules CD8

Lorsque les chercheurs classent les lymphocytes T CD8 dans les grandes catégories habituelles — cellules naïves, mémoires ou effectrices — la distribution générale ne diffère pas fortement entre les personnes atteintes de COVID long et celles ayant récupéré.

Une analyse superficielle du compartiment CD8 pourrait donc sembler normale.

Les différences apparaissent lorsqu’on examine plus finement l’état fonctionnel des cellules spécifiques de chaque virus.

5. Des profils différents selon les groupes

L’analyse non supervisée identifie plusieurs groupes de cellules, ou clusters.

Certains groupes sont davantage représentés chez les personnes complètement rétablies. Ils présentent de faibles niveaux de marqueurs associés à l’épuisement cellulaire, notamment :

• PD-1 ;
• TIGIT ;
• CD39.

À l’inverse, plusieurs groupes enrichis chez les patients atteints de COVID long apparaissent parmi les cellules spécifiques du SARS-CoV-2, du CMV et de l’EBV. Malgré leur diversité, ces groupes partagent une caractéristique : une expression plus forte de marqueurs cytolytiques.

6. Granzyme B et CD29

Deux marqueurs ressortent particulièrement :

• la granzyme B, enzyme utilisée par les lymphocytes CD8 pour tuer une cellule cible ;
• CD29, associé à des cellules CD8 dotées d’un fort potentiel cytolytique.

Les patients atteints de COVID long présentent davantage de cellules CD8 exprimant :

• CD29 seul ;
• la granzyme B seule ;
• les deux marqueurs simultanément.

Cette augmentation concerne les cellules antivirales dirigées non seulement contre le SARS-CoV-2, mais également contre EBV et CMV.

Le profil suggère donc une activation cytolytique persistante touchant plusieurs réponses antivirales.

7. Un signal particulièrement visible chez les femmes

Lorsque les données sont séparées selon le sexe, l’augmentation des cellules CD8 cytolytiques est nettement plus marquée chez les participantes atteintes de COVID long.

Le phénomène est beaucoup moins évident chez les hommes de l’étude.

Roan présente cette observation comme un résultat exploratoire. Elle pourrait contribuer à comprendre certaines différences biologiques selon le sexe dans le COVID long, mais devra être confirmée sur des effectifs plus importants.

8. Une réponse aiguë qui ne s’éteint pas

Pendant une infection aiguë, une forte activité cytolytique des cellules CD8 est normale et utile : elle permet d’éliminer les cellules infectées.

Après élimination du virus, cette activité devrait diminuer et les cellules devraient évoluer vers un état de mémoire moins agressif.

L’équipe compare longitudinalement :

• une personne ayant complètement récupéré ;
• une personne ayant développé un COVID long.

Chez la personne rétablie, la granzyme B exprimée par les cellules CD8 spécifiques du SARS-CoV-2 est élevée pendant la phase aiguë, puis diminue progressivement.

Chez la personne atteinte de COVID long, cette activité ne baisse pas ; elle tend même à augmenter au fil du temps.

9. Comparaison entre COVID aigu, guérison et COVID long

Dans l’ensemble de la cohorte :

• les patients en phase aiguë présentent, comme attendu, beaucoup de cellules CD8 cytolytiques ;
• chez les personnes rétablies, leur fréquence diminue ;
• chez les personnes atteintes de COVID long, elle reste élevée.

Cela concerne à la fois l’ensemble des lymphocytes T CD8 et les cellules spécifiquement dirigées contre le SARS-CoV-2.

Interprétations possibles

Roan propose principalement une incapacité à désactiver la réponse cytolytique déclenchée pendant l’infection aiguë.

Plusieurs mécanismes pourraient produire ce tableau :

• une persistance d’antigènes du SARS-CoV-2 ;
• une réactivation d’EBV ou de CMV ;
• une dérégulation générale du contrôle des réponses T ;
• une stimulation inflammatoire durable, même sans virus pleinement réplicatif.

L’étude ne permet pas encore de distinguer ces possibilités.

Une réponse forte n’est pas forcément efficace

La persistance de cellules fortement cytolytiques ne signifie pas nécessairement que le système immunitaire élimine correctement un éventuel réservoir viral.

La réponse peut être :

• mal localisée ;
• insuffisante dans les tissus concernés ;
• entretenue par de faibles quantités d’antigène ;
• excessivement inflammatoire ;
• incapable de revenir à l’équilibre.

Elle pourrait ainsi contribuer simultanément à la surveillance antivirale et aux dommages tissulaires.

Limites

Les résultats doivent rester interprétés avec prudence :

• les données tissulaires ne sont pas encore disponibles ;
• certains résultats longitudinaux illustrés reposent sur un nombre très limité de personnes ;
• l’expression de granzyme B et de CD29 indique un potentiel cytolytique, mais ne prouve pas directement que les cellules tuent effectivement des cibles dans l’organisme ;
• le lien entre cette signature et les symptômes n’est pas encore établi ;
• le signal plus marqué chez les femmes nécessite une réplication.

Conclusion synthétique

Nadia Roan montre que les grandes catégories de lymphocytes T CD8 peuvent sembler normales dans le COVID long, tandis qu’une analyse plus précise révèle une persistance anormale de cellules antivirales fortement cytolytiques.

Cette signature touche les cellules dirigées contre le SARS-CoV-2, mais aussi celles spécifiques d’EBV et du CMV. Elle paraît particulièrement marquée chez les femmes.

Le principal message est que le COVID long pourrait être associé à une réponse immunitaire qui reste bloquée dans un état proche de la phase aiguë, au lieu de se transformer normalement en réponse mémoire apaisée après la guérison.ormer normalement en réponse mémoire apaisée après la guérison.

Chiara Giannerelli — Persistance du SARS-CoV-2 dans les tissus vasculaires et risque cardiovasculaire

4: 26: 45: Chiara Giannerelli étudie la possibilité que le SARS-CoV-2 ou son matériel génétique persiste dans les artères coronaires et carotides, où il pourrait entretenir une inflammation locale et contribuer à l’augmentation durable du risque cardiovasculaire après l’infection.

Son message central est que les conséquences vasculaires du COVID ne se limitent pas à la phase aiguë : une pathologie inflammatoire peut subsister directement dans la paroi des vaisseaux, parfois sans signal concordant dans le sang.

1. Pourquoi étudier les vaisseaux ?

L’infection par le SARS-CoV-2 est associée à un large éventail de complications cardiovasculaires, notamment :

• infarctus du myocarde ;
• accident vasculaire cérébral ;
• thromboses ;
• inflammation vasculaire ;
• aggravation de l’athérosclérose.

Giannerelli cherche à comprendre pourquoi ce risque peut rester augmenté jusqu’à plusieurs années après l’infection aiguë.

L’une des hypothèses est que du matériel viral persiste dans les vaisseaux et entretient localement une réponse immunitaire défavorable.

2. Travaux antérieurs sur les artères coronaires

L’équipe avait déjà détecté de l’ARN du SARS-CoV-2 dans des artères coronaires humaines :

• présentant des plaques d’athérosclérose ;
• mais également dans des segments vasculaires peu ou pas athérosclérotiques.

La présence de l’ARN ne semblait donc pas dépendre uniquement du degré d’athérosclérose préexistante.

Le matériel viral était principalement retrouvé dans la paroi vasculaire elle-même, plutôt que dans les tissus situés autour du vaisseau. Ces résultats suggèrent un tropisme ou une rétention particulière au sein du compartiment vasculaire.

3. Une cohorte de plus de 140 patients

Pour étudier la persistance dans le temps, l’équipe s’appuie sur deux études comprenant plus de 140 participants.

Les chercheurs ont recueilli :

• des plaques coronaires ;
• des plaques carotidiennes ;
• des prélèvements sanguins ;
• les caractéristiques cliniques, comme l’âge, le sexe et l’indice de masse corporelle ;
• les antécédents d’infection et de complications cardiovasculaires.

Les participants ont été classés selon leur statut vis-à-vis du COVID :

• infection antérieure confirmée ;
• absence d’infection, notamment pour les échantillons obtenus avant la pandémie ;
• statut incertain.

4. Améliorer la classification des infections antérieures

La simple histoire clinique ou un test PCR ancien ne suffit pas toujours à déterminer si une personne a été infectée, en particulier plusieurs années après l’épisode.

L’équipe emploie donc un test sérologique multiplexé capable d’analyser les réponses à :

• différentes souches du SARS-CoV-2 ;
• plusieurs antigènes viraux ;
• d’autres virus utilisés comme contrôles.

Selon Giannerelli, cette approche permet de classer de manière plus robuste les patients jusqu’à environ deux ans après l’infection.

Cette étape est importante, car une mauvaise classification pourrait conduire à comparer des plaques de personnes supposées négatives mais qui auraient en réalité été infectées.

5. Une approche multi-omique

Les plaques et le sang sont analysés à l’aide de plusieurs technologies :

• sérologie multiplexée ;
• séquençage ARN en profondeur ;
• séquençage unicellulaire ;
• analyses de cytokines ;
• étude de l’expression des éléments transposables.

L’objectif est de relier trois niveaux :

1. la présence éventuelle du virus ;
2. le type de réponse inflammatoire dans la plaque ;
3. le profil clinique et cardiovasculaire du patient.

6. Un profil inflammatoire dans les plaques des patients ayant eu le COVID

Les plaques des participants classés comme ayant eu le COVID présentent une augmentation de programmes biologiques associés à :

• l’activité des cytokines ;
• la défense contre les virus ;
• l’interleukine 1 bêta ;
• l’interleukine 6 ;
• d’autres voies inflammatoires liées au risque cardiovasculaire.

Giannerelli souligne que l’IL-1β et l’IL-6 ne sont pas seulement des marqueurs généraux : leur implication causale dans l’athérosclérose et les événements cardiovasculaires est déjà fortement étayée.

En parallèle, des voies impliquées dans :

• l’homéostasie du cholestérol ;
• le métabolisme des lipides ;
• le maintien d’un état vasculaire équilibré,

semblent diminuées dans les plaques des personnes ayant eu le COVID et davantage représentées chez les témoins négatifs.

7. Détection d’ARN viral dans certaines plaques

Grâce au séquençage en profondeur, l’équipe détecte de l’ARN compatible avec le SARS-CoV-2 dans certaines plaques coronaires et carotidiennes.

Le signal varie fortement entre les patients :

• certains ont des niveaux proches du bruit de fond ;
• d’autres présentent une détection plus importante ;
• certains participants classés négatifs semblent également positifs dans la plaque.

Une explication possible est que ces derniers aient été infectés plus de deux ans auparavant, au-delà de la fenêtre de détection du test sérologique. Cette possibilité est encore en cours d’examen.

8. Discordance entre le sang et la plaque

Un résultat important est le manque fréquent de concordance entre la détection dans le sang et celle dans le tissu vasculaire.

Chez de nombreux participants :

• l’ARN est détecté dans la plaque, mais pas dans le sang ;
• ou le sang présente un signal sans détection correspondante dans la petite portion de plaque analysée.

Cette discordance peut résulter :

• d’une persistance compartimentalisée dans le vaisseau ;
• d’une libération intermittente dans la circulation ;
• de la faible abondance du matériel viral ;
• de limites liées à l’échantillonnage.

Elle renforce néanmoins l’idée qu’un résultat sanguin négatif ne permet pas d’exclure une pathologie active dans la paroi vasculaire.

9. Rôle possible des éléments transposables

L’équipe explore aussi les éléments transposables, des séquences génétiques présentes dans le génome humain et normalement largement réprimées.

Lors d’une infection, d’un stress cellulaire ou d’un dérèglement épigénétique, certains de ces éléments peuvent être réactivés. Leur ARN peut alors être interprété par le système immunitaire comme un signal viral et stimuler :

• les détecteurs innés des acides nucléiques ;
• les interférons ;
• les cytokines inflammatoires ;
• une réponse antivirale persistante.

Giannerelli étudie donc l’hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 pourrait déclencher dans les plaques une dérégulation durable des éléments transposables. Une fois activée, cette réponse pourrait contribuer à maintenir l’inflammation, même si la quantité de virus diminue.

Cette partie du travail est présentée comme encore mécanistique et exploratoire.

10. Modèle proposé

Le scénario général est le suivant :

1. le SARS-CoV-2 atteint la paroi vasculaire et certaines cellules présentes dans les plaques ;
2. de l’ARN ou d’autres composants viraux persistent localement ;
3. les cellules immunitaires et vasculaires maintiennent une réponse antivirale ;
4. les voies IL-1β et IL-6 restent activées ;
5. les mécanismes de gestion du cholestérol et des lipides sont perturbés ;
6. la plaque devient potentiellement plus inflammatoire et plus instable ;
7. le risque d’infarctus ou d’AVC pourrait alors rester augmenté à distance de l’infection.

Ce modèle ne signifie pas que toutes les complications cardiovasculaires post-COVID sont dues à un réservoir viral. La coagulation, les lésions endothéliales, l’auto-immunité et les facteurs de risque classiques peuvent également intervenir.

Limites importantes

Les résultats doivent être interprétés avec prudence :

• la détection d’ARN ne prouve pas nécessairement l’existence d’un virus complet et réplicatif ;
• les tissus proviennent de patients ayant déjà une indication clinique ou chirurgicale vasculaire et ne représentent pas toute la population ;
• la classification du statut infectieux ancien reste imparfaite ;
• les plaques sont hétérogènes et une petite portion ne reflète pas nécessairement tout le vaisseau ;
• le lien direct entre ARN viral, inflammation de la plaque et événement cardiovasculaire futur doit encore être démontré prospectivement.

Conclusion synthétique

Chiara Giannerelli présente des données soutenant la présence prolongée de matériel du SARS-CoV-2 dans certaines plaques coronaires et carotidiennes.

Ces plaques montrent en parallèle :

• une activation des réponses antivirales ;
• une augmentation des voies IL-1β et IL-6 ;
• une diminution des programmes liés au métabolisme lipidique ;
• une discordance fréquente avec les résultats obtenus dans le sang.

Son principal message est que le vaisseau pourrait constituer un compartiment de persistance virale et inflammatoire, susceptible de participer au risque cardiovasculaire prolongé après le COVID. L’étude des éléments transposables pourrait expliquer comment cette inflammation se maintient, y compris lorsque le signal viral devient faible.

Zian Tseng — Cartographie post-mortem de la persistance du SARS-CoV-2 dans la mort cardiaque subite

4: 42: 02: Zian Tseng présente une étude d’autopsie visant à rechercher le SARS-CoV-2 dans les tissus profonds de personnes décédées subitement hors de l’hôpital.

Son objectif est double :

• déterminer si le virus peut persister dans le cœur, le cerveau ou d’autres organes après la phase aiguë ;
• évaluer si cette persistance peut contribuer à certaines morts cardiaques subites, notamment par myocardite ou interaction avec une maladie cardiaque préexistante.

1. Une cohorte unique de morts subites communautaires

L’étude s’appuie sur une cohorte de près de 450 cas autopsiés, couvrant de nombreuses causes de mort cardiaque subite.

Contrairement à la plupart des études post-mortem réalisées chez des patients hospitalisés pour COVID sévère, cette cohorte comprend des personnes décédées soudainement dans la communauté. Elle permet donc d’étudier des sujets :

• qui n’étaient pas nécessairement connus comme atteints d’un COVID aigu ;
• qui n’avaient pas subi une longue hospitalisation ;
• dont la mort pouvait sembler due à une overdose, une cardiopathie ou une autre cause.

Les autopsies donnent accès à des tissus rarement disponibles chez des patients vivants : myocardium profond, cerveau et autres organes internes.

2. L’intérêt des témoins antérieurs à la pandémie

L’équipe dispose de près de dix années de données et de tissus collectés avant 2020, avec environ 400 prélèvements prépandémiques appariés.

Ces témoins permettent de distinguer :

• les signatures réellement associées au SARS-CoV-2 ;
• les changements dus à la mort subite elle-même ;
• les effets du traumatisme, de la réanimation ou de l’hospitalisation ;
• le bruit de fond présent naturellement dans les tissus.

Cette profondeur historique constitue l’un des principaux atouts de l’étude.

3. Pourquoi les autopsies hospitalières peuvent être trompeuses

Tseng compare des personnes décédées immédiatement après un traumatisme à d’autres ayant survécu assez longtemps pour être hospitalisées avant leur décès.

Les tissus des victimes hospitalisées montrent une réponse immunitaire massive liée au traumatisme grave, à la réanimation et à la maladie critique.

Ainsi, lorsqu’une étude repose uniquement sur des autopsies hospitalières, il devient difficile de distinguer :

• l’effet direct du virus ;
• la réponse au séjour en soins intensifs ;
• les conséquences d’un traumatisme ou d’une défaillance multiviscérale.

Les morts instantanées dans la communauté offrent donc des témoins plus proches de l’état biologique précédant immédiatement le décès.

4. Séquençage profond des tissus

Le protocole comprend :

1. l’extraction des acides nucléiques à partir du tissu ;
2. une préparation automatisée ;
3. un enrichissement par sondes ciblées ;
4. un séquençage très profond ;
5. l’analyse conjointe des séquences humaines et non humaines.

La partie non humaine sert à rechercher le SARS-CoV-2 ou d’autres agents infectieux. Les séquences humaines permettent d’étudier la réponse de l’organe : inflammation, activation immunitaire et perturbation des voies cellulaires.

L’équipe a commencé par le myocarde, puis prévoit de comparer plusieurs organes chez les mêmes personnes.

5. Premiers résultats dans le cœur

Parmi environ 56 cas postérieurs à 2020 déjà analysés, quatre présentaient un signal SARS-CoV-2 dans le myocarde.

Tseng décrit notamment quatre situations.

Deux décès avec COVID aigu détecté à l’autopsie

Un homme de 24 ans et un homme de 70 ans sont décédés d’overdoses qui n’avaient pas été reconnues avant l’autopsie. Ils étaient positifs au SARS-CoV-2 et le virus a été retrouvé dans le cœur et le cerveau.

Ces cas illustrent une dissémination multiviscérale pendant une infection encore active.

Un possible réservoir cardiaque occulte

Un homme décédé en 2024 d’une mort subite associée à une hypertrophie cardiaque ne présentait pas de preuve clinique d’un COVID aigu.

Du matériel viral a néanmoins été retrouvé dans le cœur. Tseng considère ce cas comme compatible avec un réservoir cardiaque silencieux, potentiellement post-aigu, mais souligne implicitement que cette interprétation doit être confirmée.

Une myocardite associée à du SARS-CoV-2 tissulaire

Le cas le plus marquant concerne un homme de 32 ans décédé subitement.

Les pathologistes avaient déterminé que la cause du décès était une myocardite avant de connaître les résultats du séquençage. Celui-ci a ensuite retrouvé du SARS-CoV-2 dans les tissus profonds du cœur.

La personne était négative au test COVID lors de l’autopsie, ce qui indique que le décès n’était pas associé à une infection aiguë facilement détectable dans les voies respiratoires au cours des deux semaines précédentes.

Pour Tseng, ce cas suggère qu’une infection ou une persistance cardiaque occulte peut provoquer une myocardite et contribuer directement à une mort subite hors de l’hôpital.

6. Fréquence préliminaire

Dans cette première série, la positivité myocardique globale est estimée à environ 5 %.

Après exclusion des cas correspondant clairement à une infection aiguë, Tseng évoque une estimation préliminaire d’environ 4 % de possibles réservoirs cardiaques post-aigus.

Ces proportions sont exploratoires :

• l’effectif analysé reste limité ;
• le calcul est une extrapolation ;
• tous les cas ne sont pas encore entièrement séquencés ;
• un signal tissulaire ne prouve pas toujours la présence d’un virus vivant.

Elles ne doivent donc pas être interprétées comme la fréquence du réservoir cardiaque dans la population générale.

7. Localiser précisément le virus

L’équipe conserve également des blocs tissulaires fixés et inclus en paraffine.

Elle prévoit d’utiliser le profilage spatial pour déterminer :

• quelles cellules contiennent le matériel viral ;
• si le signal se situe dans les cardiomyocytes, les cellules endothéliales ou les cellules immunitaires ;
• s’il est associé à une zone de myocardite, de fibrose ou de lésion vasculaire ;
• si plusieurs organes contiennent simultanément le virus.

Cette localisation sera essentielle pour distinguer un signal moléculaire diffus d’un véritable foyer pathologique.

8. Lien avec le COVID long

L’étude ne porte pas directement sur une cohorte de patients vivants diagnostiqués avec un COVID long. Elle peut néanmoins éclairer ses mécanismes en montrant :

• que le SARS-CoV-2 peut persister dans des organes profonds ;
• que cette persistance peut être absente des tests réalisés au moment du décès ;
• que le cœur et le cerveau peuvent être touchés simultanément ;
• qu’un réservoir tissulaire peut avoir des conséquences cliniques graves.

Le modèle proposé est qu’une persistance silencieuse dans certains organes pourrait entretenir une inflammation locale ou interagir avec une maladie chronique préexistante.

Limites importantes

Plusieurs précautions sont nécessaires :

• les sujets sont décédés subitement et ne représentent pas l’ensemble des personnes ayant eu le COVID ;
• la causalité entre le virus tissulaire et le décès n’est établie de façon convaincante que dans certains cas, notamment la myocardite ;
• la détection moléculaire ne démontre pas toujours un virus réplicatif ;
• les estimations de 4 à 5 % sont très préliminaires ;
• les analyses cellulaires et spatiales ne sont pas encore terminées.

Conclusion synthétique

Zian Tseng présente une infrastructure d’autopsie particulièrement puissante pour rechercher les réservoirs du SARS-CoV-2 dans les morts subites survenues hors de l’hôpital.

Les premières analyses montrent du matériel viral dans le myocarde de plusieurs cas, dont :

• deux infections aiguës touchant le cœur et le cerveau ;
• un possible réservoir cardiaque occulte ;
• une myocardite mortelle avec SARS-CoV-2 dans le cœur malgré un test négatif à l’autopsie.

Le principal message est que l’absence de COVID détectable dans les voies respiratoires ne permet pas d’exclure une persistance profonde dans le cœur, laquelle pourrait, dans de rares cas, contribuer à une myocardite ou à une mort cardiaque subite.

Henry VanBrocklin — Visualiser l’activation immunitaire dans le corps et mesurer son évolution sous traitement

41: 51: 53: L’intervention est particulièrement intéressante parce qu’elle fait le lien entre imagerie tissulaire, activation des lymphocytes T et essais thérapeutiques. L’objectif n’est plus seulement de montrer qu’il existe des anomalies chez les patients atteints de COVID long, mais d’utiliser l’imagerie comme biomarqueur objectif de réponse au traitement.

1. Le principe : voir les lymphocytes T activés dans les tissus

VanBrocklin utilise une technique de PET imaging reposant sur un radiotraceur appelé dans la transcription F-AraG / FRG. Ce traceur est capté par les lymphocytes T et s’accumule préférentiellement lorsqu’ils sont activés.

Le mécanisme présenté repose sur la phosphorylation intracellulaire du traceur. Dans un lymphocyte T non activé, cette phosphorylation peut être inversée, notamment via SAMHD1, permettant au composé de ressortir de la cellule. Lors de l’activation T, SAMHD1 est diminué : le composé phosphorylé reste alors davantage piégé dans la cellule.

Plus le signal PET est important dans un tissu, plus il constitue donc un indice d’activité des lymphocytes T dans ce compartiment.

Cela permet surtout de regarder le corps entier, contrairement à une prise de sang qui ne renseigne que sur les cellules circulantes.

2. Une technologie initialement développée dans d’autres contextes

La technique avait d’abord été développée et validée chez des volontaires sains et en oncologie. L’équipe de VanBrocklin l’a ensuite utilisée dans le VIH.

Un élément a alors attiré leur attention : le signal F-AraG recoupait en partie les régions où une autre méthode d’imagerie identifiait le réservoir du VIH. Lorsque la pandémie est apparue, l’équipe s’est demandé si la même stratégie pouvait révéler une activation immunitaire tissulaire associée au COVID long.

3. Une activation immunitaire distribuée dans de nombreux tissus

Au moment du symposium, l’équipe avait étudié 79 participants, les premiers résultats publiés portant sur 24 personnes. Les premières comparaisons incluaient six témoins pré-COVID et six personnes ne rapportant pas de symptômes de COVID long.

Chez les personnes étudiées après COVID, l’équipe observe une augmentation du signal dans plusieurs régions, notamment :

• les cornets nasaux et glandes parotides ;
• les ganglions lymphatiques ;
• la moelle lombaire ;
• le parenchyme pulmonaire ;
• le foie et certaines glandes ;
• différentes régions cérébrales ;
• le tube digestif.

Dans de nombreux tissus, le signal est significativement supérieur à celui des témoins pré-COVID.

Le message important est donc celui d’une activation immunitaire compartimentalisée dans les tissus, qui peut ne pas être correctement reflétée par les marqueurs sanguins.

4. Des associations avec certains phénotypes cliniques

L’équipe commence également à comparer les localisations du signal aux symptômes.

Chez les patients présentant un phénotype cardiopulmonaire, elle retrouve notamment davantage de signal dans certaines régions intestinales. Cette fois, la comparaison est faite non seulement avec des témoins pré-COVID, mais avec des personnes ayant eu le COVID et ayant récupéré sans COVID long ; les différences restent significatives.

Un autre résultat concerne sept patients présentant un COVID long avec symptômes olfactifs : ils montrent une augmentation du signal dans la région nasopharyngée postérieure, comparativement à 59 personnes sans symptômes de COVID long.

VanBrocklin évoque alors, avec prudence, la possibilité qu’une région de ce type puisse être associée à un réservoir ou à une voie permettant à des composants viraux d’interagir avec le système nerveux. Il présente explicitement cela comme une possibilité, pas comme une démonstration.

5. L’étape décisive : utiliser le PET avant et après traitement

C’est le cœur nouveau de cette présentation.

L’équipe intègre désormais le F-AraG dans des essais thérapeutiques : on réalise un PET avant traitement puis un autre après traitement.

Cela permet de poser une question particulièrement importante :

si un traitement fonctionne biologiquement, voit-on disparaître ou diminuer l’activation immunitaire dans certains tissus ?

6. Essai OUTSMART : anticorps monoclonal contre placebo

VanBrocklin présente les premières données de l’essai OUTSMART.

La transcription indique :

• 36 personnes atteintes de COVID long ;
• 24 recevant l’anticorps monoclonal étudié ;
• 12 recevant le placebo ;
• sous-étude PET chez 10 personnes :
  • 6 traitées ;
  • 4 placebo.

Avant traitement, il n’existait globalement pas de différence significative entre les deux groupes pour le signal d’imagerie, hormis une région mentionnée dans la transcription comme la cauda equina.

7. Après anticorps monoclonal : diminution de l’activation dans plusieurs régions

Après traitement, l’équipe observe une diminution significative du signal F-AraG chez les patients ayant reçu l’anticorps monoclonal dans plusieurs régions :

• lobe temporal ;
• moelle épinière thoracique ;
• glande sous-mandibulaire ;
• cauda equina.

Pour la glande sous-mandibulaire, la diminution apparaît chez plusieurs des six patients traités, tandis que trois des quatre participants placebo montrent au contraire une tendance à l’augmentation du signal.

C’est probablement le résultat le plus intéressant de son intervention : une intervention thérapeutique semble modifier un marqueur tissulaire objectif d’activation immunitaire.

Il faut néanmoins rester prudent : la sous-étude PET ne comprend que 10 participants.

8. Un second essai est en cours

VanBrocklin mentionne également un autre essai comprenant 40 patients COVID long, randomisés entre un traitement dont le nom est mal retranscrit dans le document et une perfusion saline.

Parmi eux, 24 ont déjà bénéficié d’une imagerie avant et après administration. Au moment du symposium, les données sont encore en cours d’analyse : il ne présente donc aucun résultat d’efficacité pour cet essai.

9. Ce que cette approche pourrait changer

VanBrocklin conclut que l’inflammation et la dérégulation immunitaire peuvent persister pendant des années après l’infection et que l’imagerie F-AraG pourrait devenir un outil permettant de mesurer l’activation immunitaire tissulaire à l’échelle du corps entier dans les essais thérapeutiques.

C’est une différence importante avec un essai reposant uniquement sur des questionnaires : on pourrait disposer simultanément de deux niveaux de résultats :

traitement → évolution clinique + évolution objective du signal immunitaire tissulaire.

Conclusion

Le message de VanBrocklin est assez fort : le COVID long peut être associé à une activation persistante des lymphocytes T dans de multiples tissus, y compris le cerveau, la moelle, les ganglions, les poumons, les glandes et l’intestin.

Mais surtout, son équipe commence à montrer que cette anomalie est potentiellement dynamique : dans une petite sous-étude randomisée, un anticorps monoclonal est associé à une diminution du signal d’activation T dans plusieurs régions du système nerveux et dans les glandes.

Cela fait du F-AraG PET non seulement un outil pour objectiver la maladie dans les tissus, mais potentiellement un endpoint pharmacodynamique : voir directement si un traitement modifie le processus biologique qu’il est censé cibler.

Point de prudence essentiel : le PET F-AraG mesure l’activation immunitaire ; il ne démontre pas directement la présence du SARS-CoV-2 dans les zones positives. Une activation T persistante peut être compatible avec une stimulation antigénique persistante, mais l’imagerie seule ne permet pas d’en déterminer la cause.

Esen Sefik — Réservoirs d’ARN du SARS-CoV-2 et inflammation entretenue par les neutrophiles

5: 06: 16: Esen Sefik présente des travaux réalisés principalement dans des modèles de souris humanisées, conçus pour étudier directement le rôle causal des cellules immunitaires humaines dans la persistance du SARS-CoV-2.

Son hypothèse centrale est que certaines cellules myéloïdes — en particulier les macrophages et les neutrophiles — ne sont pas seulement activées par l’infection : elles pourraient elles-mêmes héberger du matériel viral, entretenir l’inflammation et contribuer à la persistance tissulaire.

1. Pourquoi utiliser des souris humanisées ?

Ces souris possèdent certains compartiments du système immunitaire humain. Elles permettent donc :

• d’étudier l’infection de cellules immunitaires humaines ;
• de supprimer sélectivement certaines populations cellulaires ;
• d’observer si la persistance virale diminue lorsqu’un type cellulaire précis est absent ;
• de tester directement des antiviraux.

Cette approche va au-delà d’une simple association observée chez l’humain : elle permet d’évaluer si les macrophages ou les neutrophiles jouent effectivement un rôle dans le maintien du virus.

2. Les macrophages peuvent être infectés

Les travaux antérieurs de l’équipe indiquent que des macrophages humains peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 selon plusieurs voies possibles, notamment :

• une voie dépendante d’ACE2 ;
• une entrée facilitée par des anticorps ;
• une voie impliquant le récepteur CD163, décrite par une autre équipe.

Dans ces macrophages, le virus paraît capable de se répliquer et d’activer l’inflammasome NLRP3, une plateforme inflammatoire intracellulaire.

Cette activation entraîne :

• la maturation et la sécrétion de cytokines très inflammatoires ;
• une forme de mort cellulaire inflammatoire ;
• la libération de signaux susceptibles d’endommager les tissus environnants.

L’équipe rapporte avoir retrouvé, dans des échantillons d’autopsie humaine, une proportion importante de macrophages contenant des marqueurs viraux, notamment l’ARN polymérase ARN-dépendante et d’autres antigènes du SARS-CoV-2.

3. Les neutrophiles pourraient également être directement infectés

L’équipe s’est ensuite demandé si les neutrophiles pouvaient eux aussi héberger le virus.

Des neutrophiles humains sains ont été exposés en laboratoire à une souche rapporteur du SARS-CoV-2. Le signal rapporteur n’apparaît que dans les cellules où l’infection s’est produite.

Environ 40 % des neutrophiles présentaient ce signal dans les conditions expérimentales décrites.

Ce résultat suggère que les neutrophiles ne seraient pas seulement activés indirectement par des complexes Spike–anticorps ou par des cytokines : ils pourraient, dans certaines conditions, constituer eux-mêmes des cellules infectées.

4. Signes de production d’ARN viral dans les neutrophiles

Pour vérifier qu’il ne s’agissait pas uniquement d’une entrée passive de particules virales, les chercheurs ont recherché des ARN sous-génomiques.

Ces ARN sont produits pendant le programme de réplication du coronavirus et constituent un indice plus fort d’activité virale intracellulaire que la seule présence d’un fragment d’ARN génomique.

Des produits sous-génomiques ont été détectés dès quatre heures après l’infection et correspondaient au génome du SARS-CoV-2.

Toutes les espèces d’ARN habituellement observées dans des cellules très permissives n’étaient cependant pas présentes. La nature exacte de la réplication dans les neutrophiles reste donc en cours d’étude.

5. Réponse partielle aux antiviraux

Le signal d’infection dans les neutrophiles pouvait être réduit avec :

• le nirmatrelvir/ritonavir, ou Paxlovid ;
• le remdésivir.

Cependant, des concentrations élevées semblaient nécessaires dans ce modèle.

Sefik en déduit que les réservoirs situés dans les cellules myéloïdes pourraient être difficiles à éliminer avec les stratégies antivirales standards. Des traitements mieux adaptés à ces cellules, à leur localisation tissulaire ou à la durée de l’infection pourraient être nécessaires.

Ces résultats sont précliniques et ne permettent pas de déterminer les doses efficaces ou sûres chez les patients.

6. Supprimer sélectivement certaines cellules

Le principal avantage du modèle murin est la possibilité de créer des souris privées de certaines populations humaines :

• macrophages dérivés des monocytes ;
• macrophages alvéolaires ;
• neutrophiles ;
• ou plusieurs de ces compartiments simultanément.

Les chercheurs mesurent ensuite la persistance au moyen de l’ARN sous-génomique.

Lorsqu’au moins une catégorie de cellules myéloïdes reste présente, une persistance virale peut être maintenue.

En revanche, chez les souris dépourvues de l’ensemble de ces cellules myéloïdes humaines, le virus finit par être éliminé.

7. Deux rôles possibles des cellules myéloïdes

Ces expériences suggèrent que les macrophages et les neutrophiles peuvent agir de deux façons non exclusives.

Comme réservoirs directs : ils contiennent du matériel viral et permettent une certaine activité de réplication.

Comme facilitateurs indirects : les médiateurs inflammatoires qu’ils produisent pourraient :

• rendre les cellules épithéliales plus vulnérables ;
• empêcher une réponse immunitaire efficace ;
• favoriser le maintien d’autres cellules infectées ;
• retarder l’élimination du virus.

Lorsque les cellules myéloïdes sont supprimées, l’infection épithéliale diminue elle aussi, ce qui soutient cette seconde possibilité.

8. Un changement de compartiment entre phase aiguë et phase chronique

Sefik propose un modèle évolutif de l’infection.

Phase aiguë

Au début, les cellules les plus fréquemment infectées sont surtout les cellules épithéliales.

Phase chronique

Plus tard, l’infection épithéliale devient plus sporadique, alors que le signal viral devient abondant dans les cellules myéloïdes :

• macrophages ;
• neutrophiles.

La persistance ne serait donc pas simplement la prolongation inchangée de l’infection aiguë. Le virus pourrait progressivement se concentrer dans d’autres compartiments cellulaires, plus difficiles à éliminer.

9. Lien avec l’inflammation dirigée par les neutrophiles

Un neutrophile infecté ou durablement stimulé peut libérer :

• des cytokines ;
• des espèces réactives de l’oxygène ;
• des protéases ;
• des NETs, ou pièges extracellulaires ;
• des médiateurs endommageant l’endothélium.

Ces mécanismes pourraient relier la persistance virale à plusieurs anomalies observées dans le COVID long :

• inflammation chronique ;
• lésions vasculaires ;
• activation de la coagulation ;
• microcaillots ;
• atteintes tissulaires secondaires.

La présentation soutient donc une boucle possible :

infection des cellules myéloïdes → inflammation persistante → mauvaise élimination virale → maintien des réservoirs.

Limites importantes

Ces résultats doivent être interprétés avec prudence :

• une grande partie des expériences repose sur des souris humanisées ou des infections cellulaires en laboratoire ;
• les neutrophiles sont normalement des cellules à durée de vie courte, ce qui pose la question du renouvellement continu du réservoir ;
• la détection d’ARN sous-génomique est compatible avec une activité virale, mais ne démontre pas toujours la production complète de virions infectieux ;
• les conditions et concentrations antivirales utilisées in vitro ne sont pas directement transposables à la clinique ;
• le rôle précis de ces mécanismes chez les patients atteints de COVID long doit encore être confirmé dans les tissus humains.

Conclusion synthétique

Esen Sefik propose que les macrophages et les neutrophiles humains soient des acteurs centraux de la persistance du SARS-CoV-2.

Ses données suggèrent que :

• ces cellules peuvent contenir du matériel viral et des signes d’activité réplicative ;
• elles activent de puissantes voies inflammatoires ;
• la présence d’une population myéloïde suffit à maintenir la persistance dans le modèle murin ;
• leur suppression permet une meilleure élimination du virus, y compris dans l’épithélium.

Le principal enseignement est que les cellules chargées de combattre l’infection pourraient devenir elles-mêmes des réservoirs et entretenir une boucle de persistance virale et d’inflammation chronique.

Eduardo Reategui — BARA : détection intégrée des antigènes et des acides nucléiques viraux dans le COVID long

5: 15: 23: Eduardo Reategui présente BARA, une plateforme sur biopuce conçue pour détecter simultanément, à l’échelle de particules individuelles :

• des protéines virales de surface ;
• de l’ARN viral interne ;
• du matériel viral transporté dans des vésicules extracellulaires.

L’objectif est de dépasser les limites des tests qui recherchent séparément un antigène ou un acide nucléique, et de mieux caractériser la nature des signaux viraux persistants dans le COVID long.

1. Origine de la technologie

Le laboratoire de Reategui développe des microtechnologies et nanotechnologies destinées à caractériser les biomarqueurs circulants.

La conception de BARA repose sur les similitudes entre les virus et les vésicules extracellulaires, ou EV :

• taille nanométrique comparable ;
• membrane portant des protéines de surface ;
• présence d’un contenu interne, notamment de l’ARN ;
• circulation dans les fluides biologiques.

Cette proximité technologique permet d’analyser avec la même plateforme des particules virales et des EV libérées par les cellules.

2. Analyse de particules intactes

Contrairement à de nombreux tests moléculaires, BARA ne commence pas par détruire ou lyser toutes les particules de l’échantillon.

Les virus et les vésicules extracellulaires sont d’abord immobilisés individuellement sur la surface d’une biopuce. Deux types de sondes sont ensuite appliqués :

• des anticorps reconnaissant les protéines présentes à la surface, par exemple Spike ;
• des sondes capables de pénétrer dans la particule et de se fixer à différentes régions de l’ARN viral.

Le signal est lu par fluorescence. Chaque point observé peut donc correspondre à une particule particulière.

3. Associer antigène et ARN dans une même particule

La principale originalité de la méthode est la colocalisation des signaux.

La plateforme peut déterminer si une même particule présente simultanément :

• une protéine virale à sa surface ;
• de l’ARN du SARS-CoV-2 à l’intérieur.

Cette association fournit davantage d’informations qu’un résultat antigénique ou PCR isolé. Elle peut aider à distinguer :

• une particule portant uniquement une protéine virale ;
• de l’ARN isolé dans une vésicule ;
• une structure contenant à la fois l’antigène et le génome viral ;
• une particule potentiellement plus proche d’un virion intact.

La colocalisation ne prouve toutefois pas à elle seule que le virus est vivant ou capable de se répliquer.

4. Détecter l’ARN viral dans les vésicules extracellulaires

BARA peut aussi confirmer qu’une particule est une EV, puis rechercher de l’ARN viral dans cette même vésicule.

Cette capacité est particulièrement pertinente dans le COVID long. Même en l’absence de virus librement détectable dans le plasma, des cellules ou tissus affectés pourraient libérer des EV contenant :

• de l’ARN viral ;
• des protéines virales ;
• d’autres informations sur le réservoir tissulaire.

L’équipe souhaite également utiliser des marqueurs de surface propres à certains organes afin de déterminer le tissu d’origine des EV positives.

5. Validation analytique

La plateforme avait été développée pendant la pandémie dans le cadre d’une demande d’autorisation d’utilisation d’urgence auprès de la FDA. Elle a donc fait l’objet de nombreux contrôles analytiques.

L’équipe a notamment évalué :

• les limites de détection de l’antigène et de l’ARN ;
• la comparaison avec la PCR et l’ELISA ;
• la reproductibilité sur échantillons frais et congelés ;
• l’effet de différentes mutations ou variantes virales ;
• la réactivité croisée avec d’autres virus, bactéries et champignons ;
• les substances susceptibles d’interférer avec l’analyse, notamment dans la salive.

Reategui rapporte une sensibilité supérieure à celle obtenue séparément par les méthodes de référence pour la caractérisation combinée de la protéine et de l’ARN.

6. Une plateforme automatisée

Le procédé est largement automatisé et pourrait traiter environ 200 à 250 échantillons par série ou cycle de plateforme, selon les modalités présentées.

Cette automatisation est importante pour passer d’une technologie exploratoire à un outil applicable à de grandes cohortes comme VIPER.

7. Résultats pendant l’infection active

Dans une première cohorte étudiée pendant la phase active du COVID, les chercheurs ont analysé séparément les signaux antigéniques et les signaux ARN.

La combinaison des deux types de détection a donné une performance proche de 100 % dans la cohorte présentée. La plateforme a également montré une bonne concordance avec la PCR chez des personnes asymptomatiques.

Ces données concernaient principalement l’infection active et servent de validation initiale ; elles ne démontrent pas encore la performance diagnostique de BARA dans le COVID long.

8. Étude pilote après la phase aiguë

L’équipe a ensuite étudié sept personnes à plusieurs moments après l’infection aiguë, en collaboration avec Jason Goldman.

Dans cette petite cohorte :

• aucun virus circulant libre n’a été identifié ;
• des vésicules extracellulaires ont été isolées ;
• de l’ARN viral a été détecté à l’intérieur de certaines de ces EV ;
• le signal pouvait persister à plusieurs prélèvements successifs chez un même patient.

La comparaison avec un donneur sain montrait un signal ARN nettement plus visible dans les prélèvements du patient illustré.

Ces résultats suggèrent que du matériel viral peut rester mesurable dans les EV après la disparition apparente des particules virales libres.

9. Rechercher le tissu d’origine

L’un des objectifs du partenariat avec PolyBio est d’associer le signal ARN viral à des protéines de surface indiquant la provenance de la vésicule.

En pratique, une EV pourrait être caractérisée simultanément selon :

• son identité comme vésicule ;
• son ARN viral interne ;
• un marqueur associé à un tissu ou à un type cellulaire.

Cette approche pourrait permettre d’inférer si le matériel viral provient, par exemple, de l’intestin, du système nerveux ou d’un autre compartiment difficilement accessible par biopsie.

10. Extension à une cohorte plus importante

L’équipe commence désormais l’analyse d’environ 150 échantillons de plasma, dont certains sont appariés ou longitudinaux.

Les objectifs sont de :

• confirmer la persistance du signal dans une population plus large ;
• comparer sa quantité entre différents fluides biologiques ;
• tester plusieurs sondes ciblant différentes régions de l’ARN viral ;
• évaluer la reproductibilité dans le temps ;
• rapprocher les résultats des symptômes et des autres biomarqueurs ;
• analyser également le liquide céphalorachidien chez certains patients.

Ce que BARA peut indiquer — et ses limites

La détection conjointe d’une protéine virale et d’ARN dans la même particule renforce l’argument en faveur d’une structure virale relativement complète.

Cependant, BARA ne démontre pas directement :

• que la particule est infectieuse ;
• qu’elle peut produire de nouveaux virus ;
• qu’un ARN situé dans une EV provient d’une réplication active ;
• que le signal détecté est responsable des symptômes.

La petite étude de sept patients constitue uniquement une preuve de concept.

Conclusion synthétique

Eduardo Reategui présente une plateforme capable de lire simultanément l’enveloppe et le contenu moléculaire de particules individuelles.

Dans le COVID long, son intérêt principal est de distinguer :

• les particules virales circulantes ;
• les antigènes isolés ;
• l’ARN viral ;
• les vésicules extracellulaires transportant du matériel viral ;
• et potentiellement le tissu dont proviennent ces vésicules.

Les premières données montrent de l’ARN du SARS-CoV-2 dans des EV après la phase aiguë, malgré l’absence de virus libre détectable dans le plasma. La prochaine étape consiste à valider ce signal sur une cohorte beaucoup plus large et à déterminer s’il constitue un biomarqueur fiable de persistance tissulaire.

Mario Murakami — Imagerie cérébrale à ultra-haute résolution et perturbation du flux du liquide céphalorachidien

5: 24: 56: Mario Murakami présente une étude pilote consacrée à l’instabilité craniocervicale, ou ICC, et à ses effets possibles sur la circulation du liquide céphalorachidien.

Son hypothèse est qu’une anomalie mécanique située à la jonction entre le crâne et les premières vertèbres cervicales pourrait perturber l’évacuation des déchets métaboliques du cerveau, favoriser la neuro-inflammation et produire des symptômes proches de ceux observés dans l’EM/SFC ou le COVID long.

1. Une origine mécanique, mais des symptômes neuro-immunitaires

L’EM/SFC constitue un syndrome hétérogène, souvent associé à des maladies post-infectieuses ou inflammatoires. Murakami s’intéresse ici à un sous-groupe dont la vulnérabilité semble principalement mécanique : les personnes atteintes d’instabilité craniocervicale.

Ces patients peuvent présenter :

• brouillard cérébral ;
• fatigue ;
• douleurs ;
• dysautonomie ;
• autres symptômes neurologiques proches de ceux des maladies post-infectieuses.

La question est donc de comprendre comment une instabilité articulaire et une compression locale peuvent produire un tableau ressemblant à une maladie neuro-inflammatoire.

2. Qu’est-ce que l’instabilité craniocervicale ?

L’ICC correspond à une mobilité excessive au niveau de la jonction entre :

• la base du crâne ;
• la première vertèbre cervicale, C1 ;
• la deuxième vertèbre cervicale, C2.

Cette hypermobilité peut comprimer ou déformer des structures situées au niveau du haut du cou et du tronc cérébral.

Deux mécanismes sont envisagés :

1. une compression directe du tronc cérébral, où se trouvent notamment le noyau du tractus solitaire et des structures liées au nerf vague ;
2. une perturbation de la circulation et de l’évacuation du liquide céphalorachidien.

La présentation se concentre surtout sur cette deuxième hypothèse.

3. Le liquide céphalorachidien comme système d’élimination

L’activité normale du cerveau produit des métabolites et différents déchets moléculaires. Ceux-ci doivent être évacués afin d’éviter leur accumulation.

Murakami décrit le liquide céphalorachidien, ou LCR, comme une composante essentielle du système « d’évacuation des déchets » cérébraux. Le LCR circule notamment le long des espaces périvasculaires, dans ce qui est généralement appelé le système glymphatique.

Une mauvaise circulation pourrait entraîner :

• une élimination insuffisante des métabolites ;
• leur accumulation dans les tissus cérébraux ;
• une activation inflammatoire ;
• des perturbations du fonctionnement neuronal.

Le quatrième ventricule et les canaux étroits situés à proximité constituent des régions particulièrement vulnérables à une compression mécanique.

4. Deux moteurs physiologiques du flux

Le déplacement du LCR dépend en partie de deux « pompes » naturelles :

• les pulsations cardiaques et artérielles ;
• les mouvements respiratoires, qui transmettent des variations de pression.

Ces forces provoquent de petits mouvements du cerveau et du tronc cérébral et contribuent à faire circuler le liquide dans des passages très fins.

La région située sous le quatrième ventricule est particulièrement importante, car une partie du LCR et des déchets métaboliques doit traverser ce canal étroit pour quitter les cavités cérébrales.

5. Une IRM fonctionnelle à 7 teslas

Pour étudier ce phénomène, l’équipe utilise une imagerie à ultra-haute résolution sur un scanner IRM de 7 teslas.

La méthode associe notamment :

• une imagerie en contraste de phase ;
• une acquisition fonctionnelle ;
• la mesure de la direction du flux ;
• le calcul de sa vitesse ;
• l’enregistrement simultané du rythme cardiaque et de la respiration.

L’équipe définit manuellement une petite région d’intérêt sous le quatrième ventricule, puis mesure les variations de vitesse du LCR au cours des cycles respiratoires et cardiaques.

L’amplitude entre les vitesses maximale et minimale est utilisée comme indicateur de la qualité de la propulsion physiologique du liquide.

6. Conception de l’étude pilote

L’étude comprend seulement huit personnes :

• trois témoins sains ;
• cinq patients atteints d’instabilité craniocervicale.

Il s’agit donc d’une étude exploratoire destinée principalement à vérifier la faisabilité de la méthode et à rechercher un premier signal biologique.

7. Premier résultat : un flux moins dynamique chez les patients

Les résultats préliminaires montrent chez les patients atteints d’ICC :

• une diminution de l’amplitude du flux ;
• une vitesse moins variable ;
• un mouvement du LCR apparemment moins efficace dans le canal étudié.

Murakami interprète ce signal comme une possible altération de la circulation du LCR à proximité du quatrième ventricule.

Cette diminution pourrait correspondre à une obstruction ou à une compression partielle d’une région anatomique déjà très étroite.

8. Modèle proposé

Le mécanisme envisagé est le suivant :

1. l’hypermobilité de C1–C2 comprime ou déforme la région craniocervicale ;
2. la circulation du LCR devient moins efficace ;
3. les déchets métaboliques sont moins bien éliminés ;
4. ils s’accumulent dans les tissus cérébraux ;
5. cette accumulation contribue à la neuro-inflammation ;
6. apparaissent alors brouillard cérébral, fatigue, douleur et dysautonomie.

Murakami propose que ce mécanisme puisse expliquer pourquoi une anomalie principalement mécanique produit des symptômes très proches de ceux observés dans l’EM/SFC.

Il ne démontre cependant pas directement, dans cette étude, l’accumulation de métabolites ni la neuro-inflammation : celles-ci constituent les étapes hypothétiques reliant le flux réduit aux symptômes.

9. Intérêt pour le COVID long et l’EM/SFC

L’étude porte directement sur l’ICC, pas sur une cohorte de COVID long.

L’équipe souhaite toutefois étendre la méthode à d’autres groupes présentant des symptômes similaires, notamment :

• l’EM/SFC ;
• le COVID long ;
• d’autres maladies pouvant perturber la dynamique du LCR.

L’objectif sera de déterminer si la réduction du flux observée est :

• propre à l’instabilité craniocervicale ;
• partagée par plusieurs maladies ;
• associée à un sous-groupe anatomique ou physiologique précis.

10. Une cible potentiellement modifiable

Murakami souligne que la circulation du LCR pourrait constituer une cible thérapeutique, car elle est en principe mesurable et potentiellement modifiable.

Avant d’envisager un traitement, il faudra toutefois déterminer :

• si l’anomalie est reproductible ;
• si elle est associée à la sévérité des symptômes ;
• si son amélioration entraîne une amélioration clinique ;
• quelles interventions peuvent agir efficacement et sans risque sur cette circulation.

Limites importantes

Les conclusions restent très préliminaires :

• seulement huit participants ;
• groupe témoin de trois personnes ;
• mesure effectuée dans une région très petite ;
• absence de démonstration directe d’accumulation de déchets ;
• absence de lien causal établi avec la neuro-inflammation ;
• résultats non encore généralisables à l’EM/SFC ou au COVID long ;
• l’IRM étant réalisée en position couchée, elle peut ne pas reproduire toutes les contraintes mécaniques présentes en position verticale.

Conclusion synthétique

Mario Murakami montre qu’une IRM à 7 teslas permet de visualiser et de quantifier très finement la circulation du liquide céphalorachidien sous le quatrième ventricule.

Dans cette petite étude pilote, les patients atteints d’instabilité craniocervicale présentent un flux moins dynamique que les témoins. Cette observation soutient l’hypothèse selon laquelle une compression mécanique pourrait gêner l’évacuation des déchets cérébraux et contribuer secondairement à une sensibilisation neuro-immune.

Le principal enseignement est donc qu’une anomalie mécanique de la jonction craniocervicale pourrait produire des symptômes de type EM/SFC par l’intermédiaire d’une perturbation du flux du LCR, mais cette chaîne causale reste à confirmer dans des cohortes plus importantes.

Marc Elia — Les anticorps monoclonaux comme stratégie ciblée dans le COVID long et le syndrome post-vaccinal

5: 34: 00: Marc Elia présente la stratégie d’Invivyd, une entreprise biopharmaceutique spécialisée dans la conception d’anticorps monoclonaux contre les coronavirus.

Son hypothèse thérapeutique est simple : si une partie des patients conserve un virus ou des antigènes viraux dans certains tissus, un anticorps monoclonal suffisamment puissant, actif contre les variants contemporains et administré assez longtemps pourrait aider à neutraliser cette source persistante.

1. Pourquoi envisager des anticorps monoclonaux ?

Les anticorps monoclonaux sont des protéines fabriquées pour reconnaître très précisément une cible virale, généralement une région de la protéine Spike.

Ils peuvent :

• empêcher le virus d’entrer dans les cellules ;
• neutraliser les particules virales circulantes ;
• favoriser leur élimination par le système immunitaire ;
• fournir une activité antivirale immédiate, sans attendre que le patient produise lui-même une réponse efficace.

Cette approche se distingue des antiviraux oraux, qui agissent surtout à l’intérieur des cellules en bloquant une étape de réplication.

2. Une technologie destinée à dépasser l’immunité humaine naturelle

Elia explique qu’Invivyd utilise une plateforme de découverte destinée à produire des anticorps ayant des propriétés supérieures à celles d’un anticorps humain ordinaire, notamment en matière de :

• puissance neutralisante ;
• affinité pour la cible ;
• largeur d’action contre différents variants ;
• durée de présence dans l’organisme.

L’entreprise est intégrée depuis la découverte jusqu’à la fabrication et à la commercialisation.

Un premier produit avait déjà été mis sur le marché, même s’il n’était pas considéré comme parfaitement adapté à un déploiement à très grande échelle.

3. Des signalements d’amélioration après traitement

Environ un an après le lancement de ce médicament, l’entreprise a commencé à recevoir des témoignages de personnes ayant eu accès à l’anticorps, notamment :

• des patients immunodéprimés ;
• des personnes ayant obtenu le traitement hors indication avec leur médecin.

Certaines rapportaient une amélioration de symptômes persistants du COVID long.

Elia insiste sur le fait qu’il s’agit d’observations de terrain, et non de résultats issus d’un essai contrôlé. Elles ont toutefois suffisamment attiré l’attention de l’entreprise pour justifier une évaluation clinique rigoureuse.

4. Son expérience personnelle

Marc Elia indique souffrir lui-même de séquelles du COVID, notamment sur le plan cardiopulmonaire.

Il présente donc une position à la fois intéressée et prudente : il espère qu’un mécanisme traitable, comme une persistance virale ou antigénique, explique certains symptômes, tout en reconnaissant que l’infection initiale peut aussi avoir laissé des lésions difficilement réversibles.

Pour lui, les deux possibilités doivent rester ouvertes :

• une source virale encore accessible à un traitement ;
• des dommages durables persistant après disparition de la source initiale.

5. Création d’un groupe d’experts sur le COVID long

Invivyd a constitué un groupe interne appelé SPEAR, réunissant des spécialistes scientifiques et cliniques.

Elia cite notamment la participation de :

• Amy Proal ;
• David Putrino ;
• Akiko Iwasaki ;
• Michael Peluso.

Le rôle de ce groupe est d’aider à concevoir des essais d’anticorps dans le COVID long, en tenant compte de la complexité biologique et clinique de la maladie.

6. Pourquoi les essais précédents ne suffisent pas à écarter cette stratégie

Elia reconnaît que des anticorps monoclonaux ont déjà été testés dans des syndromes post-aigus, avec des résultats récents peu convaincants.

Il estime cependant que ces résultats ne permettent pas de condamner toute l’approche, car les anticorps employés n’étaient plus actifs contre une grande partie des variants circulant au moment de l’étude.

Un essai négatif avec un anticorps ayant perdu son pouvoir neutralisant ne permet donc pas de savoir si un anticorps réellement actif aurait fonctionné.

Il mentionne également des observations antérieures d’amélioration chez certaines personnes ayant reçu les anticorps de Regeneron, mais celles-ci ne constituent pas non plus une preuve clinique définitive.

7. Importance de l’adéquation entre anticorps et variant

Le SARS-CoV-2 évolue rapidement, en particulier au niveau de Spike. Un anticorps très efficace contre un ancien variant peut devenir presque inactif après l’apparition de nouvelles mutations.

Pour interpréter un essai, il faut donc vérifier :

• quel variant ou quelle lignée est susceptible de persister ;
• si l’anticorps neutralise réellement cette lignée ;
• quelle concentration atteint les tissus ;
• combien de temps cette concentration reste suffisante.

Cette question est particulièrement complexe dans le COVID long, car le virus persistant pourrait dater d’une infection ancienne, tandis que les réinfections ultérieures pourraient avoir impliqué d’autres variants.

8. Une dose élevée et un traitement prolongé

Invivyd prévoit d’évaluer un anticorps plus récent avec ce qu’Elia décrit comme une très forte puissance antivirale.

La stratégie envisagée comprend :

• une dose relativement élevée ;
• une exposition prolongée ;
• un anticorps conçu pour rester actif contre les lignées pertinentes.

Cette durée pourrait être nécessaire si les réservoirs sont situés dans des tissus difficiles d’accès ou si le matériel viral est éliminé lentement.

Elia ne présente toutefois pas encore les détails complets du protocole, ni de résultats d’essai clinique dans cette intervention.

9. Quels patients pourraient répondre ?

L’approche ne suppose pas que toutes les personnes atteintes de COVID long aient un réservoir viral.

Elle serait surtout pertinente pour un sous-groupe présentant des indices de :

• persistance du SARS-CoV-2 ;
• antigénémie persistante ;
• production continue de Spike ;
• activation immunitaire spécifique du virus ;
• amélioration préalable sous traitement antiviral.

Les programmes diagnostiques présentés pendant le symposium, comme VIPER, pourraient à terme servir à sélectionner ces patients et à vérifier si le biomarqueur disparaît sous traitement.

10. Application au syndrome post-vaccinal

Le titre de l’intervention inclut également le PVS, ou syndrome post-vaccinal.

La logique thérapeutique semble reposer sur l’hypothèse que, chez certains patients, la persistance de Spike ou d’autres signaux antigéniques pourrait entretenir la maladie.

Une limite importante doit cependant être soulignée : un anticorps neutralisant est conçu pour cibler une protéine ou une particule virale accessible. Il n’est pas certain qu’il puisse éliminer efficacement :

• une protéine déjà présente à l’intérieur des cellules ;
• des fragments antigéniques enfermés dans des tissus ;
• une réponse auto-immune devenue indépendante de l’antigène initial.

La présentation ne fournit pas encore de résultats démontrant l’efficacité des anticorps dans le PVS.

11. Une ambition plus large que le COVID long

Elia explique que la mission de l’entreprise dépasse le COVID et le COVID long.

Son raisonnement est qu’aucun virus persistant n’est souhaitable et que, lorsque l’immunité naturelle ne parvient pas à assurer la clairance, les options thérapeutiques sont limitées. Des anticorps monoclonaux puissants pourraient représenter l’une de ces options dans différents syndromes viraux chroniques ou post-aigus.

Limites et points de vigilance

L’intervention expose principalement une stratégie industrielle et clinique, pas les résultats d’un essai terminé.

Plusieurs questions restent ouvertes :

• les témoignages d’amélioration peuvent être soumis à un effet placebo ou à une évolution spontanée ;
• la persistance virale ne concerne probablement pas tous les patients ;
• un anticorps circulant peut avoir du mal à atteindre certains réservoirs tissulaires ;
• une activité contre les variants circulants ne garantit pas une activité contre le variant présent dans le réservoir ;
• la neutralisation d’un antigène ne réparera pas nécessairement les lésions déjà établies ;
• une dose élevée ou prolongée devra faire l’objet d’une évaluation rigoureuse de sécurité.

Conclusion synthétique

Marc Elia défend l’idée que les anticorps monoclonaux n’ont pas encore été correctement évalués dans le COVID long, notamment parce que certains essais antérieurs utilisaient des produits devenus peu actifs contre les variants concernés.

Invivyd prévoit donc de tester un nouvel anticorps :

• fortement neutralisant ;
• administré à dose élevée ;
• sur une période prolongée ;
• dans le cadre d’un essai conçu avec des experts du COVID long.

Le principal message est que si une persistance virale ou antigénique entretient la maladie chez un sous-groupe de patients, un anticorps correctement choisi pourrait constituer un traitement ciblé. Cette possibilité reste toutefois hypothétique tant que des essais contrôlés n’ont pas démontré une amélioration clinique accompagnée d’une réduction des marqueurs de persistance.

Marcelo Freire — La protéomique salivaire révèle des marqueurs immunitaires dans un essai de stimulation du nerf vague

5:46:34: Marcelo Freire présente une analyse protéomique réalisée dans le cadre d’un essai clinique de stimulation du nerf vague chez des patients atteints de COVID long.

Son objectif est de déterminer si la salive peut fournir des biomarqueurs simples et répétés de l’inflammation, puis montrer si ces marqueurs évoluent différemment sous stimulation active et sous placebo.

1. Passer d’un marqueur isolé à des réseaux biologiques

Freire défend une approche dite « systémique ». Plutôt que de rechercher une seule cytokine ou une seule protéine, son laboratoire étudie simultanément de grands ensembles de molécules et leurs interactions.

Ces réseaux peuvent comprendre :

• des protéines virales ;
• des protéines produites par l’hôte ;
• des protéines modifiées après leur synthèse ;
• des voies associées à l’immunité, au métabolisme et à l’inflammation ;
• éventuellement des protéines provenant du microbiome oral.

L’intérêt est de détecter des changements coordonnés qui pourraient être invisibles lorsqu’on examine les molécules une par une.

2. Pourquoi utiliser la salive ?

La salive est facilement accessible, non invasive et peut être prélevée à de nombreuses reprises.

Elle contient des protéines provenant :

• des glandes salivaires ;
• des muqueuses et cellules immunitaires de la bouche ;
• du microbiome oral ;
• de la circulation systémique, directement ou indirectement.

Freire la présente donc comme un fluide susceptible de refléter à la fois la santé buccale et certains processus immunitaires généraux.

Son équipe dispose d’un catalogue d’environ 3 029 protéines salivaires et compare actuellement les données obtenues dans la salive avec celles du sang. Elle développe aussi une approche de peptidomique, qui analyse plus finement les fragments de protéines.

3. Méthode protéomique

Les protéines sont analysées par spectrométrie de masse.

Le protocole consiste notamment à :

1. préparer les échantillons selon une procédure standardisée ;
2. découper les protéines en peptides ;
3. identifier ces peptides par spectrométrie de masse ;
4. reconstruire les protéines auxquelles ils correspondent ;
5. comparer leur abondance entre les groupes et au cours du temps.

Freire souligne que son laboratoire a optimisé ces procédures pendant plus de dix ans afin d’obtenir le plus grand nombre possible de protéines par échantillon et de limiter les variations techniques.

4. L’essai de stimulation du nerf vague

L’essai clinique a été dirigé par David Putrino et l’équipe du Mount Sinai.

Il comprenait :

• 50 participants ;
• un groupe recevant la stimulation active ;
• un groupe recevant une stimulation simulée, ou sham ;
• cinq visites avec prélèvement de salive ;
• un suivi allant jusqu’à la douzième semaine.

L’analyse compare :

• le groupe actif au groupe placebo ;
• la visite initiale à la cinquième visite ;
• l’évolution individuelle de chaque participant entre son niveau de départ et la fin du suivi.

5. Pourquoi stimuler le nerf vague ?

Le nerf vague constitue une importante voie de communication bidirectionnelle entre le cerveau et les organes.

Sa stimulation est supposée moduler le réflexe anti-inflammatoire, c’est-à-dire des circuits neuro-immunitaires capables de réduire certaines réponses inflammatoires périphériques.

L’hypothèse de l’étude est donc que la neuromodulation pourrait :

• diminuer des voies inflammatoires persistantes ;
• rééquilibrer certains réseaux immunitaires ;
• produire une signature mesurable dans la salive.

6. Résultat central : une « inversion inflammatoire »

Freire résume le résultat principal comme une inversion inflammatoire entre les deux groupes.

Dans le groupe placebo, plusieurs protéines associées à l’inflammation restaient élevées ou augmentaient au cours des douze semaines.

Dans le groupe ayant reçu la stimulation active, plusieurs de ces protéines diminuaient au contraire fortement.

L’analyse suggère donc que la stimulation vagale ne modifie pas seulement une molécule isolée : elle semble réorganiser un réseau plus large de protéines inflammatoires.

7. Exemple dans le groupe placebo : Serum amyloid A4

Parmi les exemples présentés figure la Serum amyloid A4, dont l’expression salivaire augmente ou demeure élevée dans le groupe simulé.

Freire relie cette famille de protéines à différents contextes inflammatoires ou pathologiques, notamment :

• la polyarthrite rhumatoïde ;
• l’athérosclérose ;
• certaines maladies oncologiques.

L’intérêt de cet exemple est surtout de montrer que des protéines ayant une signification clinique peuvent être suivies dans la salive et rester dérégulées en l’absence de stimulation active.

8. Exemple dans le groupe actif : gamma-synucléine

Dans le groupe traité, Freire décrit une forte diminution de plusieurs protéines inflammatoires, dont la gamma-synucléine.

Cette protéine est étudiée dans différents contextes liés :

• aux maladies neurodégénératives ;
• à certains cancers ;
• à des mécanismes de régulation cellulaire et d’agrégation protéique.

Elle restait élevée au fil des douze semaines dans le profil comparatif évoqué, mais était fortement réduite dans le groupe recevant la stimulation active.

Freire interprète cette diminution comme un exemple de normalisation d’un réseau associé à l’inflammation et potentiellement à la pathologie neurologique.

9. Un biomarqueur de réponse au traitement

L’intérêt majeur de cette étude est de ne pas seulement comparer des personnes malades et saines.

La protéomique salivaire est ici utilisée pour mesurer :

• l’état biologique initial d’un patient ;
• sa trajectoire pendant le traitement ;
• le moment où les protéines commencent à évoluer ;
• la différence entre traitement actif et placebo.

Cette dimension longitudinale pourrait permettre d’identifier précocement :

• les patients biologiquement répondeurs ;
• les réseaux qui se normalisent ;
• ceux qui restent anormaux malgré le traitement ;
• le délai nécessaire pour observer un effet.

10. Avantage des prélèvements répétés

Une biopsie ou un prélèvement de moelle osseuse ne peut pas être répété fréquemment. Les prises de sang répétées sont également plus contraignantes.

La salive permet au contraire de suivre finement la cinétique des changements, éventuellement à de multiples moments pendant un essai.

Freire envisage ainsi son utilisation dans de futurs essais complexes, y compris médicamenteux, afin de suivre non seulement le résultat final, mais aussi quand et comment la réponse biologique apparaît.

Ce que l’étude montre — et ne montre pas encore

Les données apportent une preuve de concept selon laquelle :

• le protéome salivaire contient des marqueurs inflammatoires pertinents ;
• ces marqueurs évoluent différemment sous stimulation vagale active et sous placebo ;
• la salive pourrait servir à surveiller la réponse biologique pendant un essai thérapeutique.

Elles ne démontrent cependant pas encore que :

• chaque protéine identifiée est spécifique du COVID long ;
• la diminution d’un marqueur entraîne directement une amélioration clinique ;
• ces marqueurs peuvent déjà servir au diagnostic individuel ;
• les résultats sont reproductibles dans une autre cohorte ou avec d’autres traitements.

Le nombre élevé de protéines analysées impose également une validation statistique et indépendante afin d’éviter les associations fortuites.

Conclusion synthétique

Marcelo Freire présente la salive comme un outil non invasif permettant de suivre les réseaux immunitaires du COVID long au cours d’un traitement.

Dans cet essai de 50 participants, la stimulation active du nerf vague est associée à une diminution de plusieurs protéines inflammatoires, tandis que certaines restent élevées ou augmentent dans le groupe placebo.

Le principal message est que la protéomique salivaire pourrait fournir des biomarqueurs dynamiques de réponse thérapeutique, faciles à mesurer à plusieurs reprises et capables de refléter les effets anti-inflammatoires d’une neuromodulation. Ces résultats constituent une preuve de concept prometteuse, mais doivent encore être validés et reliés précisément à l’évolution clinique des patients.